| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-11页 |
| 1 前言 | 第11-20页 |
| 1.1 内源性反转录病毒的结构与分类 | 第11-12页 |
| 1.1.1 内源性反转录病毒的结构 | 第11页 |
| 1.1.2 内源性反转录病毒的分类 | 第11-12页 |
| 1.2 内源性反转录病毒在宿主基因组上的分布 | 第12-15页 |
| 1.2.1 内源性反转录病毒在灵长类动物基因组上的分布 | 第12-13页 |
| 1.2.2 内源性反转录病毒在小鼠基因组上的分布 | 第13页 |
| 1.2.3 内源性反转录病毒在农业动物基因组上的分布 | 第13-14页 |
| 1.2.4 内源性反转录病毒在其它基因组上的分布 | 第14-15页 |
| 1.3 内源性反转录病毒对宿主的作用方式 | 第15-17页 |
| 1.3.1 内源性反转录病毒所插入引起表型的变异 | 第15-16页 |
| 1.3.2 ERV本身或其编码的蛋白质者直接参与作用 | 第16页 |
| 1.3.3 内源性反转录病毒与外源性反转录病毒相互作用 | 第16页 |
| 1.3.4 内源性反转录病毒参与调控宿主基因 | 第16-17页 |
| 1.4 内源性反转录病毒与疾病的相关性 | 第17-19页 |
| 1.4.1 ERV与肿瘤和癌症的相关 | 第18页 |
| 1.4.2 ERV与其他疾病相关性 | 第18-19页 |
| 1.5 研究的目的和意义 | 第19-20页 |
| 2 材料与方法 | 第20-26页 |
| 2.1 数据挖掘 | 第20-22页 |
| 2.2 ERV分类进化分析 | 第22页 |
| 2.3 全基因组关联分析 | 第22-23页 |
| 2.4 转录组测序 | 第23-26页 |
| 2.4.1 实验动物以其RNA提取 | 第23-24页 |
| 2.4.2 转录组测序数据分析 | 第24-26页 |
| 3 结果 | 第26-47页 |
| 3.1 内源性反转录病毒ERV在猪基因组上的分布 | 第26-29页 |
| 3.2 内源性反转录病毒ERV在牛基因组上的分布 | 第29-34页 |
| 3.3 内源性反转录病毒ERV在羊基因组上的分布 | 第34-38页 |
| 3.4 内源性反转录病毒ERV在鸡基因组上的分布 | 第38-41页 |
| 3.5 ERV在猪、牛、羊和鸡基因组上与基因位置的关系 | 第41-42页 |
| 3.6 PRRS的GWAS结果 | 第42-46页 |
| 3.6.1 不同妊娠期感染PRRSV对母猪产仔性能的影响 | 第42-43页 |
| 3.6.2 妊娠61天(含61天)以前(PS1期)的GWAS结果 | 第43-44页 |
| 3.6.3 妊娠62天(包含62天)以后(PS2期)的GWAS结果 | 第44-46页 |
| 3.6.4 与PRRS抗性相关的SNP的生物信息学分析 | 第46页 |
| 3.7 利用感染PRRSV猪肺组织的转录组测序分析差异表达基因 | 第46页 |
| 3.8 内源性反转录病毒与猪蓝耳病相关候选基因位置关系 | 第46-47页 |
| 4 讨论 | 第47-51页 |
| 4.1 内源性反转录病毒在主要农业动物的基因组上的分布 | 第47-48页 |
| 4.2 内源性反转录病毒对于农业动物疾病调控的潜在影响 | 第48-51页 |
| 4.2.1 猪内源性反转录病毒对猪的潜在影响 | 第48-49页 |
| 4.2.2 内源性反转录病毒对牛、羊和鸡的潜在影响 | 第49-51页 |
| 5 小结 | 第51-53页 |
| 5.1 本研究主要结论 | 第51页 |
| 5.2 本实验创新点 | 第51-52页 |
| 5.3 本研究的不足与进一步研究内容 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 附录 | 第61-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
