| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-27页 |
| 1.1 引言 | 第9页 |
| 1.2 癌与遗传变异 | 第9-13页 |
| 1.2.1 癌与癌细胞 | 第9页 |
| 1.2.2 遗传变异 | 第9-10页 |
| 1.2.3 非编码区变异 | 第10-11页 |
| 1.2.4 癌与非编码区变异 | 第11-13页 |
| 1.3 转录因子结合位点 | 第13-16页 |
| 1.3.1 转录因子及其结合位点 | 第13-14页 |
| 1.3.2 染色质开放区域 | 第14页 |
| 1.3.3 染色质开放区域与转录因子结合位点 | 第14-16页 |
| 1.4 转录因子结合位点的测定与识别 | 第16-24页 |
| 1.4.1 基于高通量测序的转录因子结合位点及染色质开放区域检测技术 | 第16-20页 |
| 1.4.2 转录调控区域位置的提取 | 第20-22页 |
| 1.4.3 转录因子结合位点的预测 | 第22-24页 |
| 1.5 研究内容与意义 | 第24-27页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第24页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第24-25页 |
| 1.5.3 章节安排 | 第25-27页 |
| 第二章 转录调控区域的识别与分析 | 第27-37页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 实验数据 | 第27页 |
| 2.3 染色质开放区域的识别与分析 | 第27-34页 |
| 2.3.1 染色质开放区域的识别 | 第27-28页 |
| 2.3.2 细胞系间染色质开放区域的分析与比较 | 第28-31页 |
| 2.3.3 染色质开放区域在基因组上的分布特征 | 第31-34页 |
| 2.4 细胞系间位置保守染色质开放区域的筛选 | 第34-36页 |
| 2.5 本章小结 | 第36-37页 |
| 第三章 调控区域变异对转录因子结合的影响 | 第37-57页 |
| 3.1 引言 | 第37页 |
| 3.2 实验数据 | 第37-38页 |
| 3.2.1 转录组测序数据 | 第37-38页 |
| 3.2.2 单核苷酸多态性数据 | 第38页 |
| 3.3 染色质开放区域内模体的识别 | 第38-43页 |
| 3.4 转录因子结合位点上的SNP统计分析 | 第43-44页 |
| 3.5 转录因子结合位点上SNP对转录因子结合影响的评估方法 | 第44-45页 |
| 3.6 癌基因组中TFBS上SNP对受调控基因影响的评估分析 | 第45-55页 |
| 3.6.1 癌基因组中TFBS上SNP对下游基因的影响与联系 | 第45-52页 |
| 3.6.2 受影响基因与生物学功能相关 | 第52-55页 |
| 3.7 本章小结 | 第55-57页 |
| 第四章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 4.1 总结 | 第57-58页 |
| 4.2 展望 | 第58-59页 |
| 致谢 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-65页 |
| 附录 | 第65-69页 |
| 作者简介 | 第69页 |
