| 摘要 | 第1-14页 |
| ABSTRACT | 第14-18页 |
| 缩略词表 | 第18-20页 |
| 第一章 文献综述 | 第20-44页 |
| 1 高等植物合子胚与体细胞胚发生 | 第20-38页 |
| ·合子胚发育的过程 | 第20页 |
| ·胚胎发育的转录组学研究 | 第20-21页 |
| ·高等植物体细胞胚发生 | 第21-37页 |
| ·外植体为植物营养组织或器官 | 第22-23页 |
| ·外植体为植物生殖器官 | 第23页 |
| ·外植体为植物小孢子 | 第23-26页 |
| ·体细胞胚发生机理研究 | 第26-27页 |
| ·胚性细胞的起源 | 第27-28页 |
| ·胚发生过程中相关基因的研究 | 第28-36页 |
| ·体细胞胚发生过程中miRNA的调控机制 | 第36-37页 |
| ·高等植物合子胚与体细胞胚发生比较 | 第37-38页 |
| 2 SSR标记开发与应用 | 第38-41页 |
| ·SSR位点的搜索及标记的开发 | 第39-40页 |
| ·新型SSRs的分布特征 | 第40页 |
| ·新型SSR标记的应用 | 第40-41页 |
| 3 本研究目的和意义 | 第41-44页 |
| 第二章 萝卜合子胚发生相关基因表达谱分析 | 第44-64页 |
| 1 材料与方法 | 第45-49页 |
| ·试验材料 | 第45页 |
| ·试验方法 | 第45-49页 |
| ·总RNA的提取 | 第45页 |
| ·总RNA质量检测 | 第45页 |
| ·数字基因表达谱测序 | 第45-46页 |
| ·测序数据初级分析 | 第46-47页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第47页 |
| ·差异基因功能注释 | 第47-48页 |
| ·基因表达模式聚类分析 | 第48页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第48-49页 |
| 2 结果与分析 | 第49-60页 |
| ·测序结果统计与分析 | 第49-50页 |
| ·测序结果评估 | 第49-50页 |
| ·基因表达定量 | 第50页 |
| ·胚发生过程中差异基因的筛选 | 第50-52页 |
| ·差异表达基因分布 | 第50-51页 |
| ·差异表达基因的筛选 | 第51-52页 |
| ·差异基因表达模式分析 | 第52-54页 |
| ·GO功能注释分析 | 第54-55页 |
| ·KEGG显著性富集分析 | 第55-58页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第58-60页 |
| 3 讨论 | 第60-64页 |
| ·RNA-Seq技术为差异基因的分离提供有效手段 | 第60-61页 |
| ·萝卜胚发生相关系列关键基因得到成功分离与鉴定 | 第61-64页 |
| 第三章 萝卜胚发生相关基因克隆与表达分析 | 第64-90页 |
| 1 材料与方法 | 第65-69页 |
| ·试验材料 | 第65页 |
| ·植物材料 | 第65页 |
| ·菌株与质粒 | 第65页 |
| ·试验试剂 | 第65页 |
| ·试验方法 | 第65-69页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第65-66页 |
| ·总RNA的提取与cDNA的合成 | 第66页 |
| ·基因克隆及表达 | 第66-68页 |
| ·启动子克隆与分析 | 第68-69页 |
| ·基因qRT-PCR表达分析 | 第69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-87页 |
| ·扩增与克隆结果 | 第69页 |
| ·基因DNA和cDNA序列克隆及分析 | 第69-73页 |
| ·RsAGL15 | 第69-70页 |
| ·RsSERK1 | 第70-72页 |
| ·RsCDC2 | 第72-73页 |
| ·RsLEA3 | 第73页 |
| ·基因的蛋白特征分析 | 第73-78页 |
| ·RsAGL15 | 第73-75页 |
| ·RsSERK1 | 第75-78页 |
| ·氨基酸序列同源性及系统树分析 | 第78-81页 |
| ·RsAGL15 | 第78-79页 |
| ·RsSERK1 | 第79-81页 |
| ·萝卜RsBBM、RsCDC2基因启动子序列克隆与分析 | 第81-85页 |
| ·萝卜基因组DNA酶切及接头连接 | 第81页 |
| ·巢式降落PCR | 第81-82页 |
| ·RsBBM基因启动子元件分析 | 第82-83页 |
| ·RsCDC2基因启动子元件分析 | 第83-85页 |
| ·基因表达特性分析 | 第85-87页 |
| ·RsSERK1基因 | 第85页 |
| ·RsAGL15基因 | 第85-86页 |
| ·RsBBM基因 | 第86页 |
| ·RsCDC2基因 | 第86页 |
| ·RsLEA3基因 | 第86-87页 |
| 3 讨论 | 第87-90页 |
| ·SERK基因是胚发生过程中重要的功能基因 | 第87-88页 |
| ·AGL15基因在胚成熟过程中的关键调控作用 | 第88页 |
| ·BBM基因能够促进植物的胚发生过程 | 第88-89页 |
| ·CDC2和LEA3基因有效调控植物胚发生过程 | 第89-90页 |
| 第四章 萝卜胚发生过程相关microRNA分离与鉴定 | 第90-114页 |
| 1 材料与方法 | 第91-95页 |
| ·植物材料 | 第91页 |
| ·试验方法 | 第91-95页 |
| ·总RNA提取 | 第91页 |
| ·总RNA质量检测 | 第91页 |
| ·小分子RNA文库构建和测序 | 第91-92页 |
| ·miRNA分析流程 | 第92页 |
| ·萝卜胚发生过程miRNA差异表达分析 | 第92-93页 |
| ·miRNA候选靶基因分析 | 第93-94页 |
| ·qRT-PCR分析验证 | 第94-95页 |
| 2 结果与分析 | 第95-107页 |
| ·萝卜合子胚小RNA文库分析 | 第95-98页 |
| ·Solexa测序数据分析 | 第95页 |
| ·小RNA序列长度分布 | 第95-97页 |
| ·小RNA的分离注释 | 第97-98页 |
| ·萝卜胚发生过程中已知miRNA的鉴定 | 第98-99页 |
| ·萝卜胚发生过程中新型miRNA的鉴定 | 第99页 |
| ·萝卜胚发生相关miRNA的鉴定 | 第99-101页 |
| ·miRNA靶基因的预测与功能注释 | 第101-104页 |
| ·qRT-PCR miRNA及其靶基因验证 | 第104-107页 |
| ·miRNA的组织特异性表达 | 第104-107页 |
| ·萝卜miRNA及其靶基因发育时期特异性 | 第107页 |
| 3 讨论 | 第107-114页 |
| ·萝卜胚发生相关miRNA的特性分析 | 第110-112页 |
| ·miRNA表达模式分析 | 第112页 |
| ·靶基因的功能预测 | 第112-114页 |
| 第五章 基于NCBI数据库萝卜EST-SSR标记开发与应用 | 第114-130页 |
| 1 材料与方法 | 第114-118页 |
| ·实验材料 | 第114-116页 |
| ·基因组DNA提取 | 第116页 |
| ·萝卜非冗余EST序列的获得 | 第116页 |
| ·EST序列来源 | 第116页 |
| ·EST序列预处理 | 第116页 |
| ·EST-SSR标记的开发 | 第116-117页 |
| ·SSR位点的搜索分析 | 第116-117页 |
| ·EST-SSR引物的设计 | 第117页 |
| ·PCR扩增验证 | 第117页 |
| ·引物源序列的功能注释分析 | 第117页 |
| ·EST-SSR标记的应用 | 第117-118页 |
| ·萝卜不同基因型遗传多样性分析 | 第117页 |
| ·多态性评价 | 第117-118页 |
| ·萝卜EST-SSR引物通用性分析 | 第118页 |
| 2 结果与分析 | 第118-128页 |
| ·萝卜EST序列的获得 | 第118页 |
| ·萝卜EST序列中SSR的鉴定与分析 | 第118-123页 |
| ·萝卜EST序列GO功能注释 | 第123-125页 |
| ·EST-SSR引物的设计与验证 | 第125页 |
| ·利用萝卜EST-SSR标记进行遗传多样性分析 | 第125-126页 |
| ·ESR-SSR标记在十字花科物种中通用性研究 | 第126-128页 |
| 3 讨论 | 第128-130页 |
| ·萝卜ESR-SSR位点的鉴定与特征分析 | 第128页 |
| ·萝卜EST-SSR标记的开发与应用 | 第128-129页 |
| ·萝卜EST-SSR标记通用性研究 | 第129-130页 |
| 第六章 基于萝卜转录组序列开发新型genic-SSR标记 | 第130-150页 |
| 1 材料与方法 | 第131-134页 |
| ·植物材料 | 第131页 |
| ·小孢子时期观察 | 第131页 |
| ·小孢子的分离及培养 | 第131-132页 |
| ·基因组DNA提取 | 第132页 |
| ·新型genic-SSR标记的开发 | 第132页 |
| ·SSR位点的检索 | 第132页 |
| ·genic-SSR引物的设计 | 第132页 |
| ·PCR扩增验证 | 第132页 |
| ·序列GO功能注释 | 第132页 |
| ·新型genie-SSR标记的应用 | 第132-134页 |
| ·遗传多样性分析 | 第132页 |
| ·多态性评价 | 第132-134页 |
| ·MCID的构建 | 第134页 |
| ·通用性研究 | 第134页 |
| ·小孢子再生植株纯系鉴定 | 第134页 |
| 2 结果与分析 | 第134-146页 |
| ·萝卜转录组序列中SSR的特征分析 | 第134-136页 |
| ·序列GO功能注释 | 第136-137页 |
| ·genic-SSR标记的开发与验证 | 第137页 |
| ·萝卜基因型的遗传多样性分析 | 第137-140页 |
| ·MCID的构建 | 第140-143页 |
| ·genic-SSR标记的通用性研究 | 第143页 |
| ·分子标记对小孢子再生植株的鉴定分析 | 第143-146页 |
| 3 讨论 | 第146-150页 |
| ·NGS的快速发展推动了SSR标记的开发 | 第146页 |
| ·萝卜转录组中SSR特性分析 | 第146-147页 |
| ·genie-SSR标记的成功开发 | 第147页 |
| ·genic-SSR标记较好地应用于品种的分析鉴定 | 第147-148页 |
| ·genic-SSR标记具有较高多态性 | 第148页 |
| ·genic-SSR标记十字花科近缘种中通用性较高 | 第148页 |
| ·基于编码序列的SSR标记能够鉴定纯合株系 | 第148-150页 |
| 全文结论 | 第150-152页 |
| 创新之处 | 第152-154页 |
| 参考文献 | 第154-170页 |
| 附录 | 第170-176页 |
| 博士在读期间发表学术论文 | 第176-178页 |
| 致谢 | 第178页 |
