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利用数字基因表达谱测序分析鸡HSP25基因对细胞凋亡的作用

摘要第3-4页
ABSTRACT第4-5页
1 前言第11-13页
2 材料与方法第13-31页
    2.1 实验材料与实验设计第13-14页
    2.2 主要仪器设备第14-15页
    2.3 主要试剂及配制第15-17页
        2.3.1 主要试剂第15-16页
        2.3.2 主要试剂配制第16-17页
            2.3.2.1 克隆和细胞冻存所需试剂配制第16页
            2.3.2.2 SDS-PAGE胶电泳所需试剂的配制第16-17页
            2.3.2.3 Western Blot所需试剂的配制第17页
    2.4 实验方法第17-30页
        2.4.0 细胞培养方法第17-18页
            2.4.0.1 鸡胚成纤维细胞DF-1 的复苏第17-18页
            2.4.0.2 鸡胚成纤维细胞DF-1 的传代培养第18页
            2.4.0.3 鸡胚成纤维细胞DF-1 的冻存第18页
        2.4.1 不同温度刺激DF-1 细胞第18-19页
        2.4.2 DF-1 的总RNA抽提方法第19页
        2.4.3 DF-1 总RNA反转录第19页
        2.4.4 荧光定量PCR引物设计第19-21页
        2.4.5 qRT-PCR检测方法的组分和程序第21页
        2.4.6 Western Bolt检测方法第21-22页
            2.4.6.1 细胞蛋白样品制备第21页
            2.4.6.2 总蛋白的保存第21页
            2.4.6.3 Western Blot检测cHSP25蛋白的表达第21-22页
        2.4.7 细胞凋亡检测第22-23页
        2.4.8 细胞周期检测第23-24页
        2.4.9 siRNA干扰鸡DF-1 中的HSP25基因第24-25页
            2.4.9.1 HSP25干扰片段合成第24页
            2.4.9.2 siRNA-cHSP25转染DF-1第24-25页
            2.4.9.3 cHSP25 siRNA干扰效果检测第25页
            2.4.9.4 热应激下干扰cHSP25对相关基因及细胞的检测第25页
        2.4.10 在鸡DF-1 中过表达cHSP25第25-30页
            2.4.10.1 cHSP25基因分子克隆第25-27页
            2.4.10.2 cHSP25过表达载体构建第27-29页
            2.4.10.3 pcDNA3.1-cHSP25过表达载体转染DF-1第29页
            2.4.10.4 pcDNA3.1-cHSP25过表达载体转染效果检测第29页
            2.4.10.5 热应激下过表达cHSP25对相关基因及细胞的检测第29-30页
    2.5 数据分析第30-31页
3 结果第31-68页
    3.1 干扰cHSP25基因对鸡DF-1 细胞系的影响第31-35页
        3.1.1 cHSP25干扰片段转染效果第31-33页
            3.1.1.1 转染干扰片段的DF-1 细胞形态第31页
            3.1.1.2 细胞总RNA抽提和反转录第31-32页
            3.1.1.3 cHSP25的干扰效果第32-33页
        3.1.2 干扰cHSP25对其它HSPs的影响第33-34页
        3.1.3 干扰cHSP25对细胞凋亡和细胞周期的影响第34-35页
    3.2 过表达cHSP25基因对鸡DF-1 细胞系的影响第35-40页
        3.2.1 pcDNA3.1-cHSP25过表达载体验证第35-36页
        3.2.2 pcDNA3.1-cHSP25过表达载体转染效果第36-38页
            3.2.2.1 转染过表达载体的DF-1 细胞形态第36页
            3.2.2.2 细胞系总RNA抽提和反转录第36-37页
            3.2.2.3 cHSP25过表达效果第37-38页
        3.2.3 过表达cHSP25对其它HSPs的影响第38页
        3.2.4 过表达cHSP25对细胞凋亡和周期的影响第38-40页
    3.3 数字基因表达谱测序第40-52页
        3.3.1 数据过滤统计第40-42页
        3.3.2 比对分析第42-43页
        3.3.3 表达量分析第43-44页
        3.3.4 蛋白互作网络第44-46页
        3.3.5 GO功能分析第46页
        3.3.6 KEGG通路分析第46-50页
        3.3.7 差异表达基因和下游通路基因检测第50-52页
            3.3.7.1 干扰HSP25基因对差异表达基因及下游通路基因的检测第50-51页
            3.3.7.2 过表达HSP25基因对差异表达基因及下游通路基因的检测第51-52页
    3.4 热应激对DF-1 细胞系及期相关基因的影响第52-58页
        3.4.1 不同温度条件下的细胞形态第52-53页
        3.4.2 不同温度条件下的细胞总RNA抽提和反转录第53页
        3.4.3 热应激对cHSP25表达量的影响第53-55页
        3.4.4 热应激对其它HSPs的表达量影响第55页
        3.4.5 热应激对差异表达基因和下游通路基因表达量的影响第55-56页
        3.4.6 热应激对细胞凋亡和周期的影响第56-58页
    3.5 热应激条件下干扰cHSP25基因对相关基因和细胞的影响第58-63页
        3.5.1 热应激条件下cHSP25干扰片段转染效果第58-59页
            3.5.1.1 热应激条件下转染干扰片段的DF-1 细胞形态第58页
            3.5.1.2 细胞总RNA抽提和反转录第58-59页
            3.5.1.3 热应激条件下cHSP25的干扰效果第59页
        3.5.2 热应激条件下干扰cHSP25对其它HSPs的影响第59-60页
        3.5.3 热应激条件下干扰cHSP25对差异表达基因和下游通路基因的影响第60-61页
        3.5.4 热应激条件下干扰cHSP25对细胞凋亡和周期的影响第61-63页
    3.6 热应激条件下过表达cHSP25基因对相关基因和细胞的影响第63-68页
        3.6.1 热应激条件下pcDNA3.1-cHSP25过表达载体转染效果第63-64页
            3.6.1.1 热应激条件下转染过表达载体的DF-1 细胞形态第63页
            3.6.1.2 细胞系总RNA抽提和反转录第63-64页
            3.6.1.3 热应激条件下cHSP25过表达效果第64页
        3.6.2 热应激条件下过表达cHSP25对其它HSPs的影响第64-65页
        3.6.3 热应激条件下过表达cHSP25对差异表达基因和下游通路基因的影响第65-66页
        3.6.4 热应激条件下过表达cHSP25对细胞凋亡和周期的影响第66-68页
4 讨论第68-74页
    4.1 细胞凋亡与细胞周期变化的关系第68-69页
    4.2 热应激诱导HSPs表达促进细胞凋亡第69-70页
    4.3 DGE测序分析的差异表达基因第70-73页
    4.4 下游通路相关基因的分析第73-74页
5 结论第74-75页
致谢第75-76页
参考文献第76-82页
附录第82-88页

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