| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 目录 | 第11-17页 |
| 第一部分 一株尿道致病性大肠杆菌在宿主体内进化机制的研究 | 第17-74页 |
| 第一章 前言 | 第18-31页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第18-28页 |
| ·微生物基因组学研究 | 第18-26页 |
| ·基因组和基因组学 | 第18-20页 |
| ·基因组学研究进展 | 第20-23页 |
| ·微生物基因组学 | 第23页 |
| ·比较基因组学与微生物进化 | 第23-26页 |
| ·尿道治病大肠杆菌研究背景 | 第26-28页 |
| ·大肠杆菌生物学研究概述 | 第26-27页 |
| ·尿道治病大肠杆菌概述 | 第27-28页 |
| 第二节 本工作的研究内容、目标和创新性 | 第28-31页 |
| ·本实验研究背景 | 第28-29页 |
| ·研究内容 | 第29-30页 |
| ·本实验研究目标 | 第30页 |
| ·创新性 | 第30-31页 |
| 第二章 材料与方法 | 第31-40页 |
| 第一节 实验材料 | 第31-35页 |
| ·菌株 | 第31页 |
| ·序列 | 第31-32页 |
| ·软件、程序以及数据库 | 第32-35页 |
| 第二节 实验方法 | 第35-40页 |
| ·i1、i2和i14菌株基因组测序和拼接 | 第35-37页 |
| ·i2和i14和基因组序列测序和拼接 | 第35-36页 |
| ·i1基因组序列测序和拼接 | 第36-37页 |
| ·i3-i13、i15基因组序列测序和拼接 | 第37页 |
| ·i1和i2菌株基因组注释 | 第37-38页 |
| ·基因预测 | 第37页 |
| ·基因注释 | 第37-38页 |
| ·代谢网络分析 | 第38页 |
| ·假基因分析 | 第38页 |
| ·转座子IS分析 | 第38页 |
| ·全基因组多序列比对 | 第38-39页 |
| ·区分重组和突变 | 第39页 |
| ·重组区域基因和各突变点的进化分析 | 第39页 |
| ·判定突变发生的位置 | 第39-40页 |
| 第三章 结果与分析 | 第40-73页 |
| 第一节 i1i2和i14的全基因组序列破译 | 第40-41页 |
| ·i2和i14基因组序列的破译 | 第40页 |
| ·i1基因组序列的破译 | 第40-41页 |
| ·i3-i13、i15基因组序列的破译 | 第41页 |
| 第二节 i2的全基因组注释 | 第41-43页 |
| ·i2基因组注释 | 第41页 |
| ·i2和i1与所有已测序大肠杆菌的亲缘关系 | 第41-43页 |
| 第三节 i2和CFT073的比较基因组学 | 第43-67页 |
| ·同源基因 | 第43页 |
| ·i2的特异区域和i2和CFT073的重组区域 | 第43-59页 |
| ·基因组突变和重组图谱的绘制 | 第59-60页 |
| ·突变与重组的分布 | 第60-67页 |
| 第四节 14株Clone D单核苷酸突变的研究 | 第67-73页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第73-74页 |
| 第二部分 14种血清特异的尿道致病大肠杆菌多重PCR检测方法的确立 | 第74-120页 |
| 第一章 前言 | 第75-82页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第75-80页 |
| ·尿道致病大肠杆菌的研究背景 | 第75-76页 |
| ·革兰氏阴性菌O-抗原的研究进展 | 第76-80页 |
| 第二节 本项工作的研究目标、内容和创新性 | 第80-82页 |
| ·研究目标 | 第80页 |
| ·研究内容 | 第80-81页 |
| ·本研究的创新性 | 第81-82页 |
| 第二章 材料与方法 | 第82-92页 |
| 第一节 实验材料 | 第82-85页 |
| ·菌株 | 第82-85页 |
| ·用于O-抗原测序的大肠杆菌标准菌株(见表2.1) | 第82页 |
| ·用于特异基因鉴定的大肠杆菌和志贺氏菌菌株 | 第82-83页 |
| ·用于特异基因鉴定和双盲实验的临床分离大肠杆菌和其他种属菌株 | 第83-84页 |
| ·用于克隆用的受体菌株 | 第84-85页 |
| ·质粒 | 第85页 |
| ·引物 | 第85页 |
| ·主要酶与试剂 | 第85页 |
| 第二节 实验方法 | 第85-92页 |
| ·利用鸟枪法构建基因簇文库 | 第85-90页 |
| ·细菌基因组DNA的提取 | 第85-86页 |
| ·O-抗原基因簇的扩增及产物的纯化 | 第86-88页 |
| ·O-抗原基因簇文库的构建 | 第88-90页 |
| ·获得O-抗原基因簇全序列的方法 | 第90-91页 |
| ·对文库中的克隆测序 | 第90页 |
| ·核苷酸序列的拼接 | 第90页 |
| ·用生物信息学进行序列分析 | 第90-91页 |
| ·特异基因的筛选 | 第91页 |
| ·多重PCR体系的建立 | 第91页 |
| ·在尿液的模拟样品中检测大肠杆菌尿道致病大肠杆菌 | 第91-92页 |
| 第三章 结果与分析 | 第92-119页 |
| 第一节 大肠杆菌01,02,018,075 O-抗原合成基因簇的分子鉴定和进化分析 | 第92-106页 |
| ·大肠杆菌01 O-抗原基因簇的鉴定 | 第92-96页 |
| ·大肠杆菌01的抗原结构 | 第92页 |
| ·大肠杆菌01 O-抗原基因簇序列分析 | 第92-96页 |
| ·大肠杆菌02 O-抗原基因簇的鉴定 | 第96-102页 |
| ·大肠杆菌02的抗原结构 | 第96-97页 |
| ·大肠杆菌02 O-抗原基因簇序列分析 | 第97-102页 |
| ·大肠杆菌075 O-抗原基因簇的鉴定 | 第102-106页 |
| ·大肠杆菌075的抗原结构 | 第102页 |
| ·大肠杆菌075 O-抗原基因簇序列分析 | 第102-106页 |
| 第二节 特异引物的筛选及多重PCR体系的确立 | 第106-117页 |
| ·本研究中涉及的14种大肠杆菌O-抗原基因簇中特异引物的筛选 | 第106-113页 |
| ·大肠杆菌01特异基因的鉴定 | 第106页 |
| ·大肠杆菌02特异基因的鉴定 | 第106-107页 |
| ·大肠杆菌04特异基因的鉴定 | 第107页 |
| ·大肠杆菌06特异基因的鉴定 | 第107-108页 |
| ·大肠杆菌07特异基因的鉴定 | 第108页 |
| ·大肠杆菌08特异基因的鉴定 | 第108-109页 |
| ·大肠杆菌016特异基因的鉴定 | 第109页 |
| ·大肠杆菌018特异基因的鉴定 | 第109-110页 |
| ·大肠杆菌022特异基因的鉴定 | 第110页 |
| ·大肠杆菌025特异基因的鉴定 | 第110-111页 |
| ·大肠杆菌083特异基因的鉴定 | 第111页 |
| ·大肠杆菌015特异基因的鉴定 | 第111-112页 |
| ·大肠杆菌021特异基因的鉴定 | 第112页 |
| ·大肠杆菌075特异基因的鉴定 | 第112-113页 |
| ·用于多重PCR分组设计及引物浓度的优化 | 第113-117页 |
| ·分组情况 | 第113页 |
| ·引物浓度的优化 | 第113-117页 |
| 第三节 多重PCR系统性能性能评价实验 | 第117-119页 |
| ·特异性实验 | 第117页 |
| ·大肠杆菌和志贺氏菌O-抗原标准菌株的特异性检测结果 | 第117页 |
| ·10株属于其它种属的细菌的多重PCR结果 | 第117页 |
| ·灵敏度实验 | 第117-118页 |
| ·DNA灵敏度 | 第117-118页 |
| ·菌数灵敏度 | 第118页 |
| ·47株临床菌株的双盲实验结果 | 第118页 |
| ·5份临床样品的检测 | 第118-119页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第119-120页 |
| 第三部分 大肠杆菌O-抗原基因簇的破译 | 第120-150页 |
| 第一章 前言 | 第121-124页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第121-122页 |
| ·大肠杆菌的研究背景简介 | 第121页 |
| ·沙门氏菌的研究背景简介 | 第121页 |
| ·脂多糖研究背景简介 | 第121页 |
| ·大肠杆菌和沙门氏菌相似O-抗原的研究进展 | 第121-122页 |
| 第二节 本项工作的研究目标、内容和创新性 | 第122-124页 |
| ·研究目标 | 第122-123页 |
| ·研究内容 | 第123页 |
| ·创新性 | 第123-124页 |
| 第二章 材料与方法 | 第124-133页 |
| 第一节 实验材料 | 第124-126页 |
| ·菌株 | 第124-125页 |
| ·用于O-抗原测序的大肠杆菌标准菌株(见表2.1) | 第124页 |
| ·用于特异基因鉴定的大肠杆菌和志贺氏菌菌株 | 第124页 |
| ·用于克隆用的受体菌株 | 第124-125页 |
| ·质粒 | 第125-126页 |
| ·本实验中构建的质粒 | 第126页 |
| ·引物 | 第126页 |
| ·主要酶与试剂 | 第126页 |
| 第二节 实验方法 | 第126-133页 |
| ·利用鸟枪法构建基因簇文库 | 第126-127页 |
| ·获得O-抗原基因簇全序列的方法 | 第127页 |
| ·特异基因的筛选 | 第127页 |
| ·用于测定O-抗原结构的脂多糖的制备 | 第127-128页 |
| ·基因缺失和互补实验鉴定基因功能 | 第128-133页 |
| ·提取pKD20质粒 | 第128页 |
| ·制备所要鉴定的菌的感受态细胞 | 第128页 |
| ·电转化 | 第128页 |
| ·通过PCR获得cat基因(氯霉素抗性基因)并纯化其PCR产物 | 第128-129页 |
| ·制备含有pKD20的大肠杆菌0166的感受态细胞 | 第129页 |
| ·缺失菌株的获得 | 第129页 |
| ·将被缺失的基因体外克隆到表达载体pU1C8上 | 第129-130页 |
| ·互补菌株的获得 | 第130页 |
| ·LPS的制备 | 第130-133页 |
| 第三章 结果与分析 | 第133-149页 |
| 第一节 大肠杆菌099 O-抗原结构的测定和O-抗原基因簇分子进化的研究 | 第133-138页 |
| ·大肠杆菌099 O-抗原结构 | 第133页 |
| ·大肠杆菌099(G1251)的O-抗原基因簇 | 第133-138页 |
| ·大肠杆菌099 O-抗原基因簇序列分析 | 第133-135页 |
| ·单糖合成酶基因 | 第135-136页 |
| ·寡糖单位处理酶基因 | 第136-137页 |
| ·糖基转移酶基因 | 第137-138页 |
| ·未知功能基因 | 第138页 |
| 第二节 大肠杆菌085和沙门氏菌017 O-抗原结构的测定和O-抗原基因簇分子进化的研究 | 第138-144页 |
| ·大肠杆菌085(G1189)和沙门氏菌017 O-抗原结构的测定 | 第138-139页 |
| ·大肠杆菌085 O-抗原基因簇的鉴定 | 第139-142页 |
| ·大肠杆菌085 O-抗原基因簇序列分析 | 第139页 |
| ·单糖合成酶基因 | 第139-141页 |
| ·寡糖单位处理酶基因 | 第141页 |
| ·糖基转移酶基因 | 第141-142页 |
| ·大肠杆菌085和沙门氏菌017 O-抗原基因簇的进化分析 | 第142-143页 |
| ·大肠杆菌085特异基因的鉴定 | 第143-144页 |
| 第三节 沙门氏菌066 O-抗原结构的测定和大肠杆菌0166 O-抗原基因簇分子进化的研究 | 第144-149页 |
| ·沙门氏菌066(G1601)O-抗原结构的测定 | 第144页 |
| ·大肠杆菌0166(G1216)O-抗原基因簇的鉴定 | 第144-148页 |
| ·大肠杆菌0166的O-抗原结构 | 第144-145页 |
| ·大肠杆菌0166 O-抗原基因簇序列分析 | 第145-146页 |
| ·单糖合成酶基因 | 第146页 |
| ·寡糖单位处理酶基因 | 第146页 |
| ·糖基转移酶基因 | 第146-147页 |
| ·wzy基因功能的鉴定 | 第147-148页 |
| ·大肠杆菌0166和沙门氏菌066 O-抗原基因簇的进化分析 | 第148-149页 |
| 第四章 讨论与结论 | 第149-150页 |
| 参考文献 | 第150-158页 |
| 致谢 | 第158-159页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第159-160页 |
