| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-19页 |
| ·小RNA | 第11-14页 |
| ·高通量测序 | 第14-17页 |
| ·数据库 | 第17-19页 |
| 第2章 NOVEL PRE-MICORRNA预测工具 | 第19-41页 |
| ·引言 | 第19-21页 |
| ·材料和方法 | 第21-32页 |
| ·数据来源 | 第21-22页 |
| ·生物特征量 | 第22-24页 |
| ·算法 | 第24-26页 |
| ·预测性能的评估参数 | 第26页 |
| ·RNA抽提及Solexa测序 | 第26-27页 |
| ·实验验证得分最高的novel pre-miRNA | 第27-32页 |
| ·结果和讨论 | 第32-41页 |
| ·miRD在预测multi-stem结构pre-miRNA时的性能 | 第32-33页 |
| ·miRD在预测single-stem结构pre-miRNA时的性能 | 第33-35页 |
| ·与同类预测模型的性能比较 | 第35-36页 |
| ·使用miRD预测得到16条在人胚胎卵巢中表达的novel miRNA并通过实验证实其真实存在 | 第36-40页 |
| ·网站搭建 | 第40-41页 |
| 第3章 SMALL RNA SEQUENCING数据分析平台及应用 | 第41-73页 |
| ·引言 | 第41-44页 |
| ·材料和方法 | 第44-53页 |
| ·数据来源 | 第44-45页 |
| ·miRNA modification的筛选 | 第45-46页 |
| ·GO和pathway分析 | 第46-48页 |
| ·网站搭建 | 第48页 |
| ·实验验证CPSS分析结果 | 第48-53页 |
| ·平台搭建及分析流程 | 第53-62页 |
| ·数据输入 | 第55-56页 |
| ·高级参数设定 | 第56页 |
| ·检测和定量miRNA、piRNA以及其他类型的非编码RNA | 第56-57页 |
| ·鉴定miRNA modification和editing | 第57-58页 |
| ·鉴定差异表达的miRNA、piRNA和其他small RNA | 第58-59页 |
| ·预测novel miRNA | 第59页 |
| ·预测miRNA靶基因 | 第59-60页 |
| ·miRNA靶基因的GO分析 | 第60页 |
| ·miRNA靶基因的pathway分析 | 第60-61页 |
| ·miRNA靶基因的蛋白相互作用分析 | 第61页 |
| ·数据输出 | 第61-62页 |
| ·分析案例 | 第62-71页 |
| ·讨论和展望 | 第71-73页 |
| 第4章 卵泡发生功能蛋白数据库 | 第73-95页 |
| ·引言 | 第73-75页 |
| ·数据库的构建与内容 | 第75-80页 |
| ·数据收集 | 第75-77页 |
| ·数据注释 | 第77-78页 |
| ·用户操作界面及搜索功能 | 第78-79页 |
| ·结果页面 | 第79-80页 |
| ·帮助和反馈页面 | 第80页 |
| ·数据库使用实例 | 第80-85页 |
| ·讨论和展望 | 第85-95页 |
| 第5章 精子发生功能蛋白数据库 | 第95-117页 |
| ·引言 | 第95-99页 |
| ·数据库搭建 | 第99-107页 |
| ·数据来源 | 第100-103页 |
| ·算法 | 第103-104页 |
| ·性能评价标准 | 第104-106页 |
| ·基因的注释 | 第106-107页 |
| ·在线服务器的构建 | 第107页 |
| ·数据库的使用 | 第107-112页 |
| ·用户界面——简单搜索和高级搜索 | 第107-110页 |
| ·用户界面——预测、反馈和说明文档 | 第110-112页 |
| ·结果和讨论 | 第112-117页 |
| 参考文献 | 第117-137页 |
| 附录1 附表 | 第137-150页 |
| 附录2 参加会议情况 | 第150-151页 |
| 附录3 中英文对照表 | 第151-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的成果 | 第155-156页 |
