| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第14-16页 |
| 文献综述 | 第16-32页 |
| 1 猪传染性胃肠炎病毒研究进展 | 第16-20页 |
| 1.1 TGEV形态及基因组结构 | 第16-17页 |
| 1.2 TGEV的蛋白及功能 | 第17-18页 |
| 1.2.1 TGEV的结构蛋白及功能 | 第17-18页 |
| 1.2.2 TGEV的非结构蛋白及功能 | 第18页 |
| 1.3 TGEV的致病机制 | 第18-20页 |
| 1.3.1 TGEV的亲嗜性 | 第18页 |
| 1.3.2 TGEV进入细胞的过程 | 第18-19页 |
| 1.3.3 TGEV在细胞内的繁殖 | 第19页 |
| 1.3.4 TGEV的致病机制 | 第19-20页 |
| 1.4 小结 | 第20页 |
| 2 病毒感染相关的基因研究进展 | 第20-30页 |
| 2.1 细胞凋亡相关基因 | 第20-22页 |
| 2.1.1 Caspase家族 | 第20-21页 |
| 2.1.2 Bcl-2 家族 | 第21页 |
| 2.1.3 死亡受体和衔接蛋白相关基因 | 第21页 |
| 2.1.4 p53 | 第21-22页 |
| 2.2 细胞周期相关基因 | 第22-23页 |
| 2.2.1 细胞周期蛋白依赖性蛋白激酶 | 第22页 |
| 2.2.2 细胞周期蛋白 | 第22-23页 |
| 2.2.3 p53和p21 | 第23页 |
| 2.3 细胞免疫相关相关基因 | 第23-24页 |
| 2.4 病毒感染相关的信号通路 | 第24-29页 |
| 2.4.1 PI3K/AKT信号通路 | 第24-25页 |
| 2.4.2 Toll样受体信号通路 | 第25-26页 |
| 2.4.3 RIG-Ⅰ样受体信号通路 | 第26-27页 |
| 2.4.4 JAK/STAT信号通路 | 第27-28页 |
| 2.4.5 NF-κB信号通路 | 第28-29页 |
| 2.6 小结 | 第29-30页 |
| 3 与病毒感染相关的lncRNA研究进展 | 第30-31页 |
| 3.1 细胞源性的lncRNA对病毒感染的作用 | 第30-31页 |
| 3.2 病毒源性的lncRNA对病毒感染的作用 | 第31页 |
| 3.3 嵌合体lncRNA对病毒感染的作用 | 第31页 |
| 3.4 小结 | 第31页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 研究论文 | 第32-74页 |
| 引言 | 第32-33页 |
| 1 材料与方法 | 第33-44页 |
| 1.1 试验材料 | 第33-34页 |
| 1.1.1 细胞与毒株 | 第33页 |
| 1.1.2 试剂 | 第33页 |
| 1.1.3 仪器设备 | 第33-34页 |
| 1.1.4 参考数据库及软件 | 第34页 |
| 1.2 试验方法 | 第34-44页 |
| 1.2.1 细胞的解冻及培养 | 第34页 |
| 1.2.2 细胞的传代培养 | 第34页 |
| 1.2.3 TGEV的增殖 | 第34-35页 |
| 1.2.4 病毒滴度检测 | 第35页 |
| 1.2.5 测序样品TGEV处理时间的选择 | 第35-37页 |
| 1.2.5.1 细胞总RNA的提取 | 第35-36页 |
| 1.2.5.2 RNA浓度测定以及质量检测 | 第36页 |
| 1.2.5.3 反转录 | 第36-37页 |
| 1.2.5.4 荧光定量PCR | 第37页 |
| 1.2.6 测序样品的制备 | 第37-38页 |
| 1.2.7 上机样本制备 | 第38页 |
| 1.2.8 高通量测序 | 第38页 |
| 1.2.9 测序结果的初步处理 | 第38-39页 |
| 1.2.10 Reads比对参考基因组 | 第39页 |
| 1.2.11 Reads对比参考基因组的区域分布分析 | 第39页 |
| 1.2.12 差异mRNA的筛选 | 第39-40页 |
| 1.2.13 GO（Gene Ontology）分析 | 第40页 |
| 1.2.14 生物通路（Biological Pathway）分析 | 第40页 |
| 1.2.15 荧光定量PCR检验测序结果 | 第40-42页 |
| 1.2.16 差异lncRNA的筛选 | 第42页 |
| 1.2.17 差异LncRNA靶基因预测及功能分析 | 第42页 |
| 1.2.18 新lncRNA预测及差异分析 | 第42-43页 |
| 1.2.19 荧光定量PCR验证lncRNA测序结果 | 第43-44页 |
| 2 结果与分析 | 第44-67页 |
| 2.1 TGEV感染时间对细胞CPE以及病毒滴度的影响 | 第44-45页 |
| 2.2 测序样品总RNA质量 | 第45-46页 |
| 2.3 序列质量处理 | 第46-47页 |
| 2.4 Clean reads的质量检测结果 | 第47-49页 |
| 2.5 reads比对参考基因组结果 | 第49-50页 |
| 2.6 Reads在染色体上的分布 | 第50-52页 |
| 2.7 Reads的分类注释 | 第52-53页 |
| 2.8 mRNA表达量整体水平及差异概况 | 第53页 |
| 2.9 差异mRNA聚类分析结果 | 第53页 |
| 2.10 GO分析结果 | 第53-55页 |
| 2.11 KEGG分析结果 | 第55页 |
| 2.12 荧光定量PCR验证测序数据结果 | 第55-57页 |
| 2.13 已知lncRNA的表达量及差异表达概况 | 第57-61页 |
| 2.14 差异lncRNA的聚类分析结果 | 第61页 |
| 2.15 LncRNA靶基因预测及功能分析结果 | 第61-65页 |
| 2.16 新lncRNA预测结果 | 第65-66页 |
| 2.17 荧光定量PCR验证差异lncRNA结果 | 第66-67页 |
| 3 讨论 | 第67-73页 |
| 3.1 试验材料的的选择 | 第67-68页 |
| 3.2 高通量测序质量和效果 | 第68页 |
| 3.3 TGEV感染ST细胞差异表达mRNA的筛选与分析 | 第68-71页 |
| 3.3.1 TGEV感染ST细胞早期差异mRNA与细胞免疫的关系 | 第69页 |
| 3.3.2 TGEV感染ST细胞后期差异mRNA与细胞免疫的关系 | 第69-71页 |
| 3.4 LncRNA LOC100524077功能预测 | 第71-73页 |
| 3.5 定量RCR验证RNA-seq数据结果分析 | 第73页 |
| 4 结论 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-84页 |
| 附录 | 第84-97页 |
| 致谢 | 第97-99页 |
| 个人简历 | 第99页 |
