| 摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-29页 |
| 1.1 物种表型的适应性进化 | 第15-18页 |
| 1.1.1 表型可塑性 | 第15-16页 |
| 1.1.2 遗传适应现象及验证方法简介 | 第16-18页 |
| 1.2 下一代测序技术 | 第18-23页 |
| 1.2.1 简化测序 | 第19-20页 |
| 1.2.2 RAD测序 | 第20-23页 |
| 1.3 数量遗传学性状QTL的定位研究 | 第23-25页 |
| 1.3.1 数量遗传学性状位点QTL及群体杂交设计 | 第23页 |
| 1.3.2 QTL的定位方法 | 第23-25页 |
| 1.3.3 QTL定位分析软件 | 第25页 |
| 1.4 新兴的模式生物-九刺鱼 | 第25-27页 |
| 1.4.1 九刺鱼的进化史 | 第25-26页 |
| 1.4.2 九刺鱼的群体遗传学研究 | 第26-27页 |
| 1.4.3 九刺鱼表型分化现象的研究现状 | 第27页 |
| 1.4.4 九刺鱼作为模式生物的原因 | 第27页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第27-29页 |
| 第二章 九刺鱼海洋性群体和淡水性群体形态变化及QTL定位研究 | 第29-50页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-33页 |
| 2.2.1 实验动物的采集和饲养 | 第29-30页 |
| 2.2.2 体型及形态学数据的收集和分析 | 第30-31页 |
| 2.2.3 RAD高通量测序 | 第31-32页 |
| 2.2.4 连锁图谱的构建 | 第32页 |
| 2.2.5 QTL定位分析 | 第32-33页 |
| 2.2.6 SNP基因注释及基因本体（Gene Ontology，GO）分析 | 第33页 |
| 2.3 结果 | 第33-46页 |
| 2.3.1 连锁图谱的构建 | 第33页 |
| 2.3.2 体型及形态学数据的分析 | 第33-37页 |
| 2.3.3 QTL定位分析 | 第37-45页 |
| 2.3.4 九刺鱼形态学变化候选基因的筛选 | 第45-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-49页 |
| 2.4.1 九刺鱼尾柄长度的变化 | 第46页 |
| 2.4.2 九刺鱼侧板数目的变化 | 第46-47页 |
| 2.4.3 九刺鱼形态学变化的多基因遗传机制 | 第47-48页 |
| 2.4.4 九刺鱼形态学特征变化的基因多效性机制 | 第48页 |
| 2.4.5 九刺鱼形态学特征分化现象的候选基因 | 第48-49页 |
| 2.5 小结 | 第49-50页 |
| 第三章 九刺鱼不同淡水性群体进化过程中体型分化的遗传基础研究 | 第50-64页 |
| 3.1 引言 | 第50页 |
| 3.2 材料与方法 | 第50-52页 |
| 3.2.1 实验动物的采集和饲养 | 第50页 |
| 3.2.2 体型及形态学数据的收集和分析 | 第50-51页 |
| 3.2.3 RAD高通量测序 | 第51-52页 |
| 3.2.4 连锁图谱的构建 | 第52页 |
| 3.2.5 QTL定位分析 | 第52页 |
| 3.3 结果 | 第52-60页 |
| 3.3.1 连锁图谱的构建 | 第52页 |
| 3.3.2 体型变化的主成分分析 | 第52页 |
| 3.3.3 体型分化的QTL定位分析 | 第52-60页 |
| 3.4 讨论 | 第60-63页 |
| 3.4.1 九刺鱼体型分化的QTL定位分析 | 第60-61页 |
| 3.4.2 九刺鱼体型分化的趋同进化现象 | 第61-62页 |
| 3.4.3 其它鱼类中的体型分化现象 | 第62-63页 |
| 3.5 小结 | 第63-64页 |
| 第四章 九刺鱼不同淡水性群体进化过程中线性指标性状分化的遗传基础研究 | 第64-81页 |
| 4.1 引言 | 第64页 |
| 4.2 材料与方法 | 第64-66页 |
| 4.2.1 实验动物的采集和饲养 | 第64页 |
| 4.2.2 线性指标性状数据的收集和分析 | 第64-66页 |
| 4.2.3 RAD高通量测序 | 第66页 |
| 4.2.4 连锁图谱的构建 | 第66页 |
| 4.2.5 QTL定位分析 | 第66页 |
| 4.3 结果 | 第66-78页 |
| 4.3.1 连锁图谱的构建 | 第66页 |
| 4.3.2 Cross 2 和Cross 3 线性指标性状的统计学分析 | 第66-69页 |
| 4.3.3 Cross 2 和Cross 3 线性指标性状的QTL定位分析 | 第69-77页 |
| 4.3.4 Cross 1、Cross 2 和Cross 3 线性指标性状分化相关的QTL比较 | 第77-78页 |
| 4.4 讨论 | 第78-80页 |
| 4.4.1 九刺鱼线性指标性状分化现象 | 第78-79页 |
| 4.4.2 九刺鱼线性指标性状的QTL定位和遗传基础研究 | 第79页 |
| 4.4.3 刺鱼属线性指标性状分化的趋同进化现象 | 第79-80页 |
| 4.5 小结 | 第80-81页 |
| 第五章 九刺鱼不同淡水性群体进化过程中的基翼骨退化现象研究 | 第81-93页 |
| 5.1 引言 | 第81页 |
| 5.2 材料与方法 | 第81-83页 |
| 5.2.1 实验动物的采集和饲养 | 第81-82页 |
| 5.2.2 基翼骨结构的数据收集和分析 | 第82页 |
| 5.2.3 连锁图谱和QTL定位分析 | 第82-83页 |
| 5.2.4 互补测验的数据收集和分析 | 第83页 |
| 5.3 结果 | 第83-90页 |
| 5.3.1 Cross 1 腹刺长度和盆带骨长度变化的QTL定位分析 | 第83页 |
| 5.3.2 Cross 3 基翼骨各结构长度变化的QTL定位分析 | 第83-87页 |
| 5.3.3 Cross 1 和Cross 3 基翼骨退化相关的QTL比较 | 第87-88页 |
| 5.3.4 互补测验 | 第88-90页 |
| 5.4 讨论 | 第90-92页 |
| 5.4.1 九刺鱼基翼骨结构退化的遗传机制 | 第90-91页 |
| 5.4.2 刺鱼群体间类似的腹刺结构退化现象 | 第91-92页 |
| 5.4.3 九刺鱼腹刺退化的互补测验 | 第92页 |
| 5.5 小结 | 第92-93页 |
| 第六章 结论、创新点与进一步研究计划 | 第93-95页 |
| 6.1 结论 | 第93-94页 |
| 6.2 创新点 | 第94页 |
| 6.3 进一步研究内容 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-107页 |
| 附录 | 第107-127页 |
| 缩略词表 | 第127-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 作者简介 | 第130页 |
