| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 縮略语表 | 第6-7页 |
| 1 引言 | 第7-14页 |
| 1.1 铜绿假单胞菌简介 | 第7-8页 |
| 1.1.1 铜绿假单胞菌概况 | 第7页 |
| 1.1.2 铜绿假单胞菌基因组结构特点及研究现状 | 第7-8页 |
| 1.2 微生物基因组学 | 第8-11页 |
| 1.2.1 微生物基因组学的研究历史 | 第8-9页 |
| 1.2.2 微生物基因组学研究内容及应用 | 第9-11页 |
| 1.3 全基因组重测序研究 | 第11-14页 |
| 1.3.1 全基因组重测序研究进展 | 第11-12页 |
| 1.3.2 全基因组测序技术简介 | 第12-14页 |
| 1.4 本研究目的和意义 | 第14页 |
| 2 材料与方法 | 第14-20页 |
| 2.1 材料 | 第14页 |
| 2.2 主要仪器和设备 | 第14页 |
| 2.3 主要试剂 | 第14页 |
| 2.4 方法 | 第14-20页 |
| 2.4.1 构建TruSeq DNA文库 | 第14-19页 |
| 2.4.2 全基因组测序 | 第19页 |
| 2.4.3 筛选SNPs和InDels | 第19页 |
| 2.4.4 功能注释 | 第19-20页 |
| 3 结果与分析 | 第20-35页 |
| 3.1 全基因组测序 | 第20-24页 |
| 3.1.1 测序方案 | 第20页 |
| 3.1.2 原始下机数据和过滤 | 第20-21页 |
| 3.1.3 统计长度分布 | 第21-23页 |
| 3.1.4 将clean reads map到参考基因组上 | 第23-24页 |
| 3.1.5 SNPs和InDels的筛选 | 第24页 |
| 3.2 功能注释 | 第24-35页 |
| 3.2.1 SNPs功能注释 | 第24-29页 |
| 3.2.1.1 COG功能分类 | 第24-27页 |
| 3.2.1.2 总SNPs分布的GO(Gene Ontology)分类 | 第27-29页 |
| 3.2.1.3 KEGG Pathway 功能分类 | 第29页 |
| 3.2.2 InDels位点功能注释 | 第29-35页 |
| 4 讨论 | 第35-36页 |
| 致谢 | 第36-37页 |
| 参考文献 | 第37-41页 |
| 附录 | 第41-48页 |
| 作者简介 | 第48页 |
