| 摘要 | 第9-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 英文缩略表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-42页 |
| 1.1 棉属的分类与起源进化 | 第16-19页 |
| 1.1.1 棉属的分类 | 第16-17页 |
| 1.1.2 棉属的起源与进化 | 第17-19页 |
| 1.2 植物基因组图谱 | 第19-21页 |
| 1.2.1 细胞学图谱 | 第19页 |
| 1.2.2 遗传图谱 | 第19-20页 |
| 1.2.3 物理图谱 | 第20-21页 |
| 1.3 荧光原位杂交（FISH）技术概述 | 第21-29页 |
| 1.3.1 荧光原位杂交技术的基本原理 | 第21-22页 |
| 1.3.2 荧光原位杂交技术的发展 | 第22-26页 |
| 1.3.3 荧光原位杂交在植物研究中的应用 | 第26-29页 |
| 1.4 棉属荧光原位杂交技术应用研究进展 | 第29-36页 |
| 1.4.1 rDNA序列染色体定位 | 第29-30页 |
| 1.4.2 弥散重复序列FISH研究 | 第30-31页 |
| 1.4.3 经典遗传材料的鉴定 | 第31-32页 |
| 1.4.4 棉属的起源与进化研究 | 第32页 |
| 1.4.5 单染色体识别与命名 | 第32-34页 |
| 1.4.6 细胞遗传学图谱的构建 | 第34-35页 |
| 1.4.7 染色体特殊结构研究 | 第35-36页 |
| 1.5 寡核苷酸探针荧光原位杂交（Oligo-FISH） | 第36-38页 |
| 1.6 植物基因组重复序列 | 第38-40页 |
| 1.6.1 植物基因组重复序列的分类 | 第38页 |
| 1.6.2 基因组重复序列的研究 | 第38-39页 |
| 1.6.3 基因组重复序列的研究意义 | 第39-40页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第40-42页 |
| 第二章 陆地棉A_h01/D_h01染色体细胞遗传学图谱构建 | 第42-69页 |
| 2.1 实验材料 | 第43-44页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第43页 |
| 2.1.2 BAC文库 | 第43页 |
| 2.1.3 参考的基因组序列和选用的SSR分子标记 | 第43页 |
| 2.1.4 主要的酶和生化试剂 | 第43-44页 |
| 2.2 实验方法 | 第44-52页 |
| 2.2.1 基因组DNA的提取 | 第44-45页 |
| 2.2.2 封阻DNA制备 | 第45页 |
| 2.2.3 SSR分子标记的选择 | 第45-46页 |
| 2.2.4 BAC文库的筛选 | 第46-49页 |
| 2.2.5 电子PCR（Electronic PCR, e-PCR） | 第49页 |
| 2.2.6 棉花染色体制片 | 第49-50页 |
| 2.2.7 荧光原位杂交 | 第50-52页 |
| 2.3 结果与分析 | 第52-65页 |
| 2.3.1 DNA质量检测 | 第52-53页 |
| 2.3.2 选择的SSR分子标记 | 第53-55页 |
| 2.3.3 BAC文库筛选 | 第55-56页 |
| 2.3.4 阳性BAC克隆陆地棉A_h01/D_h01染色体上的FISH定位 | 第56-58页 |
| 2.3.5 染色体细胞遗传图谱构建及其与基因组序列图谱的整合 | 第58-63页 |
| 2.3.6 四倍体陆地棉粗线期染色体制片 | 第63-65页 |
| 2.4 讨论 | 第65-69页 |
| 2.4.1 SSR分子标记的选择 | 第65页 |
| 2.4.2 四倍体棉花减数分裂粗线期染色体制片技术 | 第65-67页 |
| 2.4.3 细胞遗传图谱对基因组序列组装的指导意义 | 第67-69页 |
| 第三章 亚基因组特异BAC克隆的获得与分析 | 第69-85页 |
| 3.1 实验材料 | 第69-70页 |
| 3.1.1 植物材料 | 第69-70页 |
| 3.1.2 酶和生化试剂 | 第70页 |
| 3.1.3 参考的基因组序列及使用的引物信息 | 第70页 |
| 3.2 实验方法 | 第70-72页 |
| 3.2.1 特异BAC克隆 57I23的获得 | 第70页 |
| 3.2.2 BAC克隆序列测定 | 第70-71页 |
| 3.2.3 序列分析 | 第71页 |
| 3.2.4 特异序列片段的PCR扩增与纯化 | 第71-72页 |
| 3.2.5 荧光原位杂交 | 第72页 |
| 3.3 结果与分析 | 第72-81页 |
| 3.3.1 BAC克隆 57I23可以作为鉴别亚基因组的特异细胞遗传学标记 | 第72-74页 |
| 3.3.2 BAC测序及序列分析 | 第74-78页 |
| 3.3.3 BAC克隆的特异LTR-RTs在相关棉种基因组中的分布 | 第78-81页 |
| 3.4 讨论 | 第81-85页 |
| 3.4.1 亚基因组特异的FISH标记 | 第81页 |
| 3.4.2 陆地棉基因组草图重复序列组装质量的初步评价 | 第81-82页 |
| 3.4.3 BAC序列中识别的LTR-RT在棉属基因组扩张中起着重要作用 | 第82页 |
| 3.4.4 四倍体棉多倍化过程中“基因组小型化” | 第82-83页 |
| 3.4.5 棉花四倍化过程中重复序列在基因组间的水平转移 | 第83-85页 |
| 第四章 棉花Oligo-FISH技术体系的建立及其初步应用 | 第85-98页 |
| 4.1 材料和方法 | 第86-92页 |
| 4.1.1 实验材料 | 第86页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第86-92页 |
| 4.2 结果与分析 | 第92-95页 |
| 4.2.1 建立了棉花单染色体特异oligos探针设计和标记技术 | 第92-94页 |
| 4.2.2 有丝分裂染色体Oligo-FISH初探 | 第94-95页 |
| 4.3 讨论 | 第95-98页 |
| 4.3.1 雷蒙德氏棉D_501染色体oligos探针 | 第95页 |
| 4.3.2 Oligos探针与传统FISH探针 | 第95-97页 |
| 4.3.3 用oligos探针追踪异源同源染色体动态 | 第97-98页 |
| 全文总结 | 第98-100页 |
| 参考文献 | 第100-123页 |
| 攻读学位期间发表论文及申请专利情况 | 第123-125页 |
| 致谢 | 第125-127页 |
