| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 目录 | 第5-9页 |
| 第1章 引言 | 第9-39页 |
| 1.1 斑马鱼早期发育过程以及作为模式生物的优点 | 第9-14页 |
| 1.1.1 斑马鱼的早期发育过程简介 | 第9-13页 |
| 1.1.2 斑马鱼作为模式生物的优点 | 第13-14页 |
| 1.2 DNA 损伤修复机制简介 | 第14-17页 |
| 1.3 糖基化酶 Glycosylase 家族成员及功能 | 第17-21页 |
| 1.3.1 糖基化酶 Glycosylase 家族成员简介 | 第17-19页 |
| 1.3.2 糖基化酶家族成员参与 DNA 修复的具体机制 | 第19-20页 |
| 1.3.3 糖基化酶在免疫系统中的作用 | 第20-21页 |
| 1.4 表观遗传学之几种重要的组蛋白甲基化修饰 | 第21-25页 |
| 1.4.1 H3K9 甲基化修饰 | 第22-23页 |
| 1.4.2 H3K4 甲基化修饰 | 第23-24页 |
| 1.4.3 H3K27 甲基化修饰 | 第24-25页 |
| 1.5 DNA 的表观遗传修饰与植物的 DNA 甲基化研究简介 | 第25-32页 |
| 1.5.1 DNA 表观遗传修饰简介 | 第25-29页 |
| 1.5.2 植物的 DNA 甲基化研究进展 | 第29-32页 |
| 1.6 脊椎动物基因组 DNA 甲基化、去甲基化简介 | 第32-39页 |
| 1.6.1 小鼠的大规模 DNA 去甲基化现象与机制 | 第32-36页 |
| 1.6.2 其他脊椎动物中大规模 DNA 去甲基化现象的发生与机制 | 第36页 |
| 1.6.3 斑马鱼中大规模 DNA 去甲基化现象 | 第36-39页 |
| 第2章 材料与方法 | 第39-62页 |
| 2.1 斑马鱼生活环境简介与饲养条件 | 第39-40页 |
| 2.2 实验中所用克隆的构建、载体信息与引物序列 | 第40-43页 |
| 2.2.1 用于体外合成 unga mRNA 的克隆 | 第40-41页 |
| 2.2.2 用于体外合成 unga 各种突变形式 mRNA 的克隆构建 | 第41-43页 |
| 2.2.3 用于检测 Morpholino 有效性的克隆构建 | 第43页 |
| 2.3 体外转录合成 mRNA | 第43-44页 |
| 2.3.1 体外转录合成 mRNA 的模板制备 | 第43页 |
| 2.3.2 体外转录合成 mRNA 步骤 | 第43-44页 |
| 2.4 Morpholino 相关信息 | 第44-46页 |
| 2.5 显微注射操作以及注射量 | 第46-47页 |
| 2.5.1 显微注射操作所需实验材料及器材 | 第46页 |
| 2.5.2 显微注射操作中注射试剂的注射量（每一枚胚胎） | 第46-47页 |
| 2.6 原位杂交实验材料以及实验方法 | 第47-50页 |
| 2.6.1 原位杂交所用反义 RNA 探针的合成 | 第47-48页 |
| 2.6.2 原位杂交溶液配方与实验步骤 | 第48-50页 |
| 2.7 斑马鱼整胚免疫荧光 | 第50-52页 |
| 2.7.1 斑马鱼整胚免疫荧光实验材料与步骤 | 第50-51页 |
| 2.7.2 整胚免疫荧光实验中所用到的抗体信息 | 第51页 |
| 2.7.3 斑马鱼整胚免疫荧光实验拍照相关信息 | 第51-52页 |
| 2.7.4 斑马鱼整胚免疫荧光染色结果的定量 | 第52页 |
| 2.8 斑马鱼基因组 DNA 的制备方法 | 第52-53页 |
| 2.9 脱氧核糖核酸斑点杂交（DNA dot blot） | 第53页 |
| 2.9.1 DNA 斑点杂交实验步骤 | 第53页 |
| 2.9.2 DNA 斑点杂交中所用抗体信息 | 第53页 |
| 2.10 斑马鱼胚胎 western 检测蛋白 | 第53-55页 |
| 2.10.1 斑马鱼胚胎 western 实验步骤 | 第53-54页 |
| 2.10.2 斑马鱼 western 实验中所使用抗体信息 | 第54-55页 |
| 2.11 基因组 DNA 重亚硫酸盐转化以及扩增片段测序 | 第55-57页 |
| 2.11.1 关于重亚硫酸盐处理 DNA 检测甲基化程度的原理 | 第55-56页 |
| 2.11.2 重亚硫酸盐转化实验步骤以及后续克隆构建流程 | 第56-57页 |
| 2.12 斑马鱼胚胎总 RNA 提取方法 | 第57页 |
| 2.13 转录组高通量测序分析 | 第57-58页 |
| 2.14 荧光实时定量 PCR | 第58-59页 |
| 2.15 所用到的其他引物序列 | 第59-60页 |
| 2.16 体外纯化蛋白实验 | 第60-61页 |
| 2.17 体外糖基化酶实验中 DNA oligo 序列信息 | 第61-62页 |
| 第3章 结果与讨论 | 第62-110页 |
| 3.1 斑马鱼早期发育过程中的 DNA 甲基化变化研究 | 第62-69页 |
| 3.1.1 研究手段的探索与验证 | 第62-67页 |
| 3.1.2 斑马鱼发育初期 DNA 甲基化程度变化 | 第67-68页 |
| 3.1.3 小结 | 第68-69页 |
| 3.2 筛选斑马鱼发育早期依赖于 DNA 修复的潜在去甲基化酶 | 第69-75页 |
| 3.3 unga 基因在斑马鱼发育早期的时空表达 | 第75-80页 |
| 3.3.1 unga 基因的转录产物时空表达谱 | 第75-77页 |
| 3.3.2 unga 基因的蛋白产物时空表达谱 | 第77-80页 |
| 3.3.3 小结 | 第80页 |
| 3.4 敲低 unga 造成基因组 DNA 甲基化水平升高以及转录水平下降 | 第80-91页 |
| 3.4.1 斑马鱼 unga 的 Morpholino 的设计与有效性检测 | 第80-82页 |
| 3.4.2 抑制 unga 的表达影响胚胎的发育和存活 | 第82页 |
| 3.4.3 抑制 unga 的表达造成斑马鱼发育早期 DNA 甲基化水平上升 | 第82-83页 |
| 3.4.4 抑制 unga 的表达造成斑马鱼发育早期转录水平下调 | 第83-86页 |
| 3.4.5 对 unga-MO 注射的胚胎进行转录组高通量测序及验证 | 第86-89页 |
| 3.4.6 unga-MO 进行卵注射与体外受精进一步验证特异性 | 第89-91页 |
| 3.4.7 小结 | 第91页 |
| 3.5 过量表达 unga 造成 DNA 甲基化水平降低以及转录水平上升 | 第91-103页 |
| 3.5.1 斑马鱼 unga 基因的克隆以及过表达克隆的构建 | 第91-92页 |
| 3.5.2 unga 的突变体形式克隆的构建与检测 | 第92-93页 |
| 3.5.3 unga mRNA 及其突变体形式 mRNA 注射表型记录 | 第93-94页 |
| 3.5.4 unga 的过表达可以造成发育早期 DNA 甲基化水平下调 | 第94-96页 |
| 3.5.5 unga 的过表达可以造成发育早期转录水平的提高 | 第96-97页 |
| 3.5.6 对 unga mRNA 注射的胚胎进行转录组高通量测序及验证 | 第97-99页 |
| 3.5.7 unga-MO 注射可以挽救 mRNA 注射后造成的效果 | 第99-100页 |
| 3.5.8 unga 过表达可以导致标记基因启动子去甲基化 | 第100-101页 |
| 3.5.9 unga 的突变形式的作用效果检测 | 第101页 |
| 3.5.10 体外纯化蛋白检测斑马鱼 Unga 及其突变形式活性 | 第101-102页 |
| 3.5.11 小结 | 第102-103页 |
| 3.6 Unga 发挥作用依赖于去除 DNA 中尿嘧啶的活性 | 第103-104页 |
| 3.7 斑马鱼 Unga 与脱氨基酶 Dctd、Apobec2a 具有协同作用 | 第104-106页 |
| 3.8 unga 过表达可以造成前中囊胚转化期组蛋白修饰变化 | 第106-107页 |
| 3.9 斑马鱼 Unga 的异构体 Ungb 的基本信息 | 第107-108页 |
| 3.10 本章总结 | 第108-110页 |
| 第4章 本研究的主要结论、讨论与展望 | 第110-115页 |
| 4.1 本研究的主要结论 | 第110页 |
| 4.2 斑马鱼发育早期甲基化状态变化的生物学意义探讨 | 第110-112页 |
| 4.3 斑马鱼胚胎受精过程中的 DNA 甲基化变化 | 第112-114页 |
| 4.4 Unga 参与斑马鱼早期甲基化状态平衡的生物学意义 | 第114-115页 |
| 参考文献 | 第115-123页 |
| 致谢 | 第123-125页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文及研究成果 | 第125-126页 |
