| 摘要 | 第6-8页 |
| 英文摘要 | 第8-10页 |
| 符号说明 | 第14-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-38页 |
| 1.1 氨基香豆素类抗生素及其生物合成基因簇 | 第17-20页 |
| 1.2 Novobiocin和Clorobiocin结构中的环A部分 | 第20-21页 |
| 1.3 Clorobiocin生物合成中的异戊烯基转移酶 | 第21页 |
| 1.4 芳香族异戊烯基转移酶 | 第21-23页 |
| 1.5 微生物芳香族异戊烯基转移酶的进化关系 | 第23页 |
| 1.6 来源于放线菌的异戊烯基取代的芳香族次级代谢产物 | 第23-24页 |
| 1.7 异戊烯基单元的生物合成 | 第24-26页 |
| 1.8 酚/酚嗪异戊烯基转移酶 | 第26-28页 |
| 1.9 吲哚异戊烯基转移酶 | 第28-30页 |
| 1.10 与膜相连的Ubi A异戊烯基转移酶 | 第30-34页 |
| 1.10.1 脂醌生物合成中的Ubi A异戊烯基转移酶 | 第30-32页 |
| 1.10.2 微生物次级代谢中的Ubi A异戊烯基转移酶 | 第32-33页 |
| 1.10.3 植物次级代谢中的Ubi A异戊烯基转移酶 | 第33-34页 |
| 1.11 氨基香豆素类抗生素生物合成中的酰胺合成酶 | 第34-36页 |
| 1.12 本研究的目的和意义 | 第36-38页 |
| 第二章 实验材料和方法 | 第38-58页 |
| 2.1 实验材料 | 第38-47页 |
| 2.1.1 菌株和质粒 | 第38-40页 |
| 2.1.2 培养基和化学试剂 | 第40-44页 |
| 2.1.3 引物 | 第44-47页 |
| 2.2 实验方法 | 第47-58页 |
| 2.2.0 微生物培养及其菌种保藏 | 第47页 |
| 2.2.1 大肠杆菌质粒DNA的提取 | 第47页 |
| 2.2.2 厦门链霉菌总DNA的少量快速提取 | 第47-48页 |
| 2.2.3 总DNA溶液中蛋白质及RNA的去除 | 第48页 |
| 2.2.4 厦门链霉菌基因组文库的构建 | 第48-49页 |
| 2.2.5 厦门链霉菌基因组文库的筛选 | 第49页 |
| 2.2.6 大肠杆菌感受态细胞的制备 | 第49-50页 |
| 2.2.7 质粒DNA转化进入大肠杆菌感受态细胞中 | 第50页 |
| 2.2.8 DNA片段的回收 | 第50页 |
| 2.2.9 厦门链霉菌总RNA的提取 | 第50-51页 |
| 2.2.10 细胞干重的测定 | 第51页 |
| 2.2.11 基因组DNA的去除及RNA的纯化 | 第51页 |
| 2.2.12 反转录PCR（RT－PCR） | 第51-52页 |
| 2.2.13 脉冲电泳（PFGE）技术 | 第52-53页 |
| 2.2.14 两亲本杂交介导的质粒DNA的跨属接合转移 | 第53页 |
| 2.2.15 双交换基因置换基因中断菌株的筛选 | 第53页 |
| 2.2.16 双交换中基因置换或者基因中断菌株的鉴定和确认 | 第53-54页 |
| 2.2.17 双交换中基因置换或基因中断菌株鉴定的PCR反应 | 第54页 |
| 2.2.18 厦门霉素的发酵 | 第54页 |
| 2.2.19 化合物的HPLC分析 | 第54-55页 |
| 2.2.20 化合物的高压液相色谱-质谱联用分析 | 第55页 |
| 2.2.21 Xim A的Km值测定 | 第55页 |
| 2.2.22 化合物的高压气相色谱-质谱联用分析 | 第55-56页 |
| 2.2.23 化合物的NMR检测 | 第56页 |
| 2.2.24 小片段DNA测序和厦门链霉菌基因组的扫描和ORF的预测 | 第56页 |
| 2.2.25 融合蛋白的表达和纯化 | 第56-57页 |
| 2.2.26 SDS-PAGE分析 | 第57页 |
| 2.2.27 生物信息学分析 | 第57-58页 |
| 第三章 候选生物合成基因簇的定位 | 第58-69页 |
| 3.1 定位生物合成基因簇的常用策略——特殊的酶 | 第58页 |
| 3.2 厦门链霉菌基因组文库的构建、基因组测序和注释 | 第58-60页 |
| 3.3 候选基因簇的定位——同位素喂养试验 | 第60-61页 |
| 3.4 候选基因簇的定位——6 个ubi A基因的转录分析 | 第61-63页 |
| 3.5 候选基因簇的定位——3 个转录ubi A基因及邻近基因的生物信息学分析 · 633.6 假定的厦门霉素生物合成途径 | 第63-65页 |
| 3.6 假定的厦门霉素生物合成途径 | 第65页 |
| 3.7 讨论和小结 | 第65-68页 |
| 本章小结 | 第68-69页 |
| 第四章 基因簇中单个基因功能 | 第69-101页 |
| 4.1 目标基因簇xim的异源表达 | 第69-70页 |
| 4.2 xim C基因的功能——完成厦门霉素生物合成途径第一步 | 第70-77页 |
| 4.2.1 xim C基因的置换 | 第71-74页 |
| 4.2.2 △ xim C突变株的喂养试验 | 第74-75页 |
| 4.2.3 Xim C的体外试验 | 第75-77页 |
| 4.3 xim B基因的功能——完成厦门霉素生物合成途径第二步 | 第77-82页 |
| 4.3.1 xim B基因的置换 | 第77-80页 |
| 4.3.2 Xim B的体外试验 | 第80-82页 |
| 4.4 xim D和xim E基因的功能——完成厦门霉素生物合成途径第三步和第四步 | 第82-89页 |
| 4.4.1 xim D基因的置换 | 第82-83页 |
| 4.4.2 △ xim D突变株的喂养试验 | 第83-84页 |
| 4.4.3 xim E基因的置换 | 第84-85页 |
| 4.4.4 △ xim E突变株的喂养试验 | 第85-86页 |
| 4.4.5 Xim D和Xim E的体外试验 | 第86-89页 |
| 4.5 xim A基因的功能——完成厦门霉素生物合成途径最后一步 | 第89-95页 |
| 4.5.1 xim A基因的置换 | 第89-90页 |
| 4.5.2 中间代谢产物的鉴定 | 第90-93页 |
| 4.5.3 Xim A的体外试验 | 第93-95页 |
| 4.6 厦门霉素的生物合成途径 | 第95-96页 |
| 4.7 讨论和小结 | 第96-99页 |
| 本章小结 | 第99-101页 |
| 第五章 总结与展望 | 第101-103页 |
| 5.1 本研究工作总结和主要创新点 | 第101-102页 |
| 5.2 进一步工作和展望 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-110页 |
| 附录 | 第110-125页 |
| 一、厦门霉素B的氢谱 | 第110-111页 |
| 二、厦门霉素B的COSY谱 | 第111-112页 |
| 三、厦门霉素B的碳谱 | 第112-113页 |
| 四、厦门霉素B的d135谱 | 第113-114页 |
| 五、厦门霉素B的HSQCGP谱 | 第114-115页 |
| 六、厦门霉素B的HMBC谱 | 第115-116页 |
| 七、厦门霉素B的NOESY谱 | 第116-117页 |
| 八、载体p JTU1278示意图 | 第117-118页 |
| 九、载体p SET152示意图 | 第118-119页 |
| 十、ORF4922~4927的序列分析 | 第119-120页 |
| 十一、ORF5062~5067的序列分析 | 第120-121页 |
| 十二、13个 4HB的结构类似物 | 第121-122页 |
| 十三、HPLC检测含有载体p LMO09404的S. lividans产物 | 第122-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
| 攻读学位期间已发表的学术论文 | 第127页 |
