支持字符串局部比对的内存及外存优化方法
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-18页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-14页 |
| 1.2 本文的研究内容及面临的挑战 | 第14-15页 |
| 1.3 本文的贡献 | 第15-16页 |
| 1.4 本文的组织结构 | 第16-18页 |
| 第2章 问题定义及背景知识 | 第18-24页 |
| 2.1 问题定义 | 第18-19页 |
| 2.2 后缀树 | 第19-21页 |
| 2.3 后缀数组 | 第21-22页 |
| 2.4 BWT变换 | 第22-23页 |
| 2.5 本章小结 | 第23-24页 |
| 第3章 相关工作 | 第24-36页 |
| 3.1 外存后缀树构造算法 | 第24-28页 |
| 3.1.1 B~2ST算法 | 第25-27页 |
| 3.1.2 ERA算法 | 第27-28页 |
| 3.2 局部比对算法 | 第28-34页 |
| 3.2.1 Smith-Waterman算法 | 第28-30页 |
| 3.2.2 OASIS算法 | 第30-31页 |
| 3.2.3 ALAE算法 | 第31-34页 |
| 3.3 本章小结 | 第34-36页 |
| 第4章 Top-k局部比对内存算法 | 第36-50页 |
| 4.1 算法概述 | 第36-38页 |
| 4.2 初始局部比对区域的选择策略 | 第38-44页 |
| 4.2.1 高局部比对分数的启发式思想 | 第38-40页 |
| 4.2.2 长前缀的定位策略 | 第40-43页 |
| 4.2.3 Top-k局部比对的更新策略 | 第43-44页 |
| 4.3 局部比对计算的过滤策略 | 第44-48页 |
| 4.3.1 基于变长前缀trie的过滤技术 | 第45-47页 |
| 4.3.2 基于BWT反向搜索的过滤技术 | 第47-48页 |
| 4.4 本章小结 | 第48-50页 |
| 第5章 局部比对外存算法 | 第50-64页 |
| 5.1 算法概述 | 第50-51页 |
| 5.2 计算局部比对的过滤策略 | 第51-57页 |
| 5.2.1 局部过滤的后缀树实现 | 第52-53页 |
| 5.2.2 基于支配关系的过滤技术 | 第53-57页 |
| 5.3 外存访问优化策略 | 第57-62页 |
| 5.3.1 后缀树访问特性的分析 | 第57-59页 |
| 5.3.2 外存操作优化技术 | 第59-62页 |
| 5.4 本章小结 | 第62-64页 |
| 第6章 实验与分析 | 第64-74页 |
| 6.1 TOP-K局部比对内存算法实验与分析 | 第64-68页 |
| 6.1.1 初始高局部比对分数策略效果 | 第64-66页 |
| 6.1.2 Top-k算法的运行效率 | 第66-67页 |
| 6.1.3 两种过滤策略的优化效果 | 第67-68页 |
| 6.2 局部比对外存算法实验与分析 | 第68-72页 |
| 6.2.1 算法的总体运行效率 | 第69页 |
| 6.2.2 基于支配关系的过滤技术的效果 | 第69-70页 |
| 6.2.3 外存操作优化技术的影响 | 第70-72页 |
| 6.3 本章小结 | 第72-74页 |
| 第7章 结束语 | 第74-76页 |
| 7.1 本文总结 | 第74-75页 |
| 7.2 工作展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-80页 |
| 致谢 | 第80-82页 |
| 攻硕期间参加的项目及发表的论文 | 第82页 |
