| 摘要 | 第3-5页 |
| abstract | 第5-6页 |
| 第一章 前言 | 第9-29页 |
| 1.1 古菌的概况 | 第9-14页 |
| 1.1.1 古菌的主要分类 | 第9-13页 |
| 1.1.2 中国南海古菌多样性的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 海洋沉积物中的微生物数量及定量方法 | 第14-16页 |
| 1.2.1 海洋沉积物环境 | 第14-15页 |
| 1.2.2 海洋沉积物中的微生物数量及定量方法 | 第15-16页 |
| 1.3 中国南海沉积物中潜在水合物区 | 第16-18页 |
| 1.3.1 水合物的介绍 | 第16-17页 |
| 1.3.2 全球潜在水合物区的分布 | 第17-18页 |
| 1.4 厌氧甲烷氧化古菌(Anaerobic methanotrophic archaea) | 第18-23页 |
| 1.5 海洋微生物学研究技术进展 | 第23-28页 |
| 1.5.1 环境微生物DNA的直接提取 | 第23-24页 |
| 1.5.2 测序平台 | 第24-27页 |
| 1.5.3 定量PCR(Quantificative Polymerase Chain Reaction) | 第27页 |
| 1.5.4 荧光原位杂交技术(FISH) | 第27-28页 |
| 1.6 本研究的目的、思路和意义 | 第28-29页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第29-43页 |
| 2.1 样品信息 | 第29-31页 |
| 2.1.1 常用培养基 | 第30-31页 |
| 2.2 溶液与试剂 | 第31-32页 |
| 2.2.1 50*TAE缓冲液成分 | 第31页 |
| 2.2.2 BSA试剂 | 第31页 |
| 2.2.3 试剂和试剂盒 | 第31-32页 |
| 2.3 菌种与质粒 | 第32页 |
| 2.4 实验中用到的引物 | 第32-33页 |
| 2.5 主要仪器 | 第33-34页 |
| 2.6 实验方法 | 第34-42页 |
| 2.6.1 古菌总DNA提取方法 | 第34-35页 |
| 2.6.2 聚合酶链式反应(PCR) | 第35-36页 |
| 2.6.3 琼脂糖凝胶电泳检验 | 第36页 |
| 2.6.4 酶切反应 | 第36页 |
| 2.6.5 琼脂糖凝胶中回收DNA片段 | 第36-37页 |
| 2.6.6 连接反应 | 第37页 |
| 2.6.7 转化 | 第37页 |
| 2.6.8 菌落PCR筛选重组子 | 第37-38页 |
| 2.6.9 转化感受态细胞的制备 | 第38页 |
| 2.6.10 定量PCR | 第38-39页 |
| 2.6.11 测序 | 第39页 |
| 2.6.12 数据分析软件 | 第39-41页 |
| 2.6.13 Illumina的 Miseq平台的高通量测序流程 | 第41-42页 |
| 2.7 数据分析网站及软件 | 第42-43页 |
| 第三章 中国南海北部陆坡沉积物古菌类群的多样性及丰度 | 第43-58页 |
| 3.1 中国南海北部陆坡沉积物古菌进行高通量测序 | 第43-44页 |
| 3.2 中国南海北部陆坡沉积物古菌高通量测序结果的评估 | 第44-46页 |
| 3.2.1 原始数据整理、过滤及质量评估 | 第44-46页 |
| 3.2.2 测序结果与分析 | 第46页 |
| 3.3 中国南海北部陆坡沉积物中古菌的主要类群 | 第46-53页 |
| 3.4 中国南海北部陆坡沉积物细菌、古菌和mcrA基因的丰度 | 第53-56页 |
| 3.5 讨论 | 第56-58页 |
| 3.5.1 中国南海北部陆坡沉积物的主要古菌类群 | 第56-57页 |
| 3.5.2 中国南海北部陆坡沉积物微生物的丰度 | 第57-58页 |
| 第四章 南海北部陆坡东部沉积物甲烷代谢古菌多样性 | 第58-63页 |
| 4.1 中国南海北部陆坡东部沉积物甲烷代谢古菌系统进化树的构建 | 第58-61页 |
| 4.2 中国南海北部陆坡东部沉积物甲烷代谢古菌的多样性 | 第61页 |
| 4.3 讨论 | 第61-63页 |
| 总结与展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第76-77页 |
| 附录 | 第77-79页 |
