| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 目录 | 第9-12页 |
| 图表目录 | 第12-13页 |
| 縮略词 | 第13-14页 |
| 引言 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-33页 |
| ·测序技术的概述 | 第15-21页 |
| ·第一代测序技术 | 第15-17页 |
| ·第二代测序技术 | 第17-20页 |
| ·第三代测序技术 | 第20-21页 |
| ·拷贝数变异的研究进展 | 第21-28页 |
| ·拷贝数变异的概述 | 第22-24页 |
| ·拷贝数变异的检测方法 | 第24-26页 |
| ·拷贝数变异对表型的影响 | 第26-28页 |
| ·饲料利用效率的研究进展 | 第28-33页 |
| ·饲料转化率(Feed Conversion Ratio,FCR) | 第29-30页 |
| ·剩余采食量(Residual Feed Intake,RFI) | 第30-33页 |
| 第二章 利用全基因组重测序检测鸡基因组拷贝数变异 | 第33-58页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·试验材料 | 第33-34页 |
| ·试验样本 | 第33页 |
| ·血样收集 | 第33-34页 |
| ·主要试剂和溶液配制 | 第34页 |
| ·主要试验仪器 | 第34页 |
| ·试验方法 | 第34-39页 |
| ·基因组DNA提取与检测 | 第34-35页 |
| ·数据分析 | 第35-36页 |
| ·比较基因组杂交芯片 | 第36页 |
| ·荧光定量PCR | 第36-38页 |
| ·CNVR包含的基因及基因的功能分析 | 第38-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-54页 |
| ·测序结果概述 | 第39页 |
| ·CNV推断结果概述 | 第39-43页 |
| ·与前人研究对比 | 第43页 |
| ·aCGH和qPCR验证结果 | 第43-49页 |
| ·CNVR覆盖的基因 | 第49-53页 |
| ·CNVR注释结果 | 第53-54页 |
| ·讨论 | 第54-57页 |
| ·鸡基因组CNV图谱 | 第54-55页 |
| ·CNV预测质量评估 | 第55页 |
| ·受CNVR影响的潜在候选基因 | 第55-57页 |
| ·小结 | 第57-58页 |
| 第三章 利用RNA-Seq技术挖掘影响鸡饲料效率的候选基因 | 第58-74页 |
| ·引言 | 第58页 |
| ·试验材料 | 第58-59页 |
| ·试验群体 | 第58页 |
| ·样本收集 | 第58-59页 |
| ·主要试剂和溶液配制 | 第59页 |
| ·主要试验仪器 | 第59页 |
| ·试验方法 | 第59-62页 |
| ·RFI测定 | 第59-60页 |
| ·组织总RNA的提取与检测 | 第60页 |
| ·数据分析 | 第60-62页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第62页 |
| ·结果与分析 | 第62-70页 |
| ·测序结果概述 | 第62-64页 |
| ·差异基因结果概述 | 第64-66页 |
| ·qRT-PCR验证结果 | 第66-67页 |
| ·差异基因的功能注释 | 第67-69页 |
| ·基因间区转录本的预测与注释结果 | 第69-70页 |
| ·讨论 | 第70-74页 |
| 第四章 结论 | 第74-75页 |
| ·主要结论 | 第74页 |
| ·创新点 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-84页 |
| 致谢 | 第84-85页 |
| 个人简介 | 第85-87页 |
| 附表 | 第87-113页 |
