| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 主要符号表 | 第17-18页 |
| 1 绪论 | 第18-36页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第18-24页 |
| 1.1.1 机器学习在生物信息学中的应用 | 第18页 |
| 1.1.2 蛋白质序列模体识别概述 | 第18-20页 |
| 1.1.3 蛋白质序列模体识别的意义及难点 | 第20-24页 |
| 1.2 相关问题的研究现状 | 第24-34页 |
| 1.2.1 基于机器学习等计算方法的模体识别 | 第24-27页 |
| 1.2.2 基于Profile HMM的模体识别方法 | 第27-33页 |
| 1.2.3 蛋白质序列模体的可视化 | 第33-34页 |
| 1.3 本文的主要工作和结构安排 | 第34-36页 |
| 2 数据分布不平衡的亚细胞靶向模体识别 | 第36-68页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 均衡采样方法 | 第36-43页 |
| 2.2.1 数据不平衡问题 | 第36-37页 |
| 2.2.2 基于AdaBoost的均衡采样法 | 第37-40页 |
| 2.2.3 结果与讨论 | 第40-43页 |
| 2.3 基于均衡采样的亚细胞靶向模体识别 | 第43-58页 |
| 2.3.1 蛋白质亚细胞定位 | 第43-45页 |
| 2.3.2 随机欠采样和基于模拟进化的过采样 | 第45-46页 |
| 2.3.3 基于Profile HMM和SVM的定位预测 | 第46-48页 |
| 2.3.4 结果与讨论 | 第48-58页 |
| 2.4 基于主动样本选择的亚细胞靶向模体识别 | 第58-67页 |
| 2.4.1 基于主动学习的合成序列选择 | 第59-63页 |
| 2.4.2 模体中的位置保守性分析 | 第63页 |
| 2.4.3 结果与讨论 | 第63-67页 |
| 2.5 本章小结 | 第67-68页 |
| 3 基于Profile HMM选择性训练的多类型模体识别 | 第68-88页 |
| 3.1 引言 | 第68页 |
| 3.2 蛋白质序列数据预处理 | 第68-69页 |
| 3.3 基于区域覆盖和进化权重的whmm方法 | 第69-74页 |
| 3.3.1 覆盖残基的处理方法 | 第69-71页 |
| 3.3.2 Profile HMM的选择性训练 | 第71-74页 |
| 3.4 实验设计和分析方法 | 第74-77页 |
| 3.4.1 数据集采集和实验参数设置 | 第74-75页 |
| 3.4.2 残基水平和位点水平上的性能评价 | 第75-77页 |
| 3.4.3 不同表达的模体与已知模体的比较 | 第77页 |
| 3.5 结果与讨论 | 第77-85页 |
| 3.5.1 不同替换比例下whmm的性能 | 第77-79页 |
| 3.5.2 比较whmm与memefinder的性能 | 第79-83页 |
| 3.5.3 比较whmm与slimfinder的性能 | 第83-85页 |
| 3.5.4 不同方法在真实数据集上的表现 | 第85页 |
| 3.6 本章小结 | 第85-88页 |
| 4 基于Profile HMM扩展训练的功能模体的变体识别 | 第88-100页 |
| 4.1 引言 | 第88页 |
| 4.2 蛋白质无序区域与模体的关联性分析 | 第88-91页 |
| 4.2.1 平均无序谱 | 第88-89页 |
| 4.2.2 模体在序列中位置的显著性分析 | 第89-91页 |
| 4.3 固有无序预测与Profile HMM的扩展训练 | 第91-93页 |
| 4.3.1 数据集采集 | 第91页 |
| 4.3.2 基于有序覆盖的集合扩展 | 第91-92页 |
| 4.3.3 实验设计和参数设置 | 第92-93页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第93-99页 |
| 4.4.1 扩展训练集的最小规模对不同方法的影响 | 第93-94页 |
| 4.4.2 不同方法的平均性能 | 第94页 |
| 4.4.3 不同方法在单个模体上的性能 | 第94-98页 |
| 4.4.4 对比ghmm-augment和dhmm-augment | 第98-99页 |
| 4.5 本章小结 | 第99-100页 |
| 5 结论与展望 | 第100-103页 |
| 5.1 结论 | 第100-101页 |
| 5.2 创新点 | 第101页 |
| 5.3 展望 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-112页 |
| 附录A 第三章相关图表 | 第112-120页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121-122页 |
| 作者简介 | 第122页 |
