| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第一章 引言 | 第7-10页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第7页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第7-8页 |
| 1.3 研究内容及章节安排 | 第8-10页 |
| 第二章 蛋白质功能预测计算方法概述 | 第10-13页 |
| 2.1 基于蛋白质序列的方法 | 第10页 |
| 2.2 基于蛋白质结构的方法 | 第10页 |
| 2.3 基于基因组上下文的方法 | 第10-11页 |
| 2.4 基于基因表达数据的方法 | 第11页 |
| 2.5 基于文本挖掘的方法 | 第11页 |
| 2.6 基于蛋白质相互作用网络的方法 | 第11-12页 |
| 2.7 多标签学习的方法 | 第12-13页 |
| 第三章 利用功能基于PPI网络的关联性的蛋白质功能预测方法 | 第13-22页 |
| 3.1 构建蛋白质功能预测网络 | 第13-15页 |
| 3.1.1 构建加权PPI网络 | 第13-14页 |
| 3.1.2 利用序列相似性对网络加边 | 第14页 |
| 3.1.3 添加功能标签和功能扩散 | 第14-15页 |
| 3.2 利用基于PPI网络功能关联的蛋白质功能预测算法 | 第15-22页 |
| 3.2.1 构建蛋白质内功能关联矩阵 | 第16-17页 |
| 3.2.2 构建蛋白质间功能关联矩阵 | 第17-19页 |
| 3.2.3 利用基于PPI网络功能关联的功能预测算法流程 | 第19-22页 |
| 第四章 实验及结果分析 | 第22-31页 |
| 4.1 数据集 | 第22-23页 |
| 4.2 参数设置 | 第23页 |
| 4.3 实验设置 | 第23-24页 |
| 4.4 评价指标 | 第24页 |
| 4.5 对比方法 | 第24页 |
| 4.6 留一验证法的实验结果 | 第24-27页 |
| 4.7 稀疏标注网络的实验结果 | 第27-31页 |
| 第五章 总结和展望 | 第31-33页 |
| 5.1 总结 | 第31页 |
| 5.2 展望 | 第31-33页 |
| 参考文献 | 第33-36页 |
| 致谢 | 第36-37页 |
| 在学期间公开发表论文情况 | 第37页 |
