| 中文摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 研究背景 | 第10-22页 |
| 1.1 有害突变研究进展 | 第10-20页 |
| 1.1.1 有害突变的定义 | 第10页 |
| 1.1.2 有害突变的产生与作用机制 | 第10-12页 |
| 1.1.3 有害突变的检测方法 | 第12-17页 |
| 1.1.4 动植物驯化与有害突变积累 | 第17-18页 |
| 1.1.5 有害突变对家畜表型的影响 | 第18-20页 |
| 1.2 牦牛驯化的研究进展 | 第20-21页 |
| 1.3 科学问题和研究意义 | 第21-22页 |
| 第二章 材料与方法 | 第22-29页 |
| 2.1 样本采集、DNA提取与基因组测序 | 第22页 |
| 2.2 基因组遗传变异分析 | 第22-24页 |
| 2.2.1 数据过滤与质量评估 | 第22页 |
| 2.2.2 基因组序列比对 | 第22-23页 |
| 2.2.3 SNP的鉴定 | 第23页 |
| 2.2.4 SNP注释 | 第23-24页 |
| 2.2.5 位点频谱评估 | 第24页 |
| 2.3 有害突变鉴定 | 第24-26页 |
| 2.3.1 基于PROVEAN软件的鉴定 | 第24-25页 |
| 2.3.2 基于PolyPhen2软件的鉴定 | 第25页 |
| 2.3.3 基于SIFT4G软件的鉴定 | 第25-26页 |
| 2.3.4 有害突变数据集的确定与评估 | 第26页 |
| 2.4 驯化和野生牦牛有害突变的比较分析 | 第26-27页 |
| 2.4.1 私有突变 | 第26-27页 |
| 2.4.2 在驯化和野生牦牛中有害突变数量比较 | 第27页 |
| 2.5 驯化牦牛的选择扫荡区和非扫荡区突变的比较分析 | 第27-28页 |
| 2.5.1 在驯化牦牛选择扫荡区与非选择扫荡区遗传多态性的比较 | 第27-28页 |
| 2.5.2 在驯化牦牛选择扫荡区与非选择扫荡区编码序列位点与间区位点比较 | 第28页 |
| 2.6 有害突变基因的功能注释 | 第28-29页 |
| 第三章 研究结果 | 第29-48页 |
| 3.1 SNP分类与统计 | 第29-37页 |
| 3.2 有害位点的识别与评估 | 第37-41页 |
| 3.3 野生和家养牦牛群体间有害突变积累程度不同 | 第41-45页 |
| 3.4 家养牦牛私有有害突变基因功能 | 第45-48页 |
| 第四章 讨论 | 第48-53页 |
| 4.1 有害突变数据集的确定 | 第48-49页 |
| 4.2 驯化牦牛中有害突变的积累 | 第49-50页 |
| 4.3 私有有害突变基因功能与疾病 | 第50-51页 |
| 4.4 总结 | 第51页 |
| 4.5 展望 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 在学期间的研究成果 | 第61-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
