| 中文摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 1 前言 | 第13-29页 |
| ·猪基因组研究现状 | 第13-14页 |
| ·猪骨骼肌转录组研究进展 | 第14-19页 |
| ·骨骼肌 miRNA 转录组研究 | 第14-18页 |
| ·猪骨骼肌 mRNA 转录组研究 | 第18页 |
| ·猪骨骼肌差异表达基因 | 第18-19页 |
| ·转录组中差异表达基因的研究方法 | 第19-21页 |
| ·高通量测序技术在基因组研究中的应用 | 第21-27页 |
| ·高通量测序技术的应用范围 | 第22-24页 |
| ·RNA-seq 技术的应用 | 第24-26页 |
| ·畜禽参考基因组的现状 | 第26页 |
| ·高通量测序研究的挑战 | 第26-27页 |
| ·基因组学技术在动物遗传育种中的应用 | 第27-28页 |
| ·本研究的目的及意义 | 第28-29页 |
| 2 材料与方法 | 第29-46页 |
| ·试验材料 | 第29-32页 |
| ·试验动物与样品采集 | 第29页 |
| ·主要仪器 | 第29-30页 |
| ·酶和试剂 | 第30-32页 |
| ·主要数据库及生物软件 | 第32页 |
| ·总 RNA 提取 | 第32-33页 |
| ·RNA 质量检测 | 第33-34页 |
| ·Small RNA 高通量测序 | 第34-37页 |
| ·Small RNA 文库制备与测序 | 第34-35页 |
| ·测序数据的质量控制 | 第35页 |
| ·参考序列比对及新 miRNA 的预测 | 第35页 |
| ·sRNA 分类注释统计 | 第35-36页 |
| ·miRNA 碱基编辑分析及家族分析 | 第36页 |
| ·miRNA 表达水平及 miRNA 差异分析 | 第36页 |
| ·miRNA 靶基因预测 | 第36页 |
| ·GO 和 KEGG 富集分析 | 第36-37页 |
| ·转录组高通量测序 | 第37-40页 |
| ·cDNA 文库制备与测序 | 第37-38页 |
| ·转录组测序原始数据质控 | 第38-39页 |
| ·测序 reads 比对与拼接 | 第39页 |
| ·转录本表达水平确定 | 第39页 |
| ·差异表达转录本、新转录本及可变剪切事件鉴定 | 第39-40页 |
| ·GO 及 KEGG 富集分析 | 第40页 |
| ·蛋白质相互作用分析 | 第40页 |
| ·差异表达 miRNA 与 mRNA 的整合分析 | 第40-41页 |
| ·差异表达 miRNA 与 mRNA 的定量验证 | 第41-45页 |
| ·差异表达 miRNA 定量验证 | 第41-43页 |
| ·差异表达 mRNA 定量验证 | 第43-44页 |
| ·定量验证 miRNA 与 mRNA 的关联分析 | 第44-45页 |
| ·统计分析 | 第45-46页 |
| 3 结果与分析 | 第46-100页 |
| ·总 RNA 质量检测 | 第46-47页 |
| ·Small RNA 测序分析 | 第47-68页 |
| ·测序数据质量及长度分布 | 第47-49页 |
| ·小 RNA 基因组定位及分类注释 | 第49-50页 |
| ·已知 miRNA 鉴定 | 第50-51页 |
| ·新 miRNA 预测 | 第51-54页 |
| ·非编码 RNA 分析 | 第54页 |
| ·miRNA 家族分析 | 第54-55页 |
| ·miRNA 差异表达分析 | 第55-61页 |
| ·miRNA 靶基因预测及富集分析 | 第61-65页 |
| ·差异表达 miRNA 的 qRT-PCR 验证 | 第65-68页 |
| ·转录组测序分析 | 第68-88页 |
| ·原始序列数据质量控制 | 第68-69页 |
| ·测序数据比对分析 | 第69-73页 |
| ·可变剪切分析 | 第73-74页 |
| ·转录组 SNP 分析 | 第74页 |
| ·转录本表达水平分析 | 第74-77页 |
| ·差异表达基因分析 | 第77-80页 |
| ·差异基因 GO 分析 | 第80-82页 |
| ·差异基因 KEGG 分析 | 第82-85页 |
| ·差异表达基因的蛋白互作网络分析 | 第85页 |
| ·差异表达基因的 qRT-PCR 验证 | 第85-88页 |
| ·新基因鉴定 | 第88-90页 |
| ·新基因鉴定及定位 | 第88-89页 |
| ·新基因 qRT-PCR 验证 | 第89-90页 |
| ·miRNA 与 mRNA 整合分析 | 第90-100页 |
| ·差异表达 miRNA 与基因比较分析 | 第91-92页 |
| ·靶基因 GO 富集分析 | 第92-93页 |
| ·靶基因 KEGG 富集分析 | 第93-95页 |
| ·miRNA-mRNA 调控网络分析 | 第95-98页 |
| ·qRT-PCR 验证 miRNA-mRNA 的相关性 | 第98-100页 |
| 4 讨论 | 第100-112页 |
| ·转录组与 RNA-seq 技术 | 第100-102页 |
| ·测序质量的控制与 RNA-seq 整体评估 | 第102-103页 |
| ·测序 reads 分析 | 第103-105页 |
| ·猪差异基因的表达模式分析 | 第105-107页 |
| ·可变剪切事件分析 | 第107-108页 |
| ·靶基因预测分析 | 第108-109页 |
| ·差异表达 miRNA 与靶基因的调控网络分析 | 第109-110页 |
| ·差异表达基因的蛋白互作网络分析 | 第110页 |
| ·新基因的预测 | 第110-112页 |
| 5 结论 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-129页 |
| 附录 | 第129-132页 |
| 致谢 | 第132-133页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第133页 |