| 第一部分 高覆盖度甲基化重测序解析巴马香猪组织和时序特异位点 | 第7-10页 |
| 中文摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第二部分 基因组全序列关联分析研究F2家系肌纤维性状的遗传机理 | 第10-12页 |
| 中文摘要 | 第10-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一部分 高覆盖度甲基化重测序解析巴马香猪组织和时序特异位点 | 第12-69页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-24页 |
| 1 表观遗传学概述 | 第12页 |
| 2 DNA甲基化 | 第12-14页 |
| 2.1 DNA甲基化分子机制 | 第12-13页 |
| 2.2 DNA甲基化转移酶(DNMT) | 第13-14页 |
| 3 DNA去甲基化 | 第14-15页 |
| 3.1 被动去甲基化 | 第14页 |
| 3.2 主动去甲基化 | 第14-15页 |
| 4 DNA甲基化的生物学功能 | 第15-17页 |
| 4.1 DNA甲基化与基因表达调控 | 第15-16页 |
| 4.2 DNA甲基化与发育调节和组织分化 | 第16页 |
| 4.3 DNA甲基化与基因组印记 | 第16-17页 |
| 4.4 DNA甲基化与X染色体失活 | 第17页 |
| 4.5 DNA甲基化与肿瘤 | 第17页 |
| 5 全基因组甲基化的分析方法 | 第17-19页 |
| 5.1 DNA甲基化免疫共沉淀测序技术 | 第18页 |
| 5.2 全基因组重亚硫酸盐测序技术 | 第18-19页 |
| 5.3 简化代表性重亚硫酸盐测序技术 | 第19页 |
| 6 猪的DNA甲基化研究进展 | 第19-23页 |
| 6.1 基于DNA片段(位点)的甲基化检测 | 第19-20页 |
| 6.2 基于全基因组DNA甲基化水平检测 | 第20-23页 |
| 7 本项目选题背景、研究内容及目的意义 | 第23-24页 |
| 7.1 选题背景 | 第23页 |
| 7.2 研究内容 | 第23页 |
| 7.3 目的意义 | 第23-24页 |
| 第二章 研究内容 | 第24-69页 |
| 1 前言 | 第24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-27页 |
| 2.1 实验动物和样本 | 第24页 |
| 2.2 基因组DNA的提取及样品检测 | 第24-25页 |
| 2.3 全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS) | 第25-26页 |
| 2.4 生物信息学分析 | 第26-27页 |
| 3 实验结果与分析 | 第27-66页 |
| 3.1 参考序列比对分析 | 第27-31页 |
| 3.2 甲基化水平分析 | 第31-36页 |
| 3.3 胞嘧啶甲基化上下文 | 第36-37页 |
| 3.4 全基因组DMR和DMG分析 | 第37-66页 |
| 4 讨论 | 第66-68页 |
| 4.1 DNA甲基化水平 | 第66页 |
| 4.2 DMRs及其在基因结构上的分布 | 第66页 |
| 4.3 不同年龄段睾丸组织的甲基化差异 | 第66-67页 |
| 4.4 不同年龄段肌肉组织的甲基化差异 | 第67页 |
| 4.5 睾丸和肌肉组织的甲基化差异 | 第67页 |
| 4.6 候选基因 | 第67-68页 |
| 5 小结 | 第68-69页 |
| 第二部分 基因组全序列关联分析研究F2家系肌纤维性状的遗传机理 | 第69-89页 |
| 第一章 文献综述 | 第69-79页 |
| 1 肌纤维 | 第69-73页 |
| 1.1 骨骼肌的构成 | 第69页 |
| 1.2 肌纤维类型分类 | 第69-70页 |
| 1.3 影响肌纤维类型的因素 | 第70-71页 |
| 1.4 肌纤维类型与肉品质性状间的关系 | 第71-72页 |
| 1.5 肌肉生长发育调控基因 | 第72-73页 |
| 2 数量性状与基因组关联分析 | 第73-78页 |
| 2.1 QTL定位策略 | 第73-74页 |
| 2.2 全基因组关联分析(GWAS) | 第74-77页 |
| 2.2.1 GWAS统计分析原理 | 第74-75页 |
| 2.2.2 GWAS的性状选择 | 第75页 |
| 2.2.3 GWAS统计分析方法 | 第75页 |
| 2.2.4 GWAS试验设计类型 | 第75-76页 |
| 2.2.5 GWAS在肌纤维中的研究进展 | 第76页 |
| 2.2.6 GWAS的局限性 | 第76-77页 |
| 2.3 猪的全基因组测序 | 第77页 |
| 2.4 基因组全序列关联分析 | 第77-78页 |
| 3 本研究目的及意义 | 第78-79页 |
| 第二章 研究内容 | 第79-89页 |
| 1 前言 | 第79页 |
| 2 材料与方法 | 第79-82页 |
| 2.1 试验动物 | 第79-80页 |
| 2.2 表型测定 | 第80-81页 |
| 2.3 DNA提取与全基因组基因分型 | 第81页 |
| 2.4 基因型填充 | 第81页 |
| 2.5 单一性状GWAS研究 | 第81-82页 |
| 2.6 候选基因的筛选 | 第82页 |
| 3 试验结果与分析 | 第82-86页 |
| 3.1 表型相关性分析 | 第82-83页 |
| 3.2 基因型填充 | 第83页 |
| 3.3 单性状GWAS分析 | 第83-86页 |
| 4 讨论 | 第86-88页 |
| 5 结论 | 第88-89页 |
| 参考文献 | 第89-102页 |
| 中英文对照表 | 第102-103页 |
| 简历 | 第103-104页 |
| 致谢 | 第104页 |
