| 中文摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-9页 |
| 第一章 综述 | 第15-58页 |
| 1.1 统计力学基础 | 第15-20页 |
| 1.1.1 宏观状态和微观状态 | 第15-16页 |
| 1.1.2 系综 | 第16-17页 |
| 1.1.3 配分函数 | 第17-18页 |
| 1.1.4 统计力学与模拟计算关系 | 第18-20页 |
| 1.2 分子动力学模拟 | 第20-29页 |
| 1.2.1 分子力学 | 第20-23页 |
| 1.2.2 分子动力学模拟 | 第23-27页 |
| 1.2.3 溶剂介电模型 | 第27-29页 |
| 1.3 配体-受体相互作用及结合自由能理论计算 | 第29-50页 |
| 1.3.1 配体-受体相互作用的物理化学基础 | 第29-30页 |
| 1.3.2 配体-受体结合自由能计算方法概述 | 第30-50页 |
| 1.4 PBSA_E方法发展 | 第50-52页 |
| 1.5 INTERACTIONENTROPY方法概述 | 第52-56页 |
| 1.6 AS-IE计算蛋白-配体残基特异性结合能 | 第56-57页 |
| 1.7 本文结构 | 第57-58页 |
| 第二章 PBSA_E:基于PBSA的打分函数发展 | 第58-70页 |
| 2.1 引言 | 第58-59页 |
| 2.2 计算方法介绍 | 第59-62页 |
| 2.2.1 蛋白-配体训练集 | 第59页 |
| 2.2.2 蛋白-配体测试集 | 第59-60页 |
| 2.2.3 MD模拟 | 第60-61页 |
| 2.2.4 MM/PBSA计算 | 第61-62页 |
| 2.3 结果和讨论 | 第62-69页 |
| 2.3.1 训练集 | 第62-63页 |
| 2.3.2 测试集1 | 第63-64页 |
| 2.3.3 测试集2 | 第64-65页 |
| 2.3.4 相关系数和RMSE | 第65-67页 |
| 2.3.5 单构象与多构象计算结果讨论 | 第67-69页 |
| 2.4 小结 | 第69-70页 |
| 第三章 IE计算蛋白-配体结合自由能 | 第70-83页 |
| 3.1 引言 | 第70-72页 |
| 3.2 计算方法介绍 | 第72-76页 |
| 3.2.1 计算细节 | 第72-73页 |
| 3.2.2 MM/PBSA方法 | 第73-74页 |
| 3.2.3 相互作用熵 | 第74-76页 |
| 3.3 结果和讨论 | 第76-82页 |
| 3.3.1 结果比较 | 第76-80页 |
| 3.3.2 讨论 | 第80-82页 |
| 3.4 小结 | 第82-83页 |
| 第四章 ASIE计算残基特异性结合自由能 | 第83-98页 |
| 4.1 引言 | 第83-84页 |
| 4.2 理论方法 | 第84-88页 |
| 4.2.1 丙氨酸扫描在残基特异性结合自由能计算中的应用 | 第84-85页 |
| 4.2.2 相互作用熵计算气态下变异前后能量差 | 第85-86页 |
| 4.2.3 MM/GBSA来计算溶剂化自由能 | 第86-87页 |
| 4.2.4 总的结合自由能 | 第87页 |
| 4.2.5 MD模拟 | 第87-88页 |
| 4.3 结果和讨论 | 第88-97页 |
| 4.3.1 蛋白质的内介电常数 | 第89页 |
| 4.3.2 第一代抑制剂 | 第89-93页 |
| 4.3.3 第二代抑制剂 | 第93-97页 |
| 4.3.4 总的结合自由能 | 第97页 |
| 4.4 小结 | 第97-98页 |
| 第五章 总结和展望 | 第98-103页 |
| 5.1 本论文的意义和创新之处 | 第98-101页 |
| 5.2 未来和展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-114页 |
| 致谢 | 第114-116页 |
| 作者简历及在学期间所取得的科研成果 | 第116页 |