| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-11页 |
| 第1章 引言 | 第11-37页 |
| ·植物病原细菌与黄单胞菌 | 第11-12页 |
| ·植物病原菌致病因子研究进展 | 第12-22页 |
| ·非寄主特异性致病相关因子 | 第12-17页 |
| ·胞外多糖 | 第12-13页 |
| ·胞外酶 | 第13-14页 |
| ·脂多糖 | 第14-15页 |
| ·黄色素 | 第15页 |
| ·鞭毛和纤毛运动相关蛋白 | 第15-16页 |
| ·生物膜 | 第16页 |
| ·群体感应系统相关因子 | 第16-17页 |
| ·寄主特异性致病相关因子 | 第17-22页 |
| ·细菌 Ⅲ 型分泌系统和效应因子 | 第18-20页 |
| ·TTSS 的调控 | 第20页 |
| ·Xanthomonas TTSS 和效应蛋白 | 第20-22页 |
| ·植物病原菌的调控 | 第22-35页 |
| ·双组分信号转导系统 | 第22-25页 |
| ·TCSTS 的结构特征和功能 | 第22-23页 |
| ·Xcc 的 TCSTS | 第23-25页 |
| ·RpfC/RpfG | 第23-24页 |
| ·HrpG | 第24-25页 |
| ·C-di-GMP 参与的信号转导 | 第25-28页 |
| ·C-di-GMP 传递的信号和功能 | 第25页 |
| ·C-di-GMP 信号网络 | 第25-28页 |
| ·PAS 结构域 | 第28-35页 |
| ·PAS 的发现 | 第28页 |
| ·PAS 的定义 | 第28-29页 |
| ·PAS 结构域超级家族 | 第29-30页 |
| ·双组分系统的输入模块 | 第30页 |
| ·PAS 感应的信号 | 第30-35页 |
| ·光受体或光信号蛋白 | 第30-31页 |
| ·电势 | 第31-32页 |
| ·氧 | 第32-34页 |
| ·能量代谢 | 第34-35页 |
| ·蛋白-蛋白相互作用的结构域 | 第35页 |
| ·博士论文选题的目的和意义 | 第35-37页 |
| 第2章 实验材料与基本方法 | 第37-57页 |
| ·实验材料 | 第37-44页 |
| ·培养基 | 第37页 |
| ·菌株、引物和质粒 | 第37-44页 |
| ·基本实验方法 | 第44-57页 |
| ·质粒的小量制备 | 第44页 |
| ·Xcc 基因组 DNA 的制备 | 第44-46页 |
| ·Xcc 的转化 | 第46-48页 |
| ·Xcc 的三亲接合转化 | 第46-47页 |
| ·Xcc 的电击转化 | 第47-48页 |
| ·大肠杆菌 DH5α的电击转化 | 第48-49页 |
| ·Xcc 突变体的构建 | 第49-50页 |
| ·In-frame deletion 基因敲除 | 第49页 |
| ·Insertional deletion 基因敲除 | 第49-50页 |
| ·蛋白质的表达和纯化 | 第50-53页 |
| ·表达载体的构建 | 第50-51页 |
| ·外源蛋白在大肠杆菌中的表达 | 第51页 |
| ·优化可融表达条件 | 第51页 |
| ·蛋白质分离和纯化 | 第51-52页 |
| ·点突变表达载体构建 | 第52-53页 |
| ·DGC 酶促反应 | 第53页 |
| ·HPLC 分析酶促反应产物 | 第53页 |
| ·Xcc 游动性检测 | 第53-54页 |
| ·胞外酶活性检测 | 第54-56页 |
| ·木聚糖酶活性检测 | 第54页 |
| ·蛋白酶活性检测 | 第54-55页 |
| ·纤维素酶活性检测 | 第55页 |
| ·淀粉酶活性检测 | 第55-56页 |
| ·Xcc 生物膜检测 | 第56页 |
| ·Xcc 致病性检测 | 第56-57页 |
| 第3章 野油菜黄单胞菌 PAS 结构域蛋白的生物信息学分析 | 第57-73页 |
| ·研究方案设计 | 第57-58页 |
| ·结果与分析 | 第58-71页 |
| ·PAS 结构域蛋白序列获取 | 第58-62页 |
| ·Xcc 中 PAS 结构域 | 第58-61页 |
| ·已知功能的 PAS 结构域 | 第61-62页 |
| ·Xcc 中 PAS 结构域二级结构的预测 | 第62-65页 |
| ·Jpred3.0 预测分析 | 第62-63页 |
| ·PSIPRED 预测分析 | 第63页 |
| ·I-TASSERserver 预测分析 | 第63-65页 |
| ·基于 PAS 结构域二级结构的聚类分析 | 第65-71页 |
| ·已知的 16 个 PAS 结构域的聚类分析 | 第65-66页 |
| ·已知的 16 个 PAS 结构域的进化分析 | 第66-67页 |
| ·Xcc 和 16 个已知的 PAS 结构域的聚类分析 | 第67-68页 |
| ·已知结构 PAS 结构域的三维结构比对分析 | 第68-71页 |
| ·讨论 | 第71-73页 |
| 第4章 PAS 结构域蛋白在野油菜黄单胞菌光适应中的作用 | 第73-87页 |
| ·引言 | 第73-74页 |
| ·结果与分析 | 第74-83页 |
| ·光条件下 PAS 结构域蛋白对 Xcc 生长的影响 | 第74-78页 |
| ·红光 | 第75页 |
| ·远红光 | 第75-76页 |
| ·蓝光 | 第76-77页 |
| ·白光 | 第77-78页 |
| ·光条件下 PAS 结构域蛋白对 Xcc 游动性的影响 | 第78页 |
| ·光条件下 PAS 结构域蛋白对 Xcc 致病力的影响 | 第78-80页 |
| ·梯度光强确定 | 第78-79页 |
| ·光强影响 Xcc 细菌致病性 | 第79-80页 |
| ·不同氧条件下 PAS 结构域蛋白对 Xcc 游动性的影响 | 第80-81页 |
| ·PAS 结构域蛋白对 Xcc 生物膜形成的影响 | 第81-82页 |
| ·PAS 结构域蛋白对羧甲基纤维素酶的影响 | 第82-83页 |
| ·讨论 | 第83-87页 |
| 第5章 PAS 结构域蛋白 XC_3829 的生理生化功能分析 | 第87-101页 |
| ·引言 | 第87页 |
| ·结果与分析 | 第87-99页 |
| ·XC_3829 蛋白表达 | 第87-89页 |
| ·XC_3829 蛋白结构特征 | 第88-89页 |
| ·XC_3829 蛋白的分段表达 | 第89页 |
| ·不同光强下 XC_3829 全长蛋白的 DGC 活性实验 | 第89-92页 |
| ·蓝光改变 XC_3829 全长蛋白的 DGC 酶活 | 第90页 |
| ·红光抑制 DGC 酶活 | 第90-91页 |
| ·远红光抑制 DGC 酶活 | 第91页 |
| ·白光下的 DGC 酶活变化 | 第91-92页 |
| ·FMN 是 XC_3829 全长蛋白 DGC 活性的必需因子 | 第92-94页 |
| ·FMN 显著促进 XC_3829 全长蛋白的 DGC 酶活 | 第92-93页 |
| ·XC_3829 的 Fragment3 片段与 FMN 存在互作 | 第93-94页 |
| ·光对 XC_3829 分段蛋白 DGC 活性的影响 | 第94-96页 |
| ·光对 XC_3829 GGDEF 结构域的 DGC 酶活没有影响 | 第94-95页 |
| ·光抑制 XC_3829 Fragment2 片段的 DGC 酶活 | 第95页 |
| ·光激活 XC_3829 全长蛋白的 DGC 酶活 | 第95-96页 |
| ·XC_3829 的活性位点 | 第96-97页 |
| ·生物信息学方法分析保守位点 | 第96-97页 |
| ·XC_3829 的 L76 和 N198 活性位点确证 | 第97页 |
| ·光通过 XC_3829 对 Xcc 致病性的调控 | 第97-99页 |
| ·讨论 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-119页 |
| 致谢 | 第119-121页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第121页 |
