| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 引言 | 第15-28页 |
| 1.1 牛带绦虫概述 | 第15页 |
| 1.2 亚洲带绦虫概述 | 第15-16页 |
| 1.3 牛带绦虫和亚洲带绦虫的比较 | 第16-18页 |
| 1.3.1 形态学比较 | 第16-17页 |
| 1.3.2 物种形成历史比较 | 第17-18页 |
| 1.3.3 群体数量与杂交现象 | 第18页 |
| 1.4 寄生扁形动物基因组学研究进展 | 第18-21页 |
| 1.4.1 测序技术进展 | 第18-19页 |
| 1.4.2 寄生性扁形动物基因组学研究进展 | 第19-21页 |
| 1.5 进化分析背景和原理 | 第21-24页 |
| 1.5.1 系统发育分析 | 第21-23页 |
| 1.5.2 适应性进化分析原理 | 第23-24页 |
| 1.6 胰岛素及其信号通路概述 | 第24-26页 |
| 1.6.1 胰岛素家族 | 第24-25页 |
| 1.6.2 胰岛素信号通路 | 第25页 |
| 1.6.3 无脊椎动物ILP | 第25-26页 |
| 1.6.4 寄生扁形动物ILP | 第26页 |
| 1.7 本研究目的和意义 | 第26-28页 |
| 第二章 全基因组测序、拼接、注释和特征分析 | 第28-41页 |
| 2.1 材料 | 第28页 |
| 2.1.1 试剂 | 第28页 |
| 2.1.2 样品鉴定 | 第28页 |
| 2.2 方法 | 第28-31页 |
| 2.2.1 测序文库制备 | 第28-29页 |
| 2.2.2 原始测序数据质量评估及过滤 | 第29页 |
| 2.2.3 基因组拼接及评估 | 第29-30页 |
| 2.2.4 基因组重复序列分析 | 第30页 |
| 2.2.5 基因组非编码RNA分析 | 第30页 |
| 2.2.6 基因模型(gene model)注释 | 第30-31页 |
| 2.2.7 基因结构特征分析 | 第31页 |
| 2.2.8 编码蛋白功能注释及信号通路注释 | 第31页 |
| 2.3 结果 | 第31-39页 |
| 2.3.1 样品获取及鉴定 | 第31页 |
| 2.3.2 基因组测序及数据质量评估 | 第31-32页 |
| 2.3.3 基因组拼接及拼接质量评估 | 第32-33页 |
| 2.3.4 基因组重复序列注释 | 第33-34页 |
| 2.3.5 非编码RNA注释 | 第34页 |
| 2.3.6 编码基因注释及特征分析 | 第34-37页 |
| 2.3.7 编码基因功能及通路注释 | 第37-39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-41页 |
| 第三章 牛带绦虫和亚洲带绦虫转录组分析 | 第41-48页 |
| 3.1 材料 | 第41页 |
| 3.1.1 主要试剂 | 第41页 |
| 3.1.2 样品准备 | 第41页 |
| 3.1.3 牛带绦虫囊尾蚴胆汁激活处理 | 第41页 |
| 3.2 方法 | 第41-43页 |
| 3.2.1 转录组测序 | 第41-42页 |
| 3.2.2 转录组原始数据处理 | 第42页 |
| 3.2.3 饱和度分析 | 第42页 |
| 3.2.4 转录组序列定位与组装 | 第42页 |
| 3.2.5 基因表达水平分析 | 第42-43页 |
| 3.3 结果 | 第43-47页 |
| 3.3.1 mRNA提取 | 第43页 |
| 3.3.2 RNA-Seq原始读段质量评估及过滤 | 第43-44页 |
| 3.3.3 饱和度分析 | 第44页 |
| 3.3.4 转录组从头组装 | 第44-45页 |
| 3.3.5 有参考基因组的组装 | 第45页 |
| 3.3.6 基因表达量计算 | 第45-46页 |
| 3.3.7 差异表达基因及功能注释 | 第46-47页 |
| 3.4 讨论 | 第47-48页 |
| 第四章 比较基因组学分析 | 第48-63页 |
| 4.1 方法 | 第48-51页 |
| 4.1.1 基因组大小评估 | 第48页 |
| 4.1.2 基因组共线性分析 | 第48-49页 |
| 4.1.3 编码基因同源性比较 | 第49页 |
| 4.1.4 蛋白家族聚类及比较 | 第49页 |
| 4.1.5 天冬氨酸蛋白酶家族鉴定及比较分析 | 第49-51页 |
| 4.2 结果 | 第51-61页 |
| 4.2.1 基因组大小评估 | 第51页 |
| 4.2.2 共线性分析 | 第51-54页 |
| 4.2.3 同源基因比较分析 | 第54-56页 |
| 4.2.4 基因家族比较 | 第56-57页 |
| 4.2.5 绦虫与吸虫天冬氨酸蛋白酶家族鉴定及比较分析 | 第57-61页 |
| 4.3 讨论 | 第61-63页 |
| 第五章 绦虫系统发育基因组学分析策略探讨及延伸 | 第63-77页 |
| 5.1 方法 | 第63-66页 |
| 5.1.1 基于核基因组数据的寄生扁形动物系统发育关系重建 | 第63页 |
| 5.1.2 基于线粒体全基因组数据的带属绦虫系统发育关系重建分析策略 | 第63-66页 |
| 5.1.3 计算遗传矩阵相关性的策略应用范围延伸 | 第66页 |
| 5.2 结果 | 第66-75页 |
| 5.2.1 基于核基因组的寄生扁形动物系统发育重建 | 第66-67页 |
| 5.2.2 基于线粒体基因组的绦虫系统发育重建分析策略 | 第67-71页 |
| 5.2.3 计算遗传距离矩阵相关性的策略应用范围延伸探讨 | 第71-75页 |
| 5.3 讨论 | 第75-77页 |
| 第六章 适应性进化分析 | 第77-85页 |
| 6.1 方法 | 第77-78页 |
| 6.1.1 直系同源基因选择压力成对计算 | 第77页 |
| 6.1.2 枝位点模型计算 | 第77-78页 |
| 6.1.3 正选择基因注释及比较分析 | 第78页 |
| 6.2 结果 | 第78-83页 |
| 6.2.1 成对比较的正选择基因及功能注释 | 第78页 |
| 6.2.2 枝位点模型检测正选择基因 | 第78-80页 |
| 6.2.3 正选择基因GO聚类和富集分析 | 第80-82页 |
| 6.2.4 正选择基因KEGG通路分析 | 第82-83页 |
| 6.3 讨论 | 第83-85页 |
| 第七章 潜在药物靶标蛋白鉴定分析 | 第85-95页 |
| 7.1 方法 | 第85-86页 |
| 7.1.1 GPCR的鉴定与分析 | 第85页 |
| 7.1.2 蛋白酶与蛋白酶抑制剂的鉴定与分析 | 第85-86页 |
| 7.1.3 蛋白激酶鉴定与分析 | 第86页 |
| 7.1.4 离子通道鉴定与分析 | 第86页 |
| 7.2 结果 | 第86-94页 |
| 7.2.1 GPCR鉴定 | 第86-87页 |
| 7.2.2 蛋白酶及其抑制剂鉴定 | 第87-90页 |
| 7.2.3 蛋白激酶鉴定 | 第90-91页 |
| 7.2.4 离子通道鉴定 | 第91-92页 |
| 7.2.5 药物靶标数据库注释 | 第92-94页 |
| 7.3 讨论 | 第94-95页 |
| 第八章分泌蛋白质组鉴定 | 第95-101页 |
| 8.1 方法 | 第95-96页 |
| 8.1.1 分泌蛋白预测及注释 | 第95-96页 |
| 8.2 结果 | 第96-99页 |
| 8.2.1 绦虫分泌蛋白鉴定 | 第96页 |
| 8.2.2 功能注释 | 第96-98页 |
| 8.2.3 分泌蛋白GO聚类和富集分析 | 第98-99页 |
| 8.3 讨论 | 第99-101页 |
| 第九章 绦虫和吸虫的胰岛素样多肽基因鉴定 | 第101-112页 |
| 9.1 材料 | 第101页 |
| 9.1.1 试剂 | 第101页 |
| 9.1.2 主要仪器 | 第101页 |
| 9.2 方法 | 第101-104页 |
| 9.2.1 猪带绦虫ILP基因的全基因组搜索 | 第101-102页 |
| 9.2.2 猪带绦虫ILP编码基因cDNA的扩增 | 第102-103页 |
| 9.2.3 其他绦虫及吸虫的ILP基因鉴定 | 第103页 |
| 9.2.4 寄生扁形动物ILP序列特征及进化分析 | 第103-104页 |
| 9.3 结果 | 第104-110页 |
| 9.3.1 绦虫胰岛素样因子的全基因组搜索 | 第104页 |
| 9.3.2 猪带绦虫ILP编码基因cDNA的克隆 | 第104-105页 |
| 9.3.3 其他绦虫和吸虫的ILP编码基因的鉴定及其基因结构分析 | 第105-106页 |
| 9.3.4 寄生扁形动物ILP序列特征 | 第106-110页 |
| 9.3.5 进化分析 | 第110页 |
| 9.4 讨论 | 第110-112页 |
| 第十章 绦虫ILP基因表达量和组织分布分析 | 第112-119页 |
| 10.1 材料 | 第112页 |
| 10.2 方法 | 第112-114页 |
| 10.2.1 基因表达水平检测 | 第112页 |
| 10.2.2 抗体制备 | 第112-113页 |
| 10.2.3 组织定位 | 第113页 |
| 10.2.4 绦虫胰岛素信号通路其他成分鉴定 | 第113-114页 |
| 10.3 结果 | 第114-118页 |
| 10.3.1 绦虫ILP表达水平分析 | 第114页 |
| 10.3.2 抗体制备和免疫组化 | 第114-115页 |
| 10.3.3 绦虫胰岛素信号通路其它成分的鉴定 | 第115-118页 |
| 10.4 讨论 | 第118-119页 |
| 第十一章 全文结论 | 第119-120页 |
| 参考文献 | 第120-130页 |
| 附录 | 第130-133页 |
| 致谢 | 第133-135页 |
| 作者简历 | 第135页 |
