| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 固有无序蛋白 | 第12-18页 |
| 1.1.1 固有无序蛋白的结构性质 | 第13-14页 |
| 1.1.2 固有无序蛋白的生物学功能 | 第14-15页 |
| 1.1.3 固有无序蛋白与人类疾病 | 第15-16页 |
| 1.1.4 研究固有无序蛋白结构的挑战 | 第16-18页 |
| 1.2 固有无序蛋白胰岛淀粉样多肽和和β-淀粉样多肽 | 第18-21页 |
| 1.2.1 胰岛淀粉样多肽(IAPP) | 第18-20页 |
| 1.2.2 β-淀粉样多肽(Aβ42) | 第20-21页 |
| 1.3 本文的研究方法及内容安排 | 第21-23页 |
| 第二章 理论与方法 | 第23-41页 |
| 2.1 分子动力学模拟(MD) | 第23-25页 |
| 2.2 力场 | 第25-32页 |
| 2.2.1 力场简介 | 第26-31页 |
| 2.2.2 固有无序蛋白的常用力场 | 第31-32页 |
| 2.3 增强采样技术 | 第32-38页 |
| 2.3.1 多元动力学 metadynamics(MetaD) | 第33-36页 |
| 2.3.2 副本交换多元动力学Bais-exchange metadynamics (BE-MetaD) | 第36-37页 |
| 2.3.3 副本平均多元动力学Replica-averaged Metadynamics (RAM) | 第37-38页 |
| 2.4 分析方法 | 第38-41页 |
| 2.4.1 STRIDE二级结构预测 | 第38页 |
| 2.4.2 化学位移预测 | 第38-39页 |
| 2.4.3 MD聚类分析 | 第39页 |
| 2.4.4 BE-MetaD和RAM重建自由能面及计算可观测物理量 | 第39-41页 |
| 第三章 测试ff14IDPSFF力场在hIAPP和Aβ42中的应用 | 第41-55页 |
| 3.1 ff14IDPSFF简介 | 第41-42页 |
| 3.2 体系构建及模拟过程 | 第42-45页 |
| 3.2.1 hIAPP初始结构构建和模拟过程 | 第42-43页 |
| 3.2.2 Aβ42初始结构构建和模拟过程 | 第43-45页 |
| 3.3 hIAPP结果及分析 | 第45-49页 |
| 3.3.1 预测化学位移精确度 | 第45-47页 |
| 3.3.2 hIAPP二级结构 | 第47页 |
| 3.3.3 hIAPP的结构系综 | 第47-49页 |
| 3.4 Aβ42结果及分析 | 第49-54页 |
| 3.4.1 预测化学位移精确度 | 第49-51页 |
| 3.4.2 Aβ42二级结构 | 第51-52页 |
| 3.4.3 Aβ42的结构系综 | 第52-54页 |
| 3.5 总结和讨论 | 第54-55页 |
| 第四章 副本平均多元动力学RAM方法对IAPP的模拟研究 | 第55-71页 |
| 4.1 hIAPP体系构建及模拟方法 | 第56-58页 |
| 4.1.1 传统分子动力学模拟(MD) | 第56-57页 |
| 4.1.2 副本交换多元动力学(BE-MetaD) | 第57-58页 |
| 4.1.3 副本平均多元动力学(RAM) | 第58页 |
| 4.2 rIAPP体系构建及模拟方法 | 第58-61页 |
| 4.2.1 普通分子动力学模拟(MD) | 第59-60页 |
| 4.2.2 副本交换多元动力学(BE-MetaD) | 第60页 |
| 4.2.3 副本平均多元动力学(RAM) | 第60-61页 |
| 4.3 结果 | 第61-68页 |
| 4.3.1 预测化学位移精确度 | 第61-64页 |
| 4.3.2 二级结构 | 第64-66页 |
| 4.3.3 hIAPP和rIAPP的结构系综 | 第66-68页 |
| 4.4 总结和讨论 | 第68-71页 |
| 第五章 副本平均多元动力学RAM方法对Aβ42的模拟研究 | 第71-82页 |
| 5.1 Aβ42体系构建及模拟方法 | 第72-74页 |
| 5.1.1 传统分子动力学模拟(MD) | 第72-73页 |
| 5.1.2 副本交换多元动力学(BE-MetaD) | 第73-74页 |
| 5.1.3 副本平均多元动力学(RAM) | 第74页 |
| 5.2 结果 | 第74-80页 |
| 5.2.1 预测化学位移精确度 | 第74-77页 |
| 5.2.2 二级结构 | 第77-78页 |
| 5.2.3 Aβ42结构系综 | 第78-80页 |
| 5.3 总结和讨论 | 第80-82页 |
| 第六章 总结与展望 | 第82-84页 |
| 6.1 主要结论 | 第82-83页 |
| 6.2 工作展望 | 第83-84页 |
| 参考文献 | 第84-101页 |
| 致谢 | 第101页 |
