植物LTR反转录转座子的预测和注释及邻聚法构建系统进化树研究
| 摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 目录 | 第11-17页 |
| 第一章 植物基因组中的转座元件 | 第17-31页 |
| ·基因组中可转座元件概述 | 第17-22页 |
| ·可转座元件的分类 | 第18-22页 |
| ·反转录转座子 | 第22-26页 |
| ·基因组LTR反转录转座子的预测和分析 | 第26-31页 |
| ·LTR反转录转座子的预测 | 第26-28页 |
| ·基因组LTR反转录转座子的预测和注释流程 | 第28-31页 |
| 第二章 葡萄基因组中的LTR反转录转座子研究 | 第31-75页 |
| ·研究背景和数据 | 第31-33页 |
| ·葡萄基因组中LTR反转录转座子预测和分类 | 第33-37页 |
| ·LTR反转录转座子的预测和分类 | 第33-34页 |
| ·LTR反转录转座子边界校整 | 第34-37页 |
| ·葡萄基因组中LTR反转录转座子概况 | 第37-57页 |
| ·PBS结构情况 | 第48-49页 |
| ·Gypsy超家族 | 第49-51页 |
| ·Copia超家族 | 第51-52页 |
| ·LARD和TRIM | 第52页 |
| ·葡萄LTR反转录转座子的系统发生分类关系 | 第52-57页 |
| ·葡萄LTR反转录转座子与其他物种间的比较 | 第57-65页 |
| ·LTR反转录转座子的选择压力 | 第65-68页 |
| ·LTR反转录转座子的活动历史 | 第68-75页 |
| 第三章 系统发育树构建 | 第75-79页 |
| ·距离法构建系统发育树 | 第75-77页 |
| ·最大简约法构建系统发育树 | 第77-78页 |
| ·最大似然法 | 第78-79页 |
| 第四章 算法及实现 | 第79-101页 |
| ·算法的起源和简单介绍 | 第79-81页 |
| ·算法描述 | 第81-83页 |
| ·枝长估计 | 第83-92页 |
| ·单个序列和含多个序列的网络聚合 | 第84-87页 |
| ·两个含多个序列的网络聚合 | 第87-92页 |
| ·拓扑结构的选择 | 第92-94页 |
| ·根据系统发育树总枝长选择 | 第92-93页 |
| ·根据方差选择 | 第93-94页 |
| ·利用邻聚法构建一棵可加树实例 | 第94-101页 |
| 第五章 算法的应用与比较 | 第101-109页 |
| ·比较无根树的距离 | 第101-103页 |
| ·拓扑距离 | 第101-103页 |
| ·枝长估计偏差 | 第103页 |
| ·计算机模拟 | 第103-104页 |
| ·正确构建系统进化树的效率 | 第104-109页 |
| 第六章 构建系统发育树方法的应用与比较 | 第109-125页 |
| ·组分矢量方法构建物种间的距离矩阵 | 第109-110页 |
| ·细菌、古菌系统发育树的构建与比较 | 第110-117页 |
| ·高层分类-三界水平上 | 第111-115页 |
| ·真核和古菌 | 第115页 |
| ·细菌 | 第115-117页 |
| ·真菌的系统发育树的构建与比较 | 第117-125页 |
| 附录A 真菌物种名称对照表 | 第125-129页 |
| 附录B 细菌、古菌的名称、Bergay号对照表 | 第129-133页 |
| 参考文献 | 第133-147页 |
| 致谢 | 第147页 |
