| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-18页 |
| ·前言 | 第10页 |
| ·碳纳米管简介 | 第10-12页 |
| ·碳纳米管的结构 | 第10-11页 |
| ·碳纳米管的性质 | 第11-12页 |
| ·双碱基脱氧核糖核酸(Dinucleotides)的结构及特征 | 第12-13页 |
| ·碳纳米管的 DNA 功能化修饰和重要应用 | 第13页 |
| ·碳纳米管和 DNA 相互作用的研究进展 | 第13-16页 |
| ·实验研究的进展 | 第13页 |
| ·理论研究的进展 | 第13-16页 |
| ·本论文的设计思路和研究内容 | 第16-18页 |
| 第二章 分子动力学模拟和自由能计算方法 | 第18-25页 |
| ·分子动力学模拟 | 第18-21页 |
| ·分子力场和经典分子动力学 | 第18-20页 |
| ·分子动力学模拟的基本步骤 | 第20-21页 |
| ·分子动力学模拟软件介绍 | 第21页 |
| ·聚类分析 | 第21-22页 |
| ·自由能计算方法介绍 | 第22-25页 |
| ·MM-GBSA 能量计算 | 第23-24页 |
| ·自由能分解 | 第24-25页 |
| 第三章 SWCNT－DNA 的结合构象及动力学分析 | 第25-38页 |
| ·整体的构象变化和位移均方根偏差分析 | 第25-28页 |
| ·整体构象变化特征分析 | 第25-26页 |
| ·RMSD 变化趋势分析 | 第26-28页 |
| ·副本交换分子动力学分析 | 第28-30页 |
| ·构象聚类分析 | 第30-34页 |
| ·核酸碱基在纳米管上的方向偏好性分析 | 第34-38页 |
| 第四章 SWCNT－DNA 的结合自由能分析 | 第38-41页 |
| ·溶剂化自由能分析 | 第38-39页 |
| ·范德华作用能分析 | 第39页 |
| ·总体能量特征分析 | 第39-41页 |
| 第五章 结论与展望 | 第41-42页 |
| 参考文献 | 第42-46页 |
| 附录 | 第46-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 作者简介 | 第63-64页 |