| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-26页 |
| 1.1 转录组与转录组学 | 第14-18页 |
| 1.1.1 转录组与转录组学定义 | 第14页 |
| 1.1.2 转录组学研究方法 | 第14-15页 |
| 1.1.3 RNA-seq技术应用 | 第15-18页 |
| 1.2 选择性剪接 | 第18-23页 |
| 1.2.1 选择性剪接定义 | 第18-21页 |
| 1.2.2 选择性剪接生物学意义 | 第21-23页 |
| 1.2.3 选择性剪接模式识别 | 第23页 |
| 1.3 RNA-seq与家蚕 | 第23-26页 |
| 1.3.1 家蚕转录组研究 | 第23-24页 |
| 1.3.2 家蚕基因选择性剪接研究进展 | 第24-26页 |
| 第2章 引言 | 第26-28页 |
| 2.1 研究背景与目的意义 | 第26页 |
| 2.2 主要研究内容 | 第26-27页 |
| 2.3 研究技术路线 | 第27-28页 |
| 第3章 家蚕RNA-seq数据获取及转录本重构 | 第28-40页 |
| 3.1 实验材料 | 第28页 |
| 3.1.1 基因组及基因注释文件来源 | 第28页 |
| 3.1.2 数据来源 | 第28页 |
| 3.1.3 生物信息工具及其版本 | 第28页 |
| 3.2 实验方法 | 第28-31页 |
| 3.2.1 原始数据获得 | 第28-29页 |
| 3.2.2 样本测序质量分类 | 第29页 |
| 3.2.3 数据预处理 | 第29-30页 |
| 3.2.4 读长(reads)mapping到基因组 | 第30页 |
| 3.2.5 样本间相关性分析 | 第30-31页 |
| 3.2.6 Stringtie重构转录本 | 第31页 |
| 3.2.7 重构转录本与已注释转录本分析 | 第31页 |
| 3.3 实验结果 | 第31-39页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第31-32页 |
| 3.3.2 样本测序质量分类 | 第32-33页 |
| 3.3.3 测序原始数据统计与质量评估 | 第33-34页 |
| 3.3.4 Reads比对到基因组 | 第34-36页 |
| 3.3.5 转录本重构 | 第36-37页 |
| 3.3.6 重构转录本与注释转录本比较 | 第37-39页 |
| 3.4 小结与讨论 | 第39-40页 |
| 第4章 重构转录本分类与注释 | 第40-50页 |
| 4.1 实验材料 | 第40页 |
| 4.1.1 数据来源 | 第40页 |
| 4.1.2 生物信息工具 | 第40页 |
| 4.2 实验方法 | 第40-43页 |
| 4.2.1 重构转录本分类 | 第40-41页 |
| 4.2.2 从未知转录本中预测新基因 | 第41页 |
| 4.2.3 LncRNA预测分析 | 第41-42页 |
| 4.2.4 编码基因基因与lncRNA基因表达量计算 | 第42页 |
| 4.2.5 LncRNA与基因共表达调控网分析 | 第42-43页 |
| 4.3 实验结果 | 第43-48页 |
| 4.3.1 重构转录本与基因集比较 | 第43页 |
| 4.3.2 新基因预测 | 第43-44页 |
| 4.3.3 LncRNA预测结果 | 第44-45页 |
| 4.3.4 LncRNA与编码基因共表达结果 | 第45-48页 |
| 4.4 小结与讨论 | 第48-50页 |
| 第5章 家蚕全基因组选择性剪接事件分析 | 第50-58页 |
| 5.1 实验材料 | 第50页 |
| 5.1.1 数据来源 | 第50页 |
| 5.1.2 生物信息分析工具 | 第50页 |
| 5.2 实验方法 | 第50页 |
| 5.2.1 家蚕选择性剪接事件鉴定 | 第50页 |
| 5.2.2 选择性剪接事件在染色体上的分布 | 第50页 |
| 5.3 实验结果 | 第50-55页 |
| 5.3.1 选择性剪接数目及类型统计 | 第50-51页 |
| 5.3.2 选择性剪接在染色体分布情况 | 第51-53页 |
| 5.3.3 家蚕DSCAM基因鉴定 | 第53-55页 |
| 5.4 小结与讨论 | 第55-58页 |
| 第6章 选择性剪接基因组织时期特异表达分析 | 第58-68页 |
| 6.1 实验材料 | 第58页 |
| 6.1.1 数据来源 | 第58页 |
| 6.1.2 生物信息分析工具 | 第58页 |
| 6.2 实验方法 | 第58-59页 |
| 6.2.1 选择性剪接与未具有选择性剪接基因表达量比较分析 | 第58-59页 |
| 6.2.2 特异选择性剪接事件定量分析 | 第59页 |
| 6.2.3 选择性剪接事件基因可视化 | 第59页 |
| 6.3 实验结果 | 第59-66页 |
| 6.3.1 选择性剪接与未具有选择性剪接基因表达量差异 | 第59-60页 |
| 6.3.2 选择性剪接事件时期特异表达模式 | 第60-63页 |
| 6.3.3 选择性剪接事件组织特异表达模式 | 第63-66页 |
| 6.4 小结与讨论 | 第66-68页 |
| 第7章 综合与结论 | 第68-70页 |
| 参考文献 | 第70-82页 |
| 硕士在读期间发表论文情况 | 第82-84页 |
| 致谢 | 第84页 |
