| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 引言 | 第12-36页 |
| 1.1 类病毒概述 | 第12-19页 |
| 1.1.1 类病毒的发现 | 第12页 |
| 1.1.2 类病毒的分类及二级结构 | 第12-17页 |
| 1.1.3 类病毒的复制 | 第17页 |
| 1.1.4 类病毒的重组与进化 | 第17-18页 |
| 1.1.5 类病毒病害的防控 | 第18-19页 |
| 1.2 类病毒的生物学特征 | 第19-23页 |
| 1.2.1 类病毒的寄主范围 | 第19页 |
| 1.2.2 类病毒引起的症状 | 第19页 |
| 1.2.3 类病毒在寄主体内的运动 | 第19-21页 |
| 1.2.4 类病毒的传播途径及地理分布 | 第21-22页 |
| 1.2.5 交叉保护 | 第22-23页 |
| 1.3 类病毒的致病机制 | 第23-27页 |
| 1.3.1 类病毒特异结构单元调节其致病性 | 第23-25页 |
| 1.3.2 类病毒与寄主因子相互作用 | 第25-26页 |
| 1.3.3 RNA沉默 | 第26-27页 |
| 1.4 寄主对类病毒的防御机制 | 第27-28页 |
| 1.4.1 RNA沉默类病毒RNA | 第27页 |
| 1.4.2 核酸酶降解类病RNA | 第27-28页 |
| 1.4.3 寄主对类病毒RNA进行修饰 | 第28页 |
| 1.5 啤酒花矮化类病毒 | 第28-29页 |
| 1.6 高通量测序技术及RNA测序的种类 | 第29-33页 |
| 1.6.1 高通量测序技术 | 第29-31页 |
| 1.6.2 RNA测序的种类 | 第31-33页 |
| 1.7 高通量测序在植物病毒学研究中的应用 | 第33-34页 |
| 1.7.1 检测、发现和鉴定植物病毒和类病毒 | 第33-34页 |
| 1.7.2 揭示植物-病毒或类病毒互作机制 | 第34页 |
| 1.8 本研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第二章 啤酒花矮化类病毒不同突变体致病性差异分析 | 第36-54页 |
| 2.1 材料与方法 | 第36-46页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第36页 |
| 2.1.2 HSVd突变体及其侵染性克隆的构建 | 第36-40页 |
| 2.1.3 体外转录 | 第40-42页 |
| 2.1.4 接种物的制备 | 第42页 |
| 2.1.5 黄瓜幼苗的培养及接种 | 第42-43页 |
| 2.1.6 总RNA的提取 | 第43页 |
| 2.1.7 HSVd基因组的克隆和测序 | 第43-45页 |
| 2.1.8 Northern blotting | 第45-46页 |
| 2.2 结果与分析 | 第46-50页 |
| 2.2.1 HSVd突变体 | 第46-47页 |
| 2.2.2 HSVd突变体的致病力 | 第47-48页 |
| 2.2.3 HSVd-g系列突变体的复制效率 | 第48页 |
| 2.2.4 HSVd-g系列突变体的遗传稳定性 | 第48-50页 |
| 2.3 讨论 | 第50-52页 |
| 2.3.1 类病毒碱基变化影响其致病力 | 第50页 |
| 2.3.2 类病毒碱基突变影响其复制效率 | 第50-51页 |
| 2.3.3 类病毒浓度积累与其致病力的关系 | 第51页 |
| 2.3.4 类病毒突变体的稳定性 | 第51-52页 |
| 2.4 结论 | 第52-54页 |
| 第三章 接种啤酒花矮化类病毒不同变体的黄瓜转录组分析 | 第54-76页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-58页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第54页 |
| 3.1.2 侵染性克隆的构建及体外转录 | 第54页 |
| 3.1.3 接种物的制备、接种及植株的培养 | 第54页 |
| 3.1.4 总RNA的提取 | 第54-55页 |
| 3.1.5 HSVd基因组的克隆及测序 | 第55页 |
| 3.1.6 Northern blotting | 第55页 |
| 3.1.7 cDNA文库的构建及RNA-seq | 第55-56页 |
| 3.1.8 差异表达基因的筛选 | 第56页 |
| 3.1.9 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第56页 |
| 3.1.10 荧光定量PCR | 第56-58页 |
| 3.1.11 光合速率的测定 | 第58页 |
| 3.2 结果与分析 | 第58-72页 |
| 3.2.1 HSVd-h和HSVd-g54在黄瓜上引起不同的症状 | 第58-59页 |
| 3.2.2 接种HSVd-h和HSVd-g54的黄瓜的转录组测序结果 | 第59-62页 |
| 3.2.3 接种HSVd-h和HSVd-g54的黄瓜基因表达情况的比较 | 第62-64页 |
| 3.2.4 GO功能富集分析 | 第64-67页 |
| 3.2.5 KEGG通路富集分析 | 第67-69页 |
| 3.2.6 HSVd侵染诱导基本防御反应相关基因的表达 | 第69页 |
| 3.2.7 HSVd侵染抑制光合作用相关基因的表达 | 第69-71页 |
| 3.2.8 HSVd侵染诱导水杨酸相关基因的表达 | 第71页 |
| 3.2.9 HSVd侵染诱导CsRDR1表达 | 第71-72页 |
| 3.3 讨论 | 第72-75页 |
| 3.3.1 类病毒侵染激发植物的基本防御反应 | 第72-73页 |
| 3.3.2 类病毒侵染抑制植物光合作用 | 第73页 |
| 3.3.3 水杨酸在类病毒-植物互作中的作用 | 第73-74页 |
| 3.3.4 CsRDR1基因响应类病毒的侵染 | 第74-75页 |
| 3.4 结论 | 第75-76页 |
| 第四章 啤酒花矮化类病毒不同变体对黄瓜miRNA的影响 | 第76-104页 |
| 4.1 材料与方法 | 第77-82页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第77页 |
| 4.1.2 侵染性克隆的构建及体外转录 | 第77页 |
| 4.1.3 接种物的制备及接种 | 第77页 |
| 4.1.4 总RNA的提取 | 第77页 |
| 4.1.5 文库的构建及测序 | 第77-78页 |
| 4.1.6 已知miRNA的比对 | 第78页 |
| 4.1.7 新miRNA的预测 | 第78页 |
| 4.1.8 差异表达miRNA的筛选 | 第78页 |
| 4.1.9 miRNA及其靶标基因的荧光定量PCR | 第78-80页 |
| 4.1.10 miRNA靶基因的预测 | 第80页 |
| 4.1.11 5'RLM-RACE | 第80-82页 |
| 4.1.12 miRNA靶标基因的GO和KEGG富集分析 | 第82页 |
| 4.2 结果与分析 | 第82-102页 |
| 4.2.1 高通量测序及黄瓜sRNA的特征 | 第82-85页 |
| 4.2.2 已知miRNA的鉴定及表达 | 第85-89页 |
| 4.2.3 新miRNA的鉴定及表达 | 第89-92页 |
| 4.2.4 miRNA差异表达分析 | 第92-97页 |
| 4.2.5 miRNA及其靶标基因的RT-qPCR验证 | 第97-98页 |
| 4.2.6 差异表达miRNA靶标基因的预测 | 第98-99页 |
| 4.2.7 5'RLM-RACE验证miRNA的剪切位点 | 第99-100页 |
| 4.2.8 差异miRNA靶基因富集分析 | 第100-102页 |
| 4.3 讨论 | 第102-103页 |
| 4.4 结论 | 第103-104页 |
| 第五章 全文结论与展望 | 第104-106页 |
| 5.1 全文结论 | 第104页 |
| 5.2 研究展望 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-126页 |
| 致谢 | 第126-127页 |
| 附录 | 第127-138页 |
| 作者简介 | 第138页 |
