基于几何学的基因序列比对系统的研究
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 1 绪论 | 第11-19页 |
| ·研究背景 | 第11-13页 |
| ·生物信息学 | 第11-12页 |
| ·生物信息学所研究的内容 | 第12页 |
| ·生物大分子序列数据库 | 第12-13页 |
| ·基因序列研究的方法 | 第13-14页 |
| ·几何学与亲缘关系 | 第14-15页 |
| ·国内外序列比较查询平台 | 第15-16页 |
| ·论文研究内容及其意义 | 第16-17页 |
| ·文章的组织结构 | 第17-19页 |
| 2 序列比对与亲缘关系 | 第19-31页 |
| ·物种之间的亲缘关系 | 第19-20页 |
| ·经典的序列比对算法 | 第20-27页 |
| ·序列比对的问题描述 | 第20-21页 |
| ·双序列比对算法 | 第21-25页 |
| ·FASTA和BLAST算法 | 第25-26页 |
| ·多序列比对算法 | 第26-27页 |
| ·图形方法在序列比对中的应用 | 第27-29页 |
| ·直观图形编码法 | 第27-28页 |
| ·序列曲线映射法 | 第28-29页 |
| ·本文搜索策略与比对算法 | 第29-31页 |
| 3 系统分析与设计 | 第31-43页 |
| ·系统的需求分析 | 第31-32页 |
| ·GenBank数据库的查询系统 | 第31页 |
| ·系统的用户需求 | 第31-32页 |
| ·系统整体设计 | 第32-36页 |
| ·系统的体系结构 | 第32-33页 |
| ·系统的设计原则 | 第33-34页 |
| ·系统可实现的功能 | 第34页 |
| ·系统的功能模块图 | 第34-36页 |
| ·客户端详细设计 | 第36-39页 |
| ·算法服务详细设计 | 第39-41页 |
| ·单序列分析服务 | 第40页 |
| ·双序列比对服务 | 第40-41页 |
| ·数据库搜索服务 | 第41页 |
| ·数据库设计 | 第41-43页 |
| 4 系统实现与应用界面 | 第43-53页 |
| ·开发技术及软硬件环境 | 第43-44页 |
| ·系统开发环境 | 第43页 |
| ·系统软硬件环境 | 第43页 |
| ·服务器环境 | 第43-44页 |
| ·客户端界面实现 | 第44-47页 |
| ·算法服务与数据库实现 | 第47-53页 |
| ·用户相关表 | 第47页 |
| ·序列文件相关表 | 第47-48页 |
| ·检索索引表 | 第48-50页 |
| ·数据库管理实现 | 第50页 |
| ·算法服务层实现 | 第50-53页 |
| 5 基于Z曲线的序列相似比对算法与数据库检索比对 | 第53-67页 |
| ·Z曲线及其性质 | 第53-55页 |
| ·Z曲线的定义 | 第53-55页 |
| ·Z曲线点集的性质 | 第55页 |
| ·曲线相似理论 | 第55-59页 |
| ·Fr'echet距离在Z曲线中的应用 | 第56-58页 |
| ·基于Z曲线相似比较的算法设计 | 第58-59页 |
| ·比对实验分析 | 第59-65页 |
| ·实验数据来源 | 第59-61页 |
| ·10种UBE2b表达基因的字符序列比对分析 | 第61-62页 |
| ·10种UBE2b表达基因的Z曲线比对分析 | 第62-65页 |
| ·实验小结 | 第65页 |
| ·数据库比对检索策略 | 第65-66页 |
| ·本章小结 | 第66-67页 |
| 6 总结和展望 | 第67-69页 |
| ·本文总结 | 第67-68页 |
| ·展望 | 第68-69页 |
| 参考文献 | 第69-73页 |
| 致谢 | 第73-75页 |
| 攻读硕士学位期间参与科研工作及发表的论文 | 第75-77页 |
