| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| ·DNA 甲基化及其功能特征 | 第12-13页 |
| ·DNA 甲基化异常在癌症发生发展过程中的作用 | 第13-16页 |
| ·DNA 整体低甲基化和癌症的关系 | 第13-14页 |
| ·启动子高甲基化在癌症发生过程中的作用 | 第14-15页 |
| ·启动子低甲基化和癌症的关系 | 第15页 |
| ·癌症的“驱动”基因和研究现状 | 第15-16页 |
| ·基因组甲基化芯片及相关数据库的介绍 | 第16-19页 |
| ·基因组甲基化芯片 | 第16-17页 |
| ·GEO 与 TCGA 数据库 | 第17-18页 |
| ·Gene Ontology（GO）和 KEGG 数据库 | 第18-19页 |
| ·癌基因和 F‐census 数据库 | 第19页 |
| ·论文的研究目的和意义 | 第19-21页 |
| ·本论文各部分的主要内容 | 第21-22页 |
| 第二章 癌组织中启动子甲基化异常基因的功能模式 | 第22-43页 |
| ·引言 | 第22-23页 |
| ·材料与方法 | 第23-26页 |
| ·癌症启动子甲基化和细胞因子数据 | 第23-25页 |
| ·差异甲基化位点的判定 | 第25页 |
| ·功能富集和功能一致性评价方法 | 第25-26页 |
| ·结果 | 第26-36页 |
| ·基因启动子区域在癌症中存在广泛的高、低甲基化异常 | 第26-27页 |
| ·基因启动子高、低甲基化基因在不同癌型中的功能一致性分析 | 第27-32页 |
| ·高甲基化基因特异的功能和低甲基化基因特异的功能 | 第32-36页 |
| ·讨论 | 第36-42页 |
| ·本章小结 | 第42-43页 |
| 第三章 整合基因启动子甲基化谱和表达谱分析筛选癌症“驱动”基因 | 第43-59页 |
| ·引言 | 第43-44页 |
| ·材料与方法 | 第44-48页 |
| ·启动子甲基化和基因表达数据 | 第44-45页 |
| ·蛋白质互作数据 | 第45-46页 |
| ·每个癌样本甲基化谱的离散化 | 第46页 |
| ·确定癌症的“驱动”甲基化改变和“驱动”基因的方法 | 第46-48页 |
| ·结果 | 第48-55页 |
| ·确定乳腺癌“驱动”基因 | 第48-50页 |
| ·乳腺癌“驱动”基因的验证 | 第50-52页 |
| ·乳腺癌亚型特异的“驱动”甲基化改变 | 第52-55页 |
| ·讨论 | 第55-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第四章 利用癌症‐正常配对样本的启动子甲基化和表达谱数据筛选癌症“驱动”基因 | 第59-68页 |
| ·引言 | 第59-60页 |
| ·材料和方法 | 第60-64页 |
| ·乳腺癌配对样本的启动子甲基化和表达数据 | 第60-61页 |
| ·癌基因和蛋白质互作数据 | 第61页 |
| ·每组配对样本中癌样本的甲基化谱的离散化 | 第61-62页 |
| ·确定配对样本“驱动”基因的方法 | 第62-64页 |
| ·结果 | 第64-66页 |
| ·确定乳腺癌“驱动”甲基化改变和“驱动”基因 | 第64页 |
| ·乳腺癌“驱动”基因的验证 | 第64-66页 |
| ·讨论 | 第66-67页 |
| ·本章小结 | 第67-68页 |
| 第五章 结论与展望 | 第68-71页 |
| ·总结 | 第68-70页 |
| ·展望 | 第70-71页 |
| 附录一 本论文常用的统计检验方法概述 | 第71-72页 |
| 附录二 | 第72-94页 |
| 附表 1 五种不同的癌型一致高甲基化的功能 | 第72-76页 |
| 附表 2 五种不同的癌型一致低甲基化的功能 | 第76-78页 |
| 附表 3 高甲基化特异的功能 | 第78-80页 |
| 附表 4 低甲基化特异的功能 | 第80-81页 |
| 附表 5 数据 BRE100 预测出的 249 个“驱动”甲基化改变 | 第81-87页 |
| 附表 6 数据 BRE95 预测出的 205 个“驱动”甲基化改变 | 第87-92页 |
| 附表 7 数据 BRE60 预测出的 62 个“驱动”甲基化改变 | 第92-94页 |
| 致谢 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-105页 |
| 攻读博士学位期间研究成果 | 第105-107页 |
| 攻读博士学位期间参加课题工作 | 第107-108页 |
