| 摘要 | 第7-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| Chapter 1 Introduction & Review of Literature | 第12-15页 |
| 1.1 Translation regulation | 第12-13页 |
| 1.2 Translation Efficiency | 第13页 |
| 1.3 Codon usage and translation level | 第13-15页 |
| Chapter 2 Codon usage bias | 第15-19页 |
| 2.2 Factors effecting codon usage | 第15-19页 |
| 2.2.1 Natural selection affecting codon usage | 第15-17页 |
| 2.2.2 Mutational bias affecting codon usage | 第17-18页 |
| 2.2.3 Codon adaptation of t RNA abundance and codon usage | 第18-19页 |
| Chapter 3 | 第19-21页 |
| 3.1 Analysis of Codon Usage | 第19页 |
| 3.2 Multivariate Analysis | 第19-21页 |
| 3.2.1 Cluster Analysis | 第19-20页 |
| 3.2.2 Correspondence (CO) Analysis | 第20-21页 |
| Chapter 4 Codon usage bias and evolutionary analyses of Zika virus genomes | 第21-39页 |
| 4.1 Introduction | 第21-22页 |
| 4.2 Materials and Methods | 第22-25页 |
| 4.2.1 Data collection | 第22-23页 |
| 4.2.2 Nucleotide contents analysis | 第23页 |
| 4.2.3 Data analysis | 第23-24页 |
| 4.2.4 Codon adaptation index (CAI) analysis | 第24页 |
| 4.2.5 Correspondence analysis | 第24页 |
| 4.2.6 Similarity index analysis | 第24-25页 |
| 4.2.7 Neighbor-joining analysis of ZIKV based on GC3 | 第25页 |
| 4.2.8 Correlation analysis | 第25页 |
| 4.3 Results and Discussion | 第25-38页 |
| 4.3.1 Nucleotide contents analysis in ZIKV | 第25-28页 |
| 4.3.2 General codon usage pattern in ZIKV | 第28-29页 |
| 4.3.3 Variation in codon usage among ZIKV genes | 第29-31页 |
| 4.3.4 Determining Codon usage preferences using RSCU Analysis | 第31-33页 |
| 4.3.5 Codon Usage Adaptation in ZIKV | 第33-34页 |
| 4.3.6 Effect of mutational pressure on ZIKV codon usage bias | 第34-35页 |
| 4.3.7 GC3 distribution for ZIKV Strains | 第35-36页 |
| 4.3.8 ZIKV codon usage and cell t RNA isoacceptor abundance | 第36页 |
| 4.3.9 Codon usage pattern based on similarity index analysis | 第36-38页 |
| 4.4 Conclusions | 第38-39页 |
| Chapter 5 Analysis of codon usage bias of Crimean-Congo Hemorrhagic fever virus and its adaptation to hosts | 第39-78页 |
| 5.1 Introduction | 第39-41页 |
| 5.2 Material and Methods | 第41-49页 |
| 5.2.1 Data collection | 第41-47页 |
| 5.2.2 Nucleotide contents analysis | 第47页 |
| 5.2.3 Data analysis | 第47-48页 |
| 5.2.4 Discerning the similarity effect of codon bias | 第48页 |
| 5.2.5 Codon adaptation index (CAI) analysis | 第48-49页 |
| 5.2.6 Correspondence analysis | 第49页 |
| 5.2.7 Phylogenetic analysis of CCHFV | 第49页 |
| 5.2.8 Correlation analysis | 第49页 |
| 5.2.9 t RNA adaptation index | 第49页 |
| 5.3 Results and Discussion | 第49-76页 |
| 5.3.1 Nucleotide contents analysis in CCHFV | 第49-60页 |
| 5.3.2 Determining codon usage preferences using RSCU Analysis | 第60-64页 |
| 5.3.3 Measuring the similarity effects between the overall codon usage of hosts and that of CCHFV | 第64-65页 |
| 5.3.4 General codon usage pattern in CCHFV | 第65-68页 |
| 5.3.5 Relationship between relative abundance of dinucleotides and codon usage in CCHFV | 第68-69页 |
| 5.3.6 Variation in codon usage among CCHFVs | 第69-71页 |
| 5.3.7 Codon usage adaptation in CCHFV | 第71-73页 |
| 5.3.8 Influencing factors of codon usage pattern | 第73-76页 |
| 5.4 Conclusion | 第76-78页 |
| References | 第78-89页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第89-90页 |
| Curriculum Vitae | 第90-94页 |
