| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略语表 | 第11-13页 |
| 第一章 前言 | 第13-36页 |
| ·玉米丝黑穗病概述 | 第13-17页 |
| ·玉米丝黑穗病的危害 | 第13页 |
| ·玉米丝黑穗病的病原特征和发病症状 | 第13-14页 |
| ·丝黑穗病生理小种的分化 | 第14-15页 |
| ·玉米丝黑穗病的抗性鉴定 | 第15页 |
| ·玉米丝黑穗病的防治 | 第15-16页 |
| ·抗丝黑穗病QTL定位进展 | 第16页 |
| ·丝黑穗抗病机理研究进展 | 第16-17页 |
| ·植物抗病基因研究进展 | 第17-25页 |
| ·植病互作模型 | 第17-18页 |
| ·植物抗病基因的特征和分类 | 第18-21页 |
| ·NBS类抗病基因的功能和作用机制 | 第21-24页 |
| ·LRR的结构和功能 | 第22页 |
| ·NBS类基因的进化 | 第22-24页 |
| ·植物抗病基因的克隆方法 | 第24-25页 |
| ·玉米种质与遗传多样性 | 第25-27页 |
| ·关联分析与连锁不平衡 | 第27-35页 |
| ·连锁不平衡和遗传连锁 | 第28页 |
| ·连锁不平衡的度量 | 第28-29页 |
| ·影响植物中的连锁不平衡的因素 | 第29-30页 |
| ·关联分析的一般方法 | 第30-33页 |
| ·关联群体的构建 | 第30页 |
| ·群体结构和亲缘关系的评估 | 第30-32页 |
| ·表型的检测 | 第32页 |
| ·基因型测定 | 第32-33页 |
| ·表型与基因型的关联分析 | 第33页 |
| ·关联分析的研究进展 | 第33-34页 |
| ·关联分析的挑战 | 第34-35页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第35-36页 |
| 第二章 玉米全基因组NBS类型抗病基因分析 | 第36-49页 |
| ·材料和方法 | 第37-38页 |
| ·全基因组NBS类型抗病基因的鉴定 | 第37页 |
| ·NBS类型基因的分类 | 第37-38页 |
| ·NBS基因特殊结构域的预测和转座元件的预测 | 第38页 |
| ·NBS类型基因的染色体定位 | 第38页 |
| ·NBS类型基因系统进化树的构建 | 第38页 |
| ·NBS类型基因的表达 | 第38页 |
| ·结果与分析 | 第38-46页 |
| ·NBS类型候选基因的确定和分类 | 第38-39页 |
| ·N端结构分析 | 第39页 |
| ·NBS区域序列分析 | 第39-40页 |
| ·LRR和C末端结构分析 | 第40页 |
| ·NBS类型抗病基因的特殊结构 | 第40-41页 |
| ·NBS类型抗病基因中的转座元件 | 第41-42页 |
| ·NBS类型抗病基因的染色体物理定位 | 第42-43页 |
| ·NBS类型抗病基因的系统发生分析 | 第43-45页 |
| ·NBS类型基因与其它基因组的比较及进化分析 | 第45页 |
| ·玉米NBS类抗病基因的表达分析 | 第45-46页 |
| ·讨论 | 第46-49页 |
| 第三章 抗玉米丝黑穗病的全基因组关联分析 | 第49-77页 |
| ·材料与方法 | 第50-53页 |
| ·材料 | 第50页 |
| ·田间试验与性状调查 | 第50页 |
| ·田间种植 | 第50页 |
| ·病原菌接种 | 第50页 |
| ·丝黑穗病抗性鉴定 | 第50页 |
| ·SNP基因型鉴定 | 第50-52页 |
| ·遗传多样性分析 | 第52页 |
| ·群体结构分析 | 第52页 |
| ·遗传率的计算 | 第52-53页 |
| ·LD的计算 | 第53页 |
| ·基因注释 | 第53页 |
| ·亲缘关系(Kinship)的计算 | 第53页 |
| ·抗丝黑穗病性状和标记的关联分析 | 第53页 |
| ·候选区段关联分析 | 第53页 |
| ·结果与分析 | 第53-65页 |
| ·表型统计分析 | 第53-54页 |
| ·基因分型结果 | 第54-56页 |
| ·144个自交系的遗传组成及种质类群的划分 | 第56-61页 |
| ·LD的分布 | 第61-62页 |
| ·亲缘关系的评估 | 第62页 |
| ·关联分析 | 第62-65页 |
| ·关联分析模型的选取 | 第62-63页 |
| ·关联分析所揭示的候选基因 | 第63页 |
| ·候选基因的关联分析 | 第63-65页 |
| ·讨论 | 第65-77页 |
| ·玉米抗丝黑穗病的抗性筛选 | 第65-66页 |
| ·玉米抗丝黑穗病抗性的鉴定 | 第65-66页 |
| ·玉米丝黑穗病抗源的鉴定 | 第66页 |
| ·SNP芯片在遗传多样性分析中应用 | 第66-67页 |
| ·SNP标记与玉米杂种优势群的划分 | 第67-68页 |
| ·比较SSR和SNP标记在遗传多样性和遗传分析中的应用 | 第68页 |
| ·稀有等位基因 | 第68-69页 |
| ·玉米染色体上的LD的分布 | 第69-70页 |
| ·关联SNP标记与已知玉米抗丝黑穗病抗性QTL比较分析 | 第70页 |
| ·关联分析所揭示的抗病复杂性 | 第70-73页 |
| ·关联分析所揭示的复杂抗病网络 | 第73-75页 |
| ·候选区段基因关联分析 | 第75页 |
| ·关联分析的阈值选取 | 第75页 |
| ·育种的应用 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-97页 |
| 附录 | 第97-102页 |
| 致谢 | 第102页 |