| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-32页 |
| ·栽培稻的分类地位及其起源与驯化 | 第13-18页 |
| ·分类地位 | 第13-14页 |
| ·祖先种 | 第14-16页 |
| ·起源与驯化 | 第16-18页 |
| ·栽培稻的籼-粳分化 | 第18-25页 |
| ·栽培稻的分化 | 第18-19页 |
| ·籼-粳分化以及亚种间差异 | 第19-21页 |
| ·籼-粳分化的途径 | 第21-22页 |
| ·现存问题及研究意义 | 第22-25页 |
| ·栽培稻籼-粳分化的研究方法 | 第25-29页 |
| ·形态学和生理学 | 第25-26页 |
| ·分子标记 | 第26页 |
| ·InDel分子标记的优势 | 第26-27页 |
| ·比较基因组学和生物信息学 | 第27-29页 |
| ·本研究的内容和意义 | 第29-32页 |
| ·栽培稻品种的籼-粳遗传分化 | 第29页 |
| ·沿海拔梯度和纬度梯度的分化和分布 | 第29-30页 |
| ·与籼-粳相关分子标记连锁的基因初步分析 | 第30-32页 |
| 第二章 栽培稻沿着海拔梯度的籼-粳遗传分化及其分布规律 | 第32-60页 |
| ·前言 | 第32页 |
| ·材料与方法 | 第32-43页 |
| ·稻种材料 | 第32-35页 |
| ·取样设计 | 第35页 |
| ·DNA提取与纯化 | 第35-37页 |
| ·InDel位点选择及PCR | 第37-41页 |
| ·数据统计与分析 | 第41-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-52页 |
| ·品种内籼-粳分化 | 第43-44页 |
| ·品种间籼-粳分化 | 第44-45页 |
| ·籼-粳类型鉴定及其地理分布 | 第45-46页 |
| ·籼、粳稻沿海拔梯度的分布 | 第46-48页 |
| ·籼、粳稻数量与海拔变化的相关 | 第48-52页 |
| ·讨论 | 第52-60页 |
| ·栽培稻沿海拔梯度的显著籼-粳分化 | 第52-54页 |
| ·籼稻和粳稻沿海拔梯度的地理分布 | 第54-55页 |
| ·籼稻和粳稻的引种适宜海拔 | 第55-60页 |
| 第三章 栽培稻沿纬度梯度的籼-粳遗传分化及其分布 | 第60-90页 |
| ·前言 | 第60页 |
| ·材料与方法 | 第60-69页 |
| ·实验材料 | 第60-63页 |
| ·取样设计 | 第63-65页 |
| ·种子萌发与幼苗培养 | 第65页 |
| ·分子实验程序 | 第65-66页 |
| ·数据统计与分析 | 第66-69页 |
| ·结果与分析 | 第69-83页 |
| ·亚洲东部和东南亚地区栽培稻的遗传分化 | 第69-71页 |
| ·栽培稻的地理分布和遗传关系 | 第71-74页 |
| ·年平均温度和纬度梯度的关系 | 第74-75页 |
| ·籼稻和粳稻沿纬度梯度的地理分布 | 第75-78页 |
| ·中国和东南亚栽培稻多态性指数比较 | 第78-83页 |
| ·讨论与分析 | 第83-90页 |
| ·栽培稻的遗传分化 | 第83-85页 |
| ·栽培稻的地理分布和类型鉴定 | 第85页 |
| ·籼-粳遗传分化及其地理分布的影响因素 | 第85-86页 |
| ·鉴定籼-粳为育种应用提供分子背景 | 第86-90页 |
| 第四章 与InDel分子标记连锁的功能基因初步分析 | 第90-116页 |
| ·前言 | 第90-91页 |
| ·材料与方法 | 第91-101页 |
| ·植物材料 | 第91页 |
| ·种子萌发和总DNA提取与纯化 | 第91页 |
| ·生物信息学分析 | 第91-94页 |
| ·分子实验验证 | 第94-101页 |
| ·特异片段测序和数据比对与分析 | 第101页 |
| ·结果与分析 | 第101-111页 |
| ·与分子标记连锁的功能基因 | 第101-104页 |
| ·基因序列的潜在功能 | 第104-109页 |
| ·分子生物学验证结果 | 第109-110页 |
| ·与分子标记连锁的基因序列在籼-粳中的差异 | 第110-111页 |
| ·讨论 | 第111-116页 |
| ·与InDel分子标记连锁的基因分析的意义 | 第111-112页 |
| ·籼-粳分化基因序列的信息挖掘 | 第112-113页 |
| ·籼-粳分化机理的基因组探索 | 第113-116页 |
| 第五章 结论与展望 | 第116-120页 |
| 参考文献 | 第120-132页 |
| 学习期间发表和已投稿的论文 | 第132-134页 |
| 附表 | 第134-148页 |
| 致谢 | 第148-150页 |