| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-37页 |
| 1 细胞遗传学技术的发展 | 第16-27页 |
| ·核型和带型分析——经典细胞遗传学技术 | 第16-17页 |
| ·荧光原位杂交——分子细胞遗传学技术 | 第17-27页 |
| ·荧光原位杂交原理 | 第17-19页 |
| ·荧光原位杂交技术的发展 | 第19-24页 |
| ·探针类型 | 第19-22页 |
| ·靶DNA的分辨率不断提高 | 第22-23页 |
| ·标记技术的发展 | 第23-24页 |
| ·荧光原位杂交的应用 | 第24-27页 |
| ·基因物理定位 | 第24页 |
| ·染色体区分鉴定 | 第24-25页 |
| ·图谱构建与整合 | 第25-26页 |
| ·进化关系分析、亲缘关系分析和外源染色质鉴定 | 第26页 |
| ·临床诊断 | 第26-27页 |
| 2 细胞遗传图 | 第27-30页 |
| ·定义 | 第27-28页 |
| ·遗传图谱 | 第27页 |
| ·细胞学图 | 第27-28页 |
| ·细胞遗传图 | 第28页 |
| ·细胞遗传图的构建方法 | 第28-29页 |
| ·细胞遗传图的构建意义 | 第29-30页 |
| 3 双壳贝类分子细胞遗传学研究进展 | 第30-33页 |
| ·多拷贝基因的定位 | 第30-31页 |
| ·重复序列的定位 | 第31-32页 |
| ·单低拷贝序列定位 | 第32-33页 |
| 4 双壳贝类分子遗传学和基因组学研究进展 | 第33-37页 |
| ·分子标记筛选和分子遗传图谱研究进展 | 第33-34页 |
| ·基因组与功能基因组学研究进展 | 第34-37页 |
| 第二章 长牡蛎染色体鉴别及染色体图谱构建 | 第37-71页 |
| 第一节 长牡蛎BAC克隆的染色体定位 | 第37-59页 |
| 0 引言 | 第37-38页 |
| 1 材料与方法 | 第38-43页 |
| ·实验材料 | 第38页 |
| ·主要试剂 | 第38-39页 |
| ·主要仪器 | 第39页 |
| ·染色体制备 | 第39-40页 |
| ·探针制备 | 第40-41页 |
| ·BAC单克隆DNA提取 | 第40页 |
| ·BAC探针标记 | 第40页 |
| ·ITS1探针标记 | 第40-41页 |
| ·Cot-1 DNA制备 | 第41-42页 |
| ·荧光原位杂交 | 第42-43页 |
| ·变性及杂交 | 第42页 |
| ·杂交后洗脱及复染 | 第42-43页 |
| ·荧光信号检测 | 第43页 |
| ·顺序-荧光原位杂交和共杂交 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-54页 |
| ·制备的探针质量检验 | 第43-44页 |
| ·BAC克隆的染色体定位结果 | 第44-48页 |
| ·共杂交和顺序原位杂交分析结果 | 第48-49页 |
| ·长牡蛎染色体的命名 | 第49-54页 |
| 3 讨论 | 第54-59页 |
| ·利用BAC-FISH对长牡蛎染色体进行鉴别的可行性 | 第54-57页 |
| ·长牡蛎染色体特异性探针的应用展望 | 第57-59页 |
| ·在多倍体及非整倍体牡蛎中的应用展望 | 第57-58页 |
| ·在牡蛎比较基因组学的应用 | 第58页 |
| ·在图谱构建和整合中的应用展望 | 第58-59页 |
| 第二节 用于长牡蛎染色体鉴定的BAC克隆的序列特征分析 | 第59-71页 |
| 0 引言 | 第59页 |
| 1 材料和方法 | 第59-60页 |
| ·BAC克隆末端测序 | 第59-60页 |
| ·BAC序列分析 | 第60页 |
| ·长牡蛎基因的筛查 | 第60页 |
| ·微卫星的筛查 | 第60页 |
| ·BAC在长牡蛎基因组序列的定位 | 第60页 |
| 2 实验结果 | 第60-68页 |
| ·BAC末端测序结果 | 第60页 |
| ·BAC克隆中长牡蛎基因的分析结果 | 第60-65页 |
| ·BAC序列中微卫星的筛查结果 | 第65页 |
| ·BAC序列在长牡蛎基因组拼接版本v9的定位结果 | 第65-68页 |
| 3 讨论 | 第68-71页 |
| 第三章 长牡蛎染色体图谱与遗传连锁图谱的整合 | 第71-93页 |
| 0 引言 | 第71-72页 |
| 1 材料与方法 | 第72-74页 |
| ·实验材料 | 第72页 |
| ·主要试剂 | 第72页 |
| ·染色体制备 | 第72页 |
| ·SSR-BAC克隆的筛选 | 第72-73页 |
| ·连锁图及SSR标记的选择 | 第72-73页 |
| ·SSR标记在BAC文库中的PCR筛选 | 第73页 |
| ·探针制备 | 第73-74页 |
| ·Cot-1 DNA制备 | 第74页 |
| ·荧光原位杂交 | 第74页 |
| ·SSR标记在长牡蛎基因组序列的定位 | 第74页 |
| 2 实验结果 | 第74-88页 |
| ·SSR-BAC克隆在染色体的定位结果 | 第74-79页 |
| ·染色体图谱与遗传连锁图谱的整合结果 | 第79-87页 |
| ·SSR标记序列在长牡蛎基因组拼接版本v9的定位结果 | 第87-88页 |
| 3 讨论 | 第88-93页 |
| ·长牡蛎遗传图谱和染色体图谱的整合中的一些发现 | 第88-90页 |
| ·探针的选择及FISH分辨率对整合图谱的影响 | 第90-93页 |
| ·包含遗传标记的探针选择 | 第90-91页 |
| ·使用的靶DNA的分辨率 | 第91-93页 |
| 第四章 栉孔扇贝转录组测序及分析 | 第93-121页 |
| 0 引言 | 第93-95页 |
| 第一节 栉孔扇贝cDNA文库的构建及454测序分析 | 第95-112页 |
| 1 材料与方法 | 第95-101页 |
| ·栉孔扇贝材料的选取及总RNA的提取 | 第95页 |
| ·全长cDNA的制备 | 第95-97页 |
| ·反转录：cDNA一链合成 | 第95-96页 |
| ·扩增全长cDNA | 第96-97页 |
| ·全长cDNA的均一化处理 | 第97-98页 |
| ·测序cDNA文库的构建 | 第98-100页 |
| ·随机打断全长cDNA | 第98页 |
| ·cDNA片段的末端修复及连接接头 | 第98-99页 |
| 1) cDNA片段的末端修复 | 第98-99页 |
| 2) cDNA片段的接头连接 | 第99页 |
| ·cDNA片段PCR扩增 | 第99-100页 |
| 1) 接头连接效果的检测 | 第99-100页 |
| 2) cDNA片段扩增 | 第100页 |
| ·cDNA文库的测序及拼接 | 第100-101页 |
| ·序列的功能注释、分类和代谢途径分析 | 第101页 |
| 2 结果与讨论 | 第101-112页 |
| ·栉孔扇贝cDNA文库的测序和拼接 | 第101-103页 |
| ·拼接序列的功能注释 | 第103-108页 |
| ·栉孔扇贝重要经济性状相关的候选基因的筛查 | 第108-112页 |
| 第二节 栉孔扇贝和虾夷扇贝的比较转录组分析 | 第112-121页 |
| 1 方法 | 第112-113页 |
| ·序列拼接及功能注释 | 第112页 |
| ·同源序列的聚类和分析 | 第112页 |
| ·SNP及SSR的预测 | 第112-113页 |
| 2 结果与讨论 | 第113-121页 |
| ·两种扇贝测序和拼接结果比较 | 第113页 |
| ·两种扇贝功能注释的比较 | 第113-116页 |
| ·同源序列的比较 | 第116-118页 |
| ·SNP和SSR的分布特征比较 | 第118-121页 |
| 参考文献 | 第121-138页 |
| 附录1 | 第138-141页 |
| 附录2 | 第141-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
| 个人简历 | 第147-148页 |
| 学术成果 | 第148-149页 |
