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家蚕转录本重构和选择性剪接研究

摘要第7-10页
ABSTRACT第10-13页
第1章 文献综述第14-26页
    1.1 转录组与转录组学第14-18页
        1.1.1 转录组与转录组学定义第14页
        1.1.2 转录组学研究方法第14-15页
        1.1.3 RNA-seq技术应用第15-18页
    1.2 选择性剪接第18-23页
        1.2.1 选择性剪接定义第18-21页
        1.2.2 选择性剪接生物学意义第21-23页
        1.2.3 选择性剪接模式识别第23页
    1.3 RNA-seq与家蚕第23-26页
        1.3.1 家蚕转录组研究第23-24页
        1.3.2 家蚕基因选择性剪接研究进展第24-26页
第2章 引言第26-28页
    2.1 研究背景与目的意义第26页
    2.2 主要研究内容第26-27页
    2.3 研究技术路线第27-28页
第3章 家蚕RNA-seq数据获取及转录本重构第28-40页
    3.1 实验材料第28页
        3.1.1 基因组及基因注释文件来源第28页
        3.1.2 数据来源第28页
        3.1.3 生物信息工具及其版本第28页
    3.2 实验方法第28-31页
        3.2.1 原始数据获得第28-29页
        3.2.2 样本测序质量分类第29页
        3.2.3 数据预处理第29-30页
        3.2.4 读长(reads)mapping到基因组第30页
        3.2.5 样本间相关性分析第30-31页
        3.2.6 Stringtie重构转录本第31页
        3.2.7 重构转录本与已注释转录本分析第31页
    3.3 实验结果第31-39页
        3.3.1 数据预处理第31-32页
        3.3.2 样本测序质量分类第32-33页
        3.3.3 测序原始数据统计与质量评估第33-34页
        3.3.4 Reads比对到基因组第34-36页
        3.3.5 转录本重构第36-37页
        3.3.6 重构转录本与注释转录本比较第37-39页
    3.4 小结与讨论第39-40页
第4章 重构转录本分类与注释第40-50页
    4.1 实验材料第40页
        4.1.1 数据来源第40页
        4.1.2 生物信息工具第40页
    4.2 实验方法第40-43页
        4.2.1 重构转录本分类第40-41页
        4.2.2 从未知转录本中预测新基因第41页
        4.2.3 LncRNA预测分析第41-42页
        4.2.4 编码基因基因与lncRNA基因表达量计算第42页
        4.2.5 LncRNA与基因共表达调控网分析第42-43页
    4.3 实验结果第43-48页
        4.3.1 重构转录本与基因集比较第43页
        4.3.2 新基因预测第43-44页
        4.3.3 LncRNA预测结果第44-45页
        4.3.4 LncRNA与编码基因共表达结果第45-48页
    4.4 小结与讨论第48-50页
第5章 家蚕全基因组选择性剪接事件分析第50-58页
    5.1 实验材料第50页
        5.1.1 数据来源第50页
        5.1.2 生物信息分析工具第50页
    5.2 实验方法第50页
        5.2.1 家蚕选择性剪接事件鉴定第50页
        5.2.2 选择性剪接事件在染色体上的分布第50页
    5.3 实验结果第50-55页
        5.3.1 选择性剪接数目及类型统计第50-51页
        5.3.2 选择性剪接在染色体分布情况第51-53页
        5.3.3 家蚕DSCAM基因鉴定第53-55页
    5.4 小结与讨论第55-58页
第6章 选择性剪接基因组织时期特异表达分析第58-68页
    6.1 实验材料第58页
        6.1.1 数据来源第58页
        6.1.2 生物信息分析工具第58页
    6.2 实验方法第58-59页
        6.2.1 选择性剪接与未具有选择性剪接基因表达量比较分析第58-59页
        6.2.2 特异选择性剪接事件定量分析第59页
        6.2.3 选择性剪接事件基因可视化第59页
    6.3 实验结果第59-66页
        6.3.1 选择性剪接与未具有选择性剪接基因表达量差异第59-60页
        6.3.2 选择性剪接事件时期特异表达模式第60-63页
        6.3.3 选择性剪接事件组织特异表达模式第63-66页
    6.4 小结与讨论第66-68页
第7章 综合与结论第68-70页
参考文献第70-82页
硕士在读期间发表论文情况第82-84页
致谢第84页

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