生物序列相似性比较算法的研究
| 声明 | 第1页 |
| 关于论文使用授权的说明 | 第3-4页 |
| 摘 要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-20页 |
| ·生物信息学简介 | 第8-12页 |
| ·生命的基石 | 第8-9页 |
| ·中心法则 | 第9-11页 |
| ·变异与进化 | 第11-12页 |
| ·生物信息学中的任务 | 第12-14页 |
| ·论文研究的主要内容 | 第14-18页 |
| ·论文的主要创新点 | 第18-20页 |
| 第二章 生物序列的相似性比较算法 | 第20-44页 |
| ·基于动态规划的序列全局相似性比较 | 第20-24页 |
| ·生物序列演化模型 | 第24-26页 |
| ·相似性比较计算和演化距离计算的一致性 | 第26-28页 |
| ·通过演化模型改进为线索的序列相似性比较算法发展 | 第28-33页 |
| ·GAP 问题的改进 | 第29-30页 |
| ·Protein 序列的演化模型 | 第30-32页 |
| ·DNA-Protein 序列的演化模型 | 第32-33页 |
| ·以算法功能的改进为线索的序列相似性比较算法发展 | 第33-36页 |
| ·序列局部相似性比较算法的改进 | 第33-34页 |
| ·多序列相似性比较算法的改进 | 第34-36页 |
| ·以不同方法为线索的序列相似性比较算法发展 | 第36-44页 |
| ·FASTA 序列相似性比较算法 | 第36-38页 |
| ·BLAST 序列相似性比较算法 | 第38-39页 |
| ·HMM 序列相似性比较算法 | 第39-44页 |
| 第三章 动态规划算法的优化 | 第44-63页 |
| ·动态规划序列比较算法优化综述 | 第44-46页 |
| ·Hirschberg 线性空间动态规划算法 | 第46-49页 |
| ·Fast Alignment 算法 | 第49-54页 |
| ·FA 算法描述 | 第50-53页 |
| ·FA 算法的试验数据和分析 | 第53-54页 |
| ·动态规划算法的并行优化 | 第54-63页 |
| ·动态规划算法的内在并行性 | 第54-55页 |
| ·动态规划算法的并行思想 | 第55-59页 |
| ·基于前趋计算的并行思想 | 第55-57页 |
| ·基于流水线的并行思想 | 第57-59页 |
| ·动态规划算法在SMP 机群系统上的并行 | 第59-63页 |
| ·基本方法 | 第59-60页 |
| ·影响SMP 机群系统上动态规划算法效率的因素 | 第60-61页 |
| ·SMP 机群上动态规划算法的实现和实验结果 | 第61-63页 |
| 第四章 一类具有交叉属性的序列相似性比较算法 | 第63-81页 |
| ·问题描述 | 第63-67页 |
| ·基本算法 | 第67-72页 |
| ·优化空位的插入位置 | 第72-75页 |
| ·基本算法的问题 | 第72-74页 |
| ·优化空位插入算法 | 第74-75页 |
| ·构建具体序列联配 | 第75-76页 |
| ·并行优化算法 | 第76-79页 |
| ·算法分析 | 第79-81页 |
| 第五章 PHRAP 程序的并行优化 | 第81-89页 |
| ·问题的提出 | 第81页 |
| ·基本算法 | 第81-82页 |
| ·PHRAP 程序的结构和算法 | 第82-84页 |
| ·查找片断对之间的重叠 | 第82-83页 |
| ·建立片断的相互组合关系 | 第83-84页 |
| ·构建组合关系上的的全长序列 | 第84页 |
| ·对PHRAP 算法时间复杂度的并行改进 | 第84-87页 |
| ·并行算法的实现及试验结果 | 第87-88页 |
| ·结论和下一步工作 | 第88-89页 |
| 第六章 BLAST 工具的并行优化 | 第89-98页 |
| ·BLAST 工具简介 | 第89页 |
| ·BLAST 中的数据结构 | 第89-91页 |
| ·碱基匹配算法和BLAST 中的检索方法 | 第91-92页 |
| ·BLAST 检索速度的优化 | 第92-98页 |
| ·BLAST 串行程序的性能 | 第93-94页 |
| ·BLAST 的并行化 | 第94-95页 |
| ·BLAST 并行程序的实现和性能 | 第95-98页 |
| ·BLAST 并行程序的实现 | 第95-96页 |
| ·BLAST 并行程序的性能 | 第96-98页 |
| 第七章 总结 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-103页 |
| 致 谢 | 第103-104页 |
| 作者简介 | 第104页 |
