| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-34页 |
| 第一部分 脑膜炎奈瑟氏菌荚膜基因簇的破译及其血清群的多重 PCR检测 | 第34-225页 |
| 第一章 前言 | 第34-144页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第34-140页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的背景简介 | 第34-58页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的生物学性状 | 第34-35页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的传播途径 | 第35-37页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的分型方法 | 第37-41页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的致病性 | 第41-44页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌中重要血清群的流行病学 | 第44-50页 |
| ·对抗脑膜炎奈瑟氏菌的疫苗(Vaccine) | 第50-56页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的脂寡糖(LOS) | 第56-58页 |
| ·革兰氏阴性细菌的荚膜多糖的研究进展 | 第58-83页 |
| ·革兰氏阴性细菌表面的荚膜多糖 | 第58-63页 |
| ·革兰氏阴性细菌的表面荚膜类型的划分 | 第63-67页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的荚膜多糖及其基因簇的研究进展 | 第67-76页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的荚膜多糖的成分 | 第67-70页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的荚膜基因簇 | 第70-76页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的荚膜转换 | 第76-83页 |
| ·比较实用的致病性细菌的快速检测方法 | 第83-92页 |
| ·PCR 检测方法的应用 | 第84-86页 |
| ·多重 PCR 在检验中的优势 | 第86-87页 |
| ·生物芯片技术的应用 | 第87-92页 |
| ·全基因组测序方面的研究进展 | 第92-109页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的基因组测序情况 | 第95-97页 |
| ·奈瑟氏菌的比较基因组杂交 | 第97-103页 |
| ·致病性奈瑟氏菌的基因组和遗传差异性的比较 | 第103-105页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的转录组学 | 第105-109页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的遗传学识别方法 | 第109-140页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的遗传学分型（群）方法 | 第110-119页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的 PCR 分群方法 | 第111-118页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的多糖免疫色谱分群方法 | 第118-119页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的单基因识别方法 | 第119-129页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的多位点序列分型方法 (MLST) | 第129-136页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型 | 第136-139页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌的可变数量串联重复序列(VNTR)分型 | 第139-140页 |
| 第二节 本研究的意义、内容、目标和创新性 | 第140-144页 |
| ·本研究的意义 | 第140-142页 |
| ·本研究内容 | 第142页 |
| ·本实验研究目标 | 第142-143页 |
| ·创新性 | 第143-144页 |
| 第二章 材料与方法 | 第144-162页 |
| 第一节 实验材料 | 第144-148页 |
| ·菌株 | 第144-146页 |
| ·质粒 | 第146页 |
| ·本研究主要用到的软件和数据库 | 第146-147页 |
| ·主要酶与试剂 | 第147-148页 |
| ·实验仪器 | 第148页 |
| 第二节 实验方法 | 第148-162页 |
| ·利用鸟枪法构建基因簇文库 | 第148-153页 |
| ·细菌基因组 DNA 的提取 | 第148-149页 |
| ·荚膜基因簇的扩增及产物的纯化 | 第149-150页 |
| ·荚膜基因簇文库的构建 | 第150-152页 |
| ·质粒的提取 | 第152-153页 |
| ·荚膜基因簇全序列的获取 | 第153-154页 |
| ·对文库中的克隆进行测序 | 第153-154页 |
| ·核苷酸序列的拼接 | 第154页 |
| ·生物信息学分析 | 第154页 |
| ·绘制荚膜基因簇结构简图 | 第154页 |
| ·特异基因的筛选 | 第154-155页 |
| ·引物的设计和筛选 | 第155-159页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌种和血清群特异性的引物设计 | 第157页 |
| ·引物的筛选 | 第157-159页 |
| ·多重 PCR 体系的建立和优化 | 第159-160页 |
| ·多重 PCR 实验的特异性检验和双盲验证法 | 第160页 |
| ·多重 PCR 实验的灵敏度确定 | 第160-162页 |
| 第三章 结果与分析 | 第162-210页 |
| 第一节 脑膜炎奈瑟氏菌荚膜基因簇的序列分析和注释 | 第162-191页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜基因簇的鉴定 | 第162-172页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜荚膜多糖的结构 | 第162页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜簇序列分析 | 第162-172页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜荚膜多糖的合成基因 | 第166-168页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜荚膜多糖的转运基因 | 第168-169页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜荚膜多糖的细胞表面定位基因 | 第169-170页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 H 血清群的荚膜荚膜基因簇的其它基因 | 第170-172页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 I 血清群的荚膜基因簇的鉴定 | 第172-178页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 I 血清群的荚膜荚膜多糖的结构 | 第172-173页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 I 血清群的荚膜簇序列分析 | 第173-178页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 I 血清群的荚膜多糖的合成基因 | 第176-177页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 I 血清群的荚膜基因簇中的其它基因 | 第177-178页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 K 血清群的荚膜基因簇的鉴定 | 第178-183页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 K 血清群的荚膜荚膜多糖的结构 | 第178页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 K 血清群的荚膜簇序列分析 | 第178-179页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 K 血清群的荚膜簇总体基因排列状况 | 第179-183页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 L 血清群的荚膜基因簇的鉴定 | 第183-186页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 L 血清群的荚膜荚膜多糖的结构 | 第183页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 L 血清群的荚膜簇序列分析 | 第183-186页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 L 血清群的荚膜多糖的合成基因 | 第186页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 L 血清群的其它基因 | 第186页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 Z 血清群的荚膜基因簇的鉴定 | 第186-191页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 Z 血清群的荚膜荚膜多糖的结构 | 第186-187页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 Z 血清群的荚膜簇序列分析 | 第187-191页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 Z 血清群的荚膜多糖的合成基因 | 第191页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 Z 血清群的其它基因 | 第191页 |
| 第二节 脑膜炎奈瑟氏菌荚膜基因簇的整体分析 | 第191-202页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 B、C、D 和 E 区基因的特点 | 第191-192页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌 A 区基因的特点 | 第192页 |
| ·脑膜炎奈瑟氏菌荚膜基因簇的分组 | 第192-202页 |
| 第三节 基于荚膜基因簇的遗传分型 | 第202-208页 |
| ·特异基因的筛选 | 第202页 |
| ·筛选到的引物 | 第202-203页 |
| ·多重 PCR 反应的优化结果 | 第203-208页 |
| ·引物分组的结果 | 第203-204页 |
| ·引物浓度的优化结果 | 第204-206页 |
| ·优化了的多重 PCR 反应条件和体系 | 第206-208页 |
| 第四节 多重 PCR 系统性能的评价 | 第208-210页 |
| ·多重 PCR 反应的特异性实验 | 第208-209页 |
| ·多重 PCR 反应的双盲实验 | 第209页 |
| ·多重 PCR 反应的灵敏度的评价 | 第209-210页 |
| 第四章 讨论 | 第210-221页 |
| 第一节 从脑膜炎奈瑟氏菌荚膜基因簇的总体特征总结进化特点 | 第210-213页 |
| 第二节 多重 PCR 中 ctrA 和 porA 的共用 | 第213-215页 |
| 第三节 遗传学方法解决血清学上不可分群问题 | 第215-217页 |
| 第四节 改进多重 PCR 检测方法与灵敏度的提高 | 第217-219页 |
| 第五节 致病菌分子检测方法的优势 | 第219-221页 |
| 第五章 结论和展望 | 第221-225页 |
| 第一节 结论 | 第221-223页 |
| 第二节 展望 | 第223-225页 |
| 第二部分 大肠杆菌 O41 O 抗原结果的测定和基因簇的分析 | 第225-321页 |
| 第一章 前言 | 第225-293页 |
| 第一节 研究背景简介 | 第225-290页 |
| ·大肠杆菌的背景简介 | 第225-240页 |
| ·大肠杆菌的生物学性状 | 第225-227页 |
| ·大肠杆菌对人类的致病性 | 第227-236页 |
| ·大肠杆菌的引起的家禽和牲畜疾病 | 第236-239页 |
| ·大肠杆菌的模式生物地位 | 第239-240页 |
| ·革兰氏阴性菌 O 抗原的研究进展 | 第240-276页 |
| ·脂多糖 | 第242-253页 |
| ·脂多糖基本结构和化学组成[140] | 第244-249页 |
| ·脂多糖的生物学功能 | 第249-253页 |
| ·O 抗原基因簇的研究进展 | 第253-269页 |
| ·O 抗原的合成途径 | 第269-276页 |
| ·O 抗原多糖的研究 | 第276-287页 |
| ·多糖的研究状况和技术 | 第276-279页 |
| ·糖类药物和生物酶法的多糖合成 | 第279-283页 |
| ·糖是生物体里重要的功能分子 | 第283-287页 |
| ·研究 O 抗原多样性形成的意义 | 第287-290页 |
| 第二节 本研究的意义、内容、目标和创新性 | 第290-293页 |
| ·本研究的意义 | 第290-291页 |
| ·本研究内容 | 第291页 |
| ·本实验研究目标 | 第291页 |
| ·创新性 | 第291-293页 |
| 第二章 材料与方法 | 第293-299页 |
| 第一节 实验材料 | 第293-294页 |
| ·菌株 | 第293页 |
| ·质粒、软件和数据库等 | 第293页 |
| ·主要试剂以及实验仪器等 | 第293-294页 |
| 第二节 实验方法 | 第294-299页 |
| ·运用鸟枪法构建基因簇文库 | 第294-296页 |
| ·培养基及试剂配制 | 第294页 |
| ·DNA 的提取操作步骤 | 第294-295页 |
| ·O 抗原基因簇的扩增及产物的纯化 | 第295-296页 |
| ·O 抗原基因簇的文库的构建 | 第296页 |
| ·测序 pUC18 质粒的提取 | 第296页 |
| ·O 抗原基因簇全序列的获取 | 第296页 |
| ·O 抗原脂多糖的提取 | 第296-299页 |
| ·大肠杆菌 O41 单克隆的获取 | 第296-297页 |
| ·大肠杆菌 O41 大量脂多糖的提取 | 第297-298页 |
| ·大肠杆菌 O41 脂多糖的提取 | 第298页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的单糖分析 | 第298页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的 NMR 分析 | 第298-299页 |
| 第三章 结果与分析 | 第299-308页 |
| 第一节 大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇的序列分析和注释 | 第299-305页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的单糖合成酶基因 | 第302-303页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的糖基转移酶基因 | 第303页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的寡糖单位处理基因 | 第303-305页 |
| 第二节 大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇的多糖结构 | 第305-308页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的结构 | 第305页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的结构分析过程 | 第305-308页 |
| 第四章 讨论 | 第308-320页 |
| 第一节 从大肠杆菌 O 抗原基因簇的总体特征总结进化特点 | 第308-315页 |
| ·大肠杆菌的 O 抗原的结构多样性 | 第308-309页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇符合 O 抗原基因簇的总体特点 | 第309-310页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇符合的总体进化特点169 | 第310-312页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇与 O 抗原结构之间对应 | 第312-314页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原基因簇与其它基因簇之间相似性 | 第314-315页 |
| 第二节 大肠杆菌 O41 的 O 抗原多糖的特点 | 第315-320页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的结构是独有的 | 第315-316页 |
| ·大肠杆菌 O41 的 O 抗原的结构中发现罕见单糖 | 第316-320页 |
| 第五章 结论 | 第320-321页 |
| 参考文献 | 第321-358页 |
| 致谢 | 第358-360页 |
| 附录 | 第360-369页 |
| 个人简历及攻读博士期间发表的论文 | 第369-372页 |
