| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-28页 |
| 第一节 人类免疫缺陷病毒概况 | 第12-16页 |
| ·人类免疫缺陷病毒的发现 | 第12-13页 |
| ·人类免疫缺陷病毒的起源 | 第13-14页 |
| ·HIV-1 的分类 | 第14-16页 |
| 第二节 HIV-1 在全球范围内的流行 | 第16-21页 |
| ·HIV-1 不同亚型在全球的组成分布 | 第17-18页 |
| ·HIV-1 不同亚型在全球的地域分布 | 第18-19页 |
| ·HIV-1 在中国的流行现状 | 第19-21页 |
| 第三节 HIV-1 subtype B/subtype B'的起源及流行传播 | 第21-26页 |
| ·HIV-1 subtype B 的起源及流行传播 | 第21-22页 |
| ·HIV-1 subtype B'在泰国的起源及流行传播 | 第22-23页 |
| ·HIV-1 subtype B'在缅甸的起源及流行传播 | 第23-24页 |
| ·HIV-1 subtype B'在中国的起源及流行传播 | 第24-25页 |
| ·HIV-1 subtype B'最新的研究进展 | 第25-26页 |
| 第四节 本研究的目的和意义 | 第26-28页 |
| ·本研究的目的 | 第26-27页 |
| ·本研究的前期基础 | 第27页 |
| ·本研究的意义 | 第27-28页 |
| 第二章 材料与方法 | 第28-56页 |
| 第一节 实验材料 | 第28-30页 |
| ·研究对象 | 第28页 |
| ·实验试剂 | 第28-29页 |
| ·实验仪器与设备 | 第29页 |
| ·使用软件和在线工具 | 第29-30页 |
| 第二节 实验方法 | 第30-56页 |
| ·血浆中病毒 RNA 的提取 | 第30-32页 |
| ·以血浆中病毒 RNA 为模板的 cDNA 的合成 | 第32-34页 |
| ·HIV-1 subtype B'近全长基因组(near full-length genome, NFLGs)扩增引物的设计 | 第34-41页 |
| ·获取近全长基因组序列 | 第41-46页 |
| ·近全长基因组重组分析 | 第46-47页 |
| ·参考序列的选择 | 第47-48页 |
| ·系统发育分析 | 第48-55页 |
| ·HIV-1 subtype B'基因特征分析 | 第55-56页 |
| 第三章 结果 | 第56-98页 |
| 第一节 中国 HIV-1 subtype B' NFLGs 扩增引物设计 | 第56-58页 |
| ·Nested flanking PCR 产物检测及纯化测序 | 第56-57页 |
| ·NFLGs 引物结合区序列与参考引物的比对 | 第57-58页 |
| 第二节 HIV-1 subtype B'近全长基因组序列获取 | 第58-63页 |
| ·HIV-1 subtype B'近全长基因组扩增及纯化结果 | 第58页 |
| ·血浆病毒载量与扩增成功率相关性 | 第58页 |
| ·近全长基因组序列的清理和拼接 | 第58-59页 |
| ·近全长基因组序列质量控制 | 第59-61页 |
| ·近全长基因组的重组分析 | 第61-62页 |
| ·新获得近全长基因组序列的时间、地域及感染方式分布 | 第62-63页 |
| 第三节 系统进化分析 | 第63-89页 |
| ·HIV-1 subtype B' 近全长基因组系统进化分析 | 第63-80页 |
| ·HIV-1 subtype B' 单个基因系统进化分析 | 第80-86页 |
| ·HIV-1 subtype B' pol基因片段系统进化分析 | 第86-89页 |
| 第四节 HIV-1 subtype B'现场流行学分析 | 第89-94页 |
| 第五节 HIV-1 subtype B'基因特征分析 | 第94-98页 |
| ·HIV-1 subtype B'特征性氨基酸位点分析 | 第94-97页 |
| ·HIV-1 subtype B'各基因复杂度分析 | 第97-98页 |
| 第四章 讨论 | 第98-107页 |
| 第一节 HIV-1 subtype B' 系统进化研究采用数据探讨 | 第98-99页 |
| 第二节 HIV-1 subtype B'系统进化树构建不同方法的选择探讨 | 第99-100页 |
| 第三节 Bootstrap 检验对系统进化树的意义 | 第100-101页 |
| 第四节 HIV-1 subtype B'CN*的定义 | 第101页 |
| 第五节 HIV-1 subtype B'近全长基因组与单基因进化分析比较 | 第101-103页 |
| 第六节 探讨贝叶斯因子(Bayes factor)对不同模型优劣的比较 | 第103-105页 |
| 第七节 HIV-1 subtype B'流行史的重建 | 第105-107页 |
| 第五章 结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-116页 |
| 致谢 | 第116-118页 |
| 个人简历 | 第118-119页 |
| 在学期间完成论文 | 第119-120页 |
