| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 多重耐药肺炎克雷伯菌 | 第12-14页 |
| 1.1.1 条件致病菌概述 | 第12页 |
| 1.1.2 肺炎克雷伯菌 | 第12-13页 |
| 1.1.3 耐药性和致病性 | 第13-14页 |
| 1.2 微生物比较基因组学的研究方法 | 第14-15页 |
| 1.2.1 微生物基因组学和比较基因组学 | 第14页 |
| 1.2.2 微生物信息学技术 | 第14-15页 |
| 1.3 细菌的可移动基因组 | 第15-21页 |
| 1.3.1 可移动基因组的种类与特征 | 第15-18页 |
| 1.3.2 可移动基因组的生物学意义 | 第18-19页 |
| 1.3.3 可移动遗传元件的识别与鉴定 | 第19-21页 |
| 1.4 本研究主要内容 | 第21-23页 |
| 第二章 肺炎克雷伯菌HS11286可移动基因组的分析 | 第23-73页 |
| 2.1 前言 | 第23-24页 |
| 2.2 材料与方法 | 第24-35页 |
| 2.2.1 菌株和质粒 | 第24-26页 |
| 2.2.2 生物化学试剂 | 第26-28页 |
| 2.2.3 培养基 | 第28-29页 |
| 2.2.4 基本实验方法 | 第29-31页 |
| 2.2.5 插入缺失突变 | 第31-33页 |
| 2.2.6 抗菌药物敏感性试验 | 第33页 |
| 2.2.7 通过反选择筛选ICE自发缺失突变 | 第33-34页 |
| 2.2.8 生物信息学分析 | 第34-35页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第35-72页 |
| 2.3.1 HS11286为ST11型 | 第35-36页 |
| 2.3.2 HS11286的可移动基因组 | 第36-56页 |
| 2.3.3 HS11286的可移动基因组与耐药性相关 | 第56-67页 |
| 2.3.4 HS11286中ICE介导周围染色体区域丢失 | 第67-72页 |
| 2.4 小结 | 第72-73页 |
| 第三章 整合性接合元件的比较分析 | 第73-96页 |
| 3.1 前言 | 第73-74页 |
| 3.2 材料与方法 | 第74-78页 |
| 3.2.1 基本生物信息学方法 | 第74-75页 |
| 3.2.2 ICE数据收集 | 第75-76页 |
| 3.2.3 ICE分类 | 第76页 |
| 3.2.4 ICE分子生物学数据库开发 | 第76-77页 |
| 3.2.5 ICE的比较分析 | 第77-78页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第78-94页 |
| 3.3.1 ICE数据收集结果 | 第78-80页 |
| 3.3.2 ICE家族定义 | 第80-84页 |
| 3.3.3 ICE数据库ICEberg | 第84-87页 |
| 3.3.4 ICE的组成特征和功能模块表征 | 第87-94页 |
| 3.4 小结 | 第94-96页 |
| 第四章 整合性接合元件的生物信息学识别策略 | 第96-119页 |
| 4.1 前言 | 第96-97页 |
| 4.2 材料与方法 | 第97-102页 |
| 4.2.1 基本生物信息学方法 | 第97页 |
| 4.2.2 重组酶隐马尔科夫模型的收集 | 第97页 |
| 4.2.3 松弛酶隐马尔科夫模型的收集和构建 | 第97页 |
| 4.2.4 T4SS核心组份的识别 | 第97-100页 |
| 4.2.5 T4SS分子生物学数据库开发 | 第100-101页 |
| 4.2.6 革兰氏阳性菌中T4SS的识别 | 第101-102页 |
| 4.2.7 ICE的生物信息学识别 | 第102页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第102-117页 |
| 4.3.1 重组模块的定量描述 | 第102-103页 |
| 4.3.2 接合转移模块的定量描述 | 第103-114页 |
| 4.3.3 基于功能模块特征的ICE模糊数学模型和预测识别 | 第114-116页 |
| 4.3.4 ICE识别方法的应用和评估 | 第116-117页 |
| 4.4 小结 | 第117-119页 |
| 第五章 结论和展望 | 第119-120页 |
| 5.1 创新点 | 第119页 |
| 5.2 展望 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-136页 |
| 致谢 | 第136-137页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第137页 |
