基因调控网络的建模与分析
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 1 绪论 | 第7-12页 |
| ·课题背景 | 第7-9页 |
| ·生物学知识介绍 | 第7-8页 |
| ·系统生物学 | 第8-9页 |
| ·国内外研究现状 | 第9-10页 |
| ·课题难点 | 第10页 |
| ·本文主要研究内容与安排 | 第10-12页 |
| 2 基因调控网络 | 第12-20页 |
| ·基因调控网络的建模与分析 | 第12-13页 |
| ·基因调控网络模型的建立 | 第12页 |
| ·基因调控网络模型的参数优化 | 第12-13页 |
| ·基因调控网络模型的性能评价 | 第13页 |
| ·基因调控网络的研究手段 | 第13-15页 |
| ·生物学工具 | 第13-14页 |
| ·计算机工具 | 第14-15页 |
| ·常见的数学模型 | 第15-19页 |
| ·布尔网络模型 | 第15页 |
| ·线性组合模型 | 第15-16页 |
| ·加权矩阵模型 | 第16-17页 |
| ·互信息关联矩阵模型 | 第17页 |
| ·相关系数模型 | 第17-18页 |
| ·贝叶斯网络模型 | 第18-19页 |
| ·小结 | 第19-20页 |
| 3 确定性基因调控网络模型 | 第20-31页 |
| ·BP网络 | 第20-23页 |
| ·BP网络基本原理 | 第20-21页 |
| ·BP算法设计步骤与流程 | 第21-22页 |
| ·实验结果与分析 | 第22-23页 |
| ·利用权矩阵与PSO算法重建基因调控网络 | 第23-29页 |
| ·加权矩阵模型 | 第23-24页 |
| ·PSO算法基本原理 | 第24页 |
| ·PSO算法设计步骤与流程 | 第24-25页 |
| ·PSO算法参数设置与分析 | 第25-28页 |
| ·实验结果与分析 | 第28-29页 |
| ·两种算法的比较 | 第29-30页 |
| ·小结 | 第30-31页 |
| 4 基于遗传规划算法的基因调控网络建模 | 第31-44页 |
| ·遗传规划算法概述 | 第31-40页 |
| ·遗传规划算法的产生及研究现状 | 第31-33页 |
| ·遗传规划算法的原理 | 第33-40页 |
| ·遗传规划算法的改进 | 第40-41页 |
| ·分组生成初始种群 | 第40-41页 |
| ·加大进化初期的变异力度 | 第41页 |
| ·基于遗传规划算法的基因调控网络建模 | 第41-43页 |
| ·微分方程模型 | 第41-42页 |
| ·基因之间调控关系的树型结构表示 | 第42页 |
| ·适应度定义 | 第42-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 5 实验结果与分析 | 第44-53页 |
| ·实验数据集准备 | 第44-48页 |
| ·酵母基因表达数据及预处理 | 第44-45页 |
| ·三次样条插值运算及各时间点导数 | 第45-47页 |
| ·调控模型的程序设计 | 第47-48页 |
| ·实验结果与分析 | 第48-52页 |
| ·遗传规划构建的微分方程模型 | 第48-49页 |
| ·线性微分方程模型 | 第49-51页 |
| ·基于遗传规划算法建模的优越性 | 第51-52页 |
| ·小结 | 第52-53页 |
| 6 总结与展望 | 第53-55页 |
| ·总结 | 第53-54页 |
| ·进一步工作 | 第54-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 参考文献 | 第56-59页 |
| 攻读硕士学位期间发表和撰写论文情况 | 第59页 |
