| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 前言 | 第9-23页 |
| 1.1 南瓜病毒病种类及危害特点 | 第9-11页 |
| 1.1.1 小西葫芦黄化花叶病毒(Zucchiniyellowmosaicvirus,ZYMV) | 第9页 |
| 1.1.2 西瓜花叶病毒(Watermelonmosaicvirus,WMV) | 第9-10页 |
| 1.1.3 南瓜花叶病毒(Squashmosaicvirus,SqMV) | 第10页 |
| 1.1.4 黄瓜花叶病毒(Cucumbermosaicvirus,CMV) | 第10页 |
| 1.1.5 南瓜曲叶病毒(Squashleafcurlvirus,SLCV) | 第10页 |
| 1.1.6 番木瓜花叶病毒(Papayamosaicvirus,PaMV) | 第10-11页 |
| 1.1.7 瓜类褪绿黄化病毒(Cucurbitchloroticyellowsvirus,CCYV) | 第11页 |
| 1.2 南瓜病毒病检测技术研究进展 | 第11-16页 |
| 1.2.1 血清学技术 | 第11-12页 |
| 1.2.2 电镜技术 | 第12页 |
| 1.2.3 聚合酶链反应技术 | 第12-13页 |
| 1.2.4 核酸杂交技术 | 第13页 |
| 1.2.5 双链RNA检测技术 | 第13-14页 |
| 1.2.6 酶联免疫吸附法 | 第14页 |
| 1.2.7 基因芯片技术 | 第14-15页 |
| 1.2.8 电化学酶免疫分法 | 第15页 |
| 1.2.9 免疫胶体金技术 | 第15-16页 |
| 1.2.10 核苷酸序列分析技术 | 第16页 |
| 1.3 植物RNA病毒分子进化研究概述 | 第16-18页 |
| 1.3.1 突变 | 第16页 |
| 1.3.2 重组 | 第16-17页 |
| 1.3.3 自然选择 | 第17-18页 |
| 1.3.4 遗传漂变 | 第18页 |
| 1.3.5 迁移 | 第18页 |
| 1.4 植物RNA病毒分子进化的研究方法 | 第18-22页 |
| 1.4.1 分子系统发生分析 | 第19-20页 |
| 1.4.2 种群遗传分析 | 第20-22页 |
| 1.5 本研究的目的意义 | 第22-23页 |
| 第二章 湖南南瓜主要病毒的分子鉴定 | 第23-37页 |
| 2.1 材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 样品采集及处理 | 第23-24页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第24页 |
| 2.1.3 主要仪器 | 第24页 |
| 2.2 样品总RNA提取及RNA深度测序 | 第24-30页 |
| 2.2.1 样品总RNA提取 | 第24-25页 |
| 2.2.2 总RNA质量评估 | 第25页 |
| 2.2.3 第一链cDNA合成和gDNA去除 | 第25-26页 |
| 2.2.4 样品深度测序 | 第26页 |
| 2.2.5 引物设计与合成 | 第26-27页 |
| 2.2.6 PCR扩增及产物鉴定 | 第27页 |
| 2.2.7 PCR产物回收 | 第27-28页 |
| 2.2.8 纯化产物 | 第28页 |
| 2.2.9 菌落PCR阳性克隆检测 | 第28-29页 |
| 2.2.10 质粒提取 | 第29-30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-36页 |
| 2.3.1 高通量测序检测结果 | 第30页 |
| 2.3.2 RNA质量检测 | 第30页 |
| 2.3.3 RT-PCR检测 | 第30-32页 |
| 2.3.4 RT-PCR条件优化 | 第32-36页 |
| 2.4 讨论 | 第36-37页 |
| 第三章 湖南南瓜主要病毒的外壳蛋白基因克隆与分子进化分析 | 第37-56页 |
| 3.1 材料 | 第37页 |
| 3.1.1 数据 | 第37页 |
| 3.1.2 数据分析软件 | 第37页 |
| 3.2 外壳蛋白全基因克隆拼接方法 | 第37-38页 |
| 3.2.1 克隆 | 第37-38页 |
| 3.2.2 拼接 | 第38页 |
| 3.3 序列分析 | 第38-40页 |
| 3.3.1 DNA序列数据处理 | 第38页 |
| 3.3.2 重组分析 | 第38-39页 |
| 3.3.3 系统发育分析 | 第39页 |
| 3.3.4 遗传差异以及基因交流 | 第39页 |
| 3.3.5 选择压力分析 | 第39-40页 |
| 3.3.6 种群结构分析 | 第40页 |
| 3.4 结果与分析 | 第40-54页 |
| 3.4.1 ZYMV分子系统发生进化分析 | 第40-45页 |
| 3.4.2 WMV进化分析 | 第45-50页 |
| 3.4.3 CCYV分子系统发生进化分析 | 第50-54页 |
| 3.5 讨论 | 第54-56页 |
| 第四章 全文总结与讨论 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-66页 |
| 附录 | 第66-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
| 个人简介 | 第69页 |
