| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 目录 | 第9-13页 |
| 第一部分 文献综述 | 第13-38页 |
| 1 玉米纹枯病 | 第13-19页 |
| 1.1 玉米纹枯病的发生与危害 | 第13页 |
| 1.2 玉米纹枯病危害症状与危害时期 | 第13-14页 |
| 1.2.1 玉米纹枯病危害症状 | 第13页 |
| 1.2.2 玉米纹枯病危害时期 | 第13-14页 |
| 1.3 玉米纹枯病的病原学特征和生物学特征 | 第14-15页 |
| 1.3.1 玉米纹枯病的病原学特征 | 第14页 |
| 1.3.2 玉米纹枯病的生物学特征 | 第14-15页 |
| 1.4 玉米纹枯病病原菌的致病机理 | 第15页 |
| 1.5 植物抗病机理研究 | 第15-16页 |
| 1.6 纹枯病抗性机制研究 | 第16-19页 |
| 1.6.1 水稻纹枯病抗性机制研究结果 | 第16-17页 |
| 1.6.2 玉米纹枯病抗性机理研究 | 第17-19页 |
| 1.6.2.1 玉米抗纹枯病生理生化方面研究 | 第17-18页 |
| 1.6.2.2 玉米抗纹枯病分子调控研究 | 第18-19页 |
| 2 植物miRNA | 第19-35页 |
| 2.1 植物miRNA简介 | 第19-20页 |
| 2.2 植物miRNA命名 | 第20页 |
| 2.3 植物miRNA的特点、生物合成和作用机制 | 第20-23页 |
| 2.3.1 植物miRNA的特点 | 第20-21页 |
| 2.3.2 植物miRNA的生物合成 | 第21-22页 |
| 2.3.3 植物miRNA的作用机制 | 第22-23页 |
| 2.4 植物miRNA的调控功能 | 第23-27页 |
| 2.4.1 miRNA调控植物生长发育 | 第23页 |
| 2.4.2 miRNA调节植物激素通路、调控信号传导过程 | 第23-24页 |
| 2.4.3 植物miRNA与非生物胁迫响应 | 第24-26页 |
| 2.4.4 植物miRNA与生物胁迫响应 | 第26-27页 |
| 2.5 植物miRNA的研究方法 | 第27-34页 |
| 2.5.1 植物miRNA的获得 | 第27-28页 |
| 2.5.2 植物miRNA的表达检测技术 | 第28-34页 |
| 2.5.2.1 植物miRNA的杂交检测技术 | 第28-32页 |
| 2.5.2.2 植物miRNA的PCR检测技术 | 第32-34页 |
| 2.6 植物miRNA靶基因 | 第34-35页 |
| 2.6.1 植物miRNA靶基因预测 | 第34-35页 |
| 2.6.2 植物miRNA靶基因验证 | 第35页 |
| 3 本研究的目的与意义 | 第35-37页 |
| 4 试验技术路线 | 第37-38页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第38-57页 |
| 1 试验材料 | 第38-42页 |
| 1.1 供试玉米材料 | 第38页 |
| 1.2 玉米纹枯病病菌 | 第38页 |
| 1.3 克隆载体及宿主菌 | 第38页 |
| 1.4 主要试剂 | 第38-40页 |
| 1.4.1 试剂盒 | 第38页 |
| 1.4.2 酶及相关试剂 | 第38-39页 |
| 1.4.3 培养基及重要试剂的配方 | 第39-40页 |
| 1.5 PCR引物 | 第40-41页 |
| 1.5.1 实时荧光定量PCR引物 | 第40页 |
| 1.5.2 半定量RT-PCR引物 | 第40-41页 |
| 1.6 使用的数据库及分析软件 | 第41页 |
| 1.7 主要仪器设备 | 第41-42页 |
| 2 试验方法 | 第42-57页 |
| 2.1 材料处理 | 第42页 |
| 2.2 总RNA的提取 | 第42-43页 |
| 2.3 小分子RNA(≤200 nt)提取 | 第43-44页 |
| 2.4 Solexa深度测序 | 第44-46页 |
| 2.4.1 Solexa深度测序的实验流程和信息分析流程 | 第44-45页 |
| 2.4.1.1 Solexa深度测序的实验流程 | 第44页 |
| 2.4.1.2 华大Solexa深度测序的信息分析流程 | 第44-45页 |
| 2.4.2 Solexa深度测序的生物信息学分析 | 第45-46页 |
| 2.4.2.1 序列分析 | 第45页 |
| 2.4.2.2 新miRNA的鉴定 | 第45-46页 |
| 2.4.2.3 miRNA的靶基因预测 | 第46页 |
| 2.5 候选miRNA的验证及表达分析 | 第46-49页 |
| 2.6 候选miRNA靶基因的半定量RT-PCR表达分析 | 第49-55页 |
| 2.6.1 总RNA进行反转录为cDNA | 第49-50页 |
| 2.6.2 对靶基因开放阅读框全长进行PCR扩增并回收克隆测序 | 第50-53页 |
| 2.6.3 利用看家基因调适各样品cDNA浓度 | 第53-54页 |
| 2.6.4 按照调适各样品cDNA浓度进行靶基因PCR扩增电泳检测 | 第54-55页 |
| 2.7 抗病相关重要miRNA组织原位杂交分析 | 第55-57页 |
| 2.7.1 制备组织材料石蜡切片 | 第55页 |
| 2.7.2 miRNA组织原位杂交 | 第55-57页 |
| 第三部分 结果与分析 | 第57-96页 |
| 1 纹枯病胁迫下玉米叶鞘小分子RNA的深度测序 | 第57-82页 |
| 1.1 小分子RNA的序列信息 | 第57-58页 |
| 1.2 叶鞘中新发现的miRNA分析 | 第58-77页 |
| 1.2.1 叶鞘中新发现的miRNA及前体分析 | 第58-60页 |
| 1.2.2 新发现的miRNA保守性及进化关系分析 | 第60-62页 |
| 1.2.3 新发现的miRNA序列信息及其靶基因预测 | 第62-77页 |
| 1.3 叶鞘中已知miRNA分析 | 第77-82页 |
| 1.3.1 叶鞘中已知miRNA的差异表达 | 第77-78页 |
| 1.3.2 叶鞘中发生差异表达的已知miRNA的序列信息 | 第78页 |
| 1.3.3 差异表达已知miRNA家族在植物中的保守性分析 | 第78页 |
| 1.3.4 差异表达已知miRNA家族的靶基因预测 | 第78-82页 |
| 2 纹枯病胁迫相关miRNA及靶基因的表达分析 | 第82-96页 |
| 2.1 部分候选miRNA的组织原位杂交分析 | 第82-85页 |
| 2.2 部分候选miRNA的荧光定量PCR分析 | 第85-93页 |
| 2.2.1 ≤200nt的小分子RNA的检测 | 第85页 |
| 2.2.2 miRNA的真实性鉴定 | 第85-86页 |
| 2.2.3 候选miRNA的荧光定量PCR分析 | 第86-93页 |
| 2.2.3.1 5s rRNA和miRNA加尾产物扩增熔解曲线 | 第86页 |
| 2.2.3.2 荧光定量标准曲线 | 第86-88页 |
| 2.2.3.3 miRNA的相对定量表达 | 第88-93页 |
| 2.3 候选miRNA靶基因的半定量RT-PCR分析 | 第93-96页 |
| 2.3.1 总RNA的提取结果 | 第93页 |
| 2.3.2 总RNA逆转录为cDNA | 第93-94页 |
| 2.3.3 利用看家基因引物调适各样品cDNA浓度 | 第94页 |
| 2.3.4 靶基因半定量RT-PCR结果 | 第94-96页 |
| 第四部分 讨论 | 第96-116页 |
| 1 深度测序挖掘抗病相关miRNAs在本研究中的优势和不足 | 第96-97页 |
| 2 纹枯病胁迫下玉米叶鞘小分子RNA的分布特点 | 第97-99页 |
| 3 miRNA的靶基因预测 | 第99-103页 |
| 4 部分已知miRNA调控功能网络的重叠 | 第103-105页 |
| 5 几个重要抗病相关miRNA对其靶基因的作用方式 | 第105-112页 |
| 5.1 zma-miR168a | 第105-106页 |
| 5.2 zma-miR319 | 第106-107页 |
| 5.3 zma-miR171 | 第107页 |
| 5.4 zma-miR169 | 第107-108页 |
| 5.5 zma-miR167 | 第108-109页 |
| 5.6 zma-miR399 | 第109页 |
| 5.7 zma-miR398 | 第109-110页 |
| 5.8 zma-miR408 | 第110页 |
| 5.9 zma-miR2 | 第110-111页 |
| 5.10 zma-miR9 | 第111-112页 |
| 6 玉米纹枯病胁迫下miRNA介导的抗病防御机制 | 第112-114页 |
| 7 今后的研究方向 | 第114-116页 |
| 第五部分 结论 | 第116-118页 |
| 参考文献 | 第118-134页 |
| 致谢 | 第134-136页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第136页 |
