| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 文献综述 | 第13-27页 |
| 1.1 引言 | 第13-14页 |
| 1.2 基因组特征的定义 | 第14-21页 |
| 1.2.1 用于基因组特征定义的生物知识 | 第14-20页 |
| 1.2.2 基因组特征的影响因素 | 第20-21页 |
| 1.3 基因组特征分析方法 | 第21-25页 |
| 1.3.1 SNP-settest | 第21-24页 |
| 1.3.2 利用生物学知识进行基因组遗传方差剖分 | 第24页 |
| 1.3.3 利用生物学知识进行基因组选择 | 第24-25页 |
| 1.4 目的与意义 | 第25-27页 |
| 第2章 基于转录组测序技术研究奶牛乳腺组织对金黄色葡萄球菌感染的先天性免疫应答和调控 | 第27-42页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-30页 |
| 2.2.1 试验动物 | 第27-28页 |
| 2.2.2 金葡菌制备 | 第28页 |
| 2.2.3 攻菌、牛奶体细胞数和体温测定 | 第28页 |
| 2.2.4 乳腺组织活体取样 | 第28-29页 |
| 2.2.5 RNA提取 | 第29页 |
| 2.2.6 转录组建库和测序 | 第29页 |
| 2.2.7 原始数据质控 | 第29页 |
| 2.2.8 差异分析 | 第29页 |
| 2.2.9 miRNA的靶基因预测 | 第29-30页 |
| 2.2.10 差异基因和差异miRNA的下游生物学分析 | 第30页 |
| 2.2.11 实时定量PCR | 第30页 |
| 2.2.12 牛乳腺上皮细胞的体外验证 | 第30页 |
| 2.3 结果与分析 | 第30-40页 |
| 2.3.1 金葡菌感染奶牛乳腺引起的生理反应变化 | 第30-31页 |
| 2.3.2 转录组和miRNA组测序数据的初步统计分析 | 第31页 |
| 2.3.3 金葡菌感染后转录组的改变 | 第31-33页 |
| 2.3.4 差异表达基因的功能分析 | 第33-35页 |
| 2.3.5 金葡菌感染后乳腺组织中miRNA表达水平的改变 | 第35页 |
| 2.3.6 差异基因和miRNA靶基因的网络分析 | 第35-37页 |
| 2.3.7 基因表达验证 | 第37页 |
| 2.3.8 利用乳腺上皮细胞系对CXCL14、IL-8、IL-6和JAK2进行体外验证 | 第37-38页 |
| 2.3.9 差异基因和miRNA的靶基因以及与QTL数据库的联合分析 | 第38-40页 |
| 2.4 讨论 | 第40-42页 |
| 第3章 整合全基因关联分析和转录组数据研究奶牛乳房炎和产奶性状的遗传基础 | 第42-61页 |
| 3.1 引言 | 第42-43页 |
| 3.2 材料与方法 | 第43-46页 |
| 3.2.1 攻毒试验动物组织样 | 第43页 |
| 3.2.2 RNA测序及统计分析 | 第43页 |
| 3.2.3 单标记全基因组关联分析 | 第43-44页 |
| 3.2.4 SNP-set test | 第44-45页 |
| 3.2.5 基因组方差组分剖分 | 第45-46页 |
| 3.2.6 差异表达基因的功能富集分析 | 第46页 |
| 3.3 结果与分析 | 第46-59页 |
| 3.3.1 单标记全基因组关联分析 | 第46-47页 |
| 3.3.2 利用差异表达基因构建基因组特征 | 第47-48页 |
| 3.3.3 SNP-set test分析和生物学意义 | 第48-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 第4章 利用转录组数据研究乳房炎和产奶性状的遗传基础及提高基因组选择的准确性 | 第61-73页 |
| 4.1 引言 | 第61-62页 |
| 4.2 材料与方法 | 第62-63页 |
| 4.2.1 LPS攻毒试验及转录组分析 | 第62页 |
| 4.2.2 构建基因组特征 | 第62页 |
| 4.2.3 表型和基因型数据 | 第62页 |
| 4.2.4 参考群和验证群 | 第62-63页 |
| 4.2.5 混合线性模型的统计分析 | 第63页 |
| 4.2.6 单标记全基因组关联分析和SNP-set test | 第63页 |
| 4.3 结果与分析 | 第63-71页 |
| 4.3.1 荷斯坦群体的GBLUP和GFBLUP分析 | 第63-66页 |
| 4.3.2 娟珊牛群体的GBLUP和GFBLUP分析 | 第66-69页 |
| 4.3.3 品种间的GBLUP和GFBLUP(荷斯坦-娟珊牛) | 第69-71页 |
| 4.3.4 乳蛋白量相关的基因集 | 第71页 |
| 4.4 讨论 | 第71-73页 |
| 4.4.1 品种内预测 | 第71页 |
| 4.4.2 品种间预测 | 第71页 |
| 4.4.3 GFBLUP模型和其他基因组特征模型 | 第71-72页 |
| 4.4.4 适当的基因组特征有利于结果的生物学解释 | 第72-73页 |
| 第5章 利用GO数据库挖掘奶牛复杂性状遗传基础以及提高品种内和品种间基因组选择的准确性 | 第73-80页 |
| 5.1 引言 | 第73页 |
| 5.2 材料与方法 | 第73-74页 |
| 5.2.1 利用GO条目构建基因组特征 | 第74页 |
| 5.3 结果与分析 | 第74-78页 |
| 5.3.1 基于荷斯坦参考群体全基因组关联分析的SNP-set test结果 | 第74-75页 |
| 5.3.2 荷斯坦品种内GBLUP和GFBLUP分析 | 第75-77页 |
| 5.3.3 利用在荷斯坦品种中有预测能力的GO条目提高品种间GFBLUP的预测准确性 | 第77-78页 |
| 5.4 讨论 | 第78-80页 |
| 5.4.1 与产奶性状和乳房炎性状相关的GO术语 | 第79-80页 |
| 第6章 总体讨论 | 第80-85页 |
| 6.1 基因组特征 | 第80-82页 |
| 6.2 注释SNP到基因组特征上 | 第82-83页 |
| 6.3 基因组特征分析的结果解释 | 第83-84页 |
| 6.4 展望 | 第84-85页 |
| 第7章 结论 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-92页 |
| 致谢 | 第92-93页 |
| 作者简历 | 第93-94页 |
