| 中文摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-20页 |
| ·生物信息学概论 | 第9-11页 |
| ·国内外研究现状 | 第11-16页 |
| ·序列比对算法研究现状 | 第11-15页 |
| ·序列比对并行算法研究现状 | 第15-16页 |
| ·本课题主要研究内容 | 第16-18页 |
| ·本论文的结构安排 | 第18-20页 |
| 第二章 序列比对基础 | 第20-35页 |
| ·序列比对的相关概念 | 第20-22页 |
| ·空位罚分与相似性记分矩阵 | 第22-27页 |
| ·空位罚分 | 第22-25页 |
| ·替换矩阵 | 第25-27页 |
| ·目标函数 | 第27-30页 |
| ·背景介绍 | 第27页 |
| ·匹配百分比 | 第27-28页 |
| ·SP 目标函数 | 第28-30页 |
| ·CS 目标函数 | 第30页 |
| ·序列比对 | 第30-34页 |
| ·序列比对概述 | 第30-31页 |
| ·序列比对分类 | 第31-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 第三章 序列比对算法的研究 | 第35-49页 |
| ·序列比对问题描述 | 第35-37页 |
| ·双序列比对算法 | 第37-40页 |
| ·Smith-Waterman 算法 | 第37-38页 |
| ·FASTA 算法 | 第38-39页 |
| ·BLAST 算法 | 第39-40页 |
| ·多序列比对算法 | 第40-46页 |
| ·动态规划算法 | 第40-43页 |
| ·启发式算法 | 第43-45页 |
| ·随机搜索算法 | 第45-46页 |
| ·基于图论的方法 | 第46-47页 |
| ·小结 | 第47-49页 |
| 第四章 分式存储环境下DNA 多序列比对的并行算法 | 第49-82页 |
| ·图论方法简介 | 第49-51页 |
| ·基于de Bruijn 图的DNA 多序列比对算法可并行性分析 | 第51-54页 |
| ·PL_GAlign 比对算法的推导和描述 | 第54-70页 |
| ·构造de Bruijn 图 | 第55-59页 |
| ·消去de Bruijn 图中的环 | 第59-64页 |
| ·提取中心序列 | 第64-66页 |
| ·利用改进的星比对算法进行序列比对 | 第66-70页 |
| ·比对算法性能分析 | 第70-71页 |
| ·基于de Bruijn 图的局部DNA 多序列比对算法 | 第71-81页 |
| ·Smith-Waterman 算法及其扩展算法 | 第72-78页 |
| ·泊松估计 | 第78-79页 |
| ·算法描述 | 第79-81页 |
| ·算法分析 | 第81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 第五章 算法的实现平台与性能测试 | 第82-99页 |
| ·集群系统的构建 | 第82-88页 |
| ·PC 集群系统简介 | 第82-84页 |
| ·集群系统的硬件组成 | 第84-85页 |
| ·LINUX 操作系统 | 第85-86页 |
| ·MPI 消息传递接口 | 第86-88页 |
| ·GAlign 算法的实验结果及性能分析 | 第88-94页 |
| ·实验结果的序列分析 | 第89-90页 |
| ·实验结果的数据分析 | 第90-93页 |
| ·比对算法的先进性比较 | 第93-94页 |
| ·PL_GAlign 算法的实验结果分析 | 第94-96页 |
| ·局部PL_GAlign 算法的实验结果分析 | 第96-98页 |
| ·实验结果 | 第97-98页 |
| ·性能分析 | 第98页 |
| ·小结 | 第98-99页 |
| 第六章 结论与展望 | 第99-102页 |
| 参考文献 | 第102-111页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第111-112页 |
| 致谢 | 第112页 |
