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耐热木聚糖酶的体外分子进化及其生物信息学分析

摘要第1-11页
Abstract第11-12页
1、文献综述第12-23页
   ·木聚糖酶的分类第12页
   ·木聚糖酶的特性第12-13页
     ·木聚糖酶的诱导性第12-13页
     ·木聚糖酶的耐热性第13页
     ·木聚糖酶的耐酸碱性第13页
   ·耐热木聚糖酶第13-22页
     ·耐热木聚糖酶的来源第13-14页
     ·耐热木聚糖酶的结构域第14页
     ·耐热木聚糖酶的耐热分子机理第14-16页
       ·热稳定区(Thermostabilizing domain,TSD)第15页
       ·盐桥(Salt bridge)第15页
       ·二硫键(Disulfide brige)第15页
       ·各种氨基酸的含量第15-16页
     ·耐热木聚糖酶的生产第16-17页
       ·菌种第16页
       ·耐热木聚糖酶的基因工程研究第16-17页
     ·耐热木聚糖酶的体外分子进化第17-21页
       ·易错PCR(Error-prone PCR)第18页
       ·DNA shuffling第18页
       ·Family shuffling第18-19页
       ·交错延伸重组(STEP: Stagger extension process)第19页
       ·随机引物体外重组(RPR :Random-priming in vitro recombination)第19页
       ·临时模板随机嵌合生长( Random chimeragenesis on transient)第19页
       ·酶分子定向进化的筛选策略第19-20页
       ·酶分子定向进化技术的应用第20-21页
     ·耐热木聚糖酶的应用第21-22页
       ·造纸工业第21页
       ·食品工业第21页
       ·饲料加工第21页
       ·环境保护第21-22页
   ·本研究的目的意义第22-23页
2、木聚糖酶基因的克隆及生物信息学分析第23-50页
   ·材料第23-26页
     ·菌株与质粒第23-24页
     ·试剂与仪器第24-25页
     ·培养基第25-26页
   ·实验方法第26-34页
     ·木聚糖酶DNA 的原核表达第26-29页
       ·基因组DNA 提取第26页
       ·PCR 扩增木聚糖酶基因第26-27页
       ·原核表达载体的构建第27页
       ·感受态细胞的制备第27页
       ·大肠杆菌的转化第27页
       ·重组质粒的筛选、检测第27-28页
       ·蛋白质的诱导生成第28页
       ·重组蛋白Xyn-1 的纯化第28页
       ·SDS-PAGE 及酶活测定第28-29页
     ·木聚糖酶DNA 的真核表达第29-31页
       ·PCR 扩增木聚糖酶基因第29页
       ·真核表达载体的构建第29页
       ·大肠杆菌的转化,重组质粒的筛选、检测第29-30页
       ·酵母感受态细胞的制备第30页
       ·重组质粒pPIC9K-xynD 的转化及筛选第30页
       ·酵母基因组的提取第30-31页
       ·重组木聚糖酶Xyn-2 的诱导及酶活测定第31页
     ·木聚糖酶内含子的确定第31-33页
       ·总RNA 的提取第31-32页
       ·DNaseI 处理去除黑曲霉A. niger C3486 基因组DNA第32页
       ·第一链cDNA 反转录合成第32-33页
       ·PCR 扩增木聚糖酶基因第33页
       ·真核表达载体构建、转化和重组蛋白Xyn-3 的纯化及酶活测定第33页
     ·木聚糖酶的生物信息学分析第33-34页
   ·实验结果与分析第34-47页
     ·黑曲霉A.niger C3486 基因组的分离第34页
     ·原核表达载体的构建第34-38页
       ·PCR 扩增及克隆第35-37页
       ·融合蛋白在大肠杆菌中的高效表达第37页
       ·Xyn-1 的酶活测定第37-38页
     ·真核表达载体的构建第38-41页
       ·PCR 扩增及克隆第38-40页
       ·阳性酵母转化子的验证及Xyn-2 的酶活测定第40-41页
     ·木聚糖酶内含子的确定第41-44页
       ·黑曲霉总RNA 的提取第41页
       ·表达载体pET28a-xynC 的构建第41-42页
       ·PCR 扩增及克隆第42-43页
       ·Xyn-3 的酶活测定第43页
       ·XynD 与XynC 的测序结果的比对与分析第43-44页
     ·木聚糖酶的生物信息学分析第44-47页
   ·讨论第47-50页
     ·融合蛋白在大肠杆菌中的高效表达第47页
     ·融合蛋白Xyn-1 的酶活测定第47-48页
     ·木聚糖酶的真核表达第48-49页
     ·XynD 与XynC 的序列差异第49-50页
3、木聚糖酶基因的体外分子进化第50-74页
   ·材料第50-51页
     ·菌株与质粒第50页
     ·培养基及试剂第50-51页
   ·实验方法第51-57页
     ·目的基因的PCR 扩增第51-52页
     ·以Error prone PCR 获得突变基因文库第52页
     ·DNA shuffling第52-54页
       ·亲本基因的片段化第52-53页
       ·片段组装(无外加引物)第53页
       ·全长基因的扩增(有外加引物)第53-54页
       ·超级感受态细胞的制备第54页
     ·突变文库的构建和筛选第54页
     ·木聚糖酶及其突变体的蛋白诱导及检测第54-55页
     ·木聚糖酶耐热突变体的耐热性研究第55页
     ·木糖标准曲线第55-56页
     ·蛋白质含量的测定第56页
     ·木聚糖酶的酶活性及酶动力学常数测定第56-57页
   ·实验结果与分析第57-70页
     ·突变载体的构建第57-58页
     ·目的片段的PCR 扩增第58-59页
     ·Error prone PCR 获得突变基因文库第59-60页
     ·DNA shuffling第60-62页
     ·突变文库的构建和筛选第62-63页
     ·木聚糖酶耐热突变体的诱导表达第63页
     ·木聚糖酶耐热突变体的酶活测定第63-64页
     ·木聚糖酶耐热突变体的耐热性研究第64-66页
     ·木糖标准曲线的制作第66页
     ·蛋白标准曲线的制作第66页
     ·木聚糖酶XynT 及其耐热突变体的酶活性及K_m、K_(cat)、V_(max) 的比较第66-70页
   ·讨论第70-74页
     ·木聚糖酶的体外分子进化第70-71页
     ·木聚糖酶突变体酶的筛选第71-72页
     ·木聚糖酶XynT、XynA 及其突体的酶活性及相关参数的比较第72-73页
     ·木聚糖酶突变体XynJ2第73-74页
4、总结与展望第74-76页
   ·结论第74页
   ·展望第74-76页
参考文献第76-80页
附录:溶液及试剂第80-82页
致谢第82页

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