| 摘要 | 第1-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 缩写名词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-41页 |
| ·基因组学的任务 | 第13-14页 |
| ·基因组学对作物育种的影响 | 第14-16页 |
| ·基因组学的研究手段——序列测定 | 第16-20页 |
| ·新一代测序技术的发展 | 第16-17页 |
| ·新一代测序技术的应用 | 第17-19页 |
| ·新一代测序技术数据分析及软件 | 第19-20页 |
| ·基因组学的研究手段——基因芯片 | 第20-31页 |
| ·基因芯片的种类 | 第21-22页 |
| ·基因芯片的用途 | 第22-23页 |
| ·大规模表达谱的存储与利用 | 第23-25页 |
| ·表达谱数据分析软件包 | 第25-29页 |
| ·表达谱分析方法和流程 | 第29-31页 |
| ·水稻生物信息学数据库 | 第31-39页 |
| ·综合类水稻生物信息学数据库 | 第31-34页 |
| ·专有类水稻生物信息学数据库 | 第34-39页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第39-41页 |
| 2 基于芯片表达谱的寡聚核苷酸多态性的鉴定及应用 | 第41-80页 |
| ·前言 | 第41-44页 |
| ·材料与方法 | 第44-53页 |
| ·水稻芯片实验取样、RNA抽提及芯片杂交 | 第45页 |
| ·公共来源的芯片数据 | 第45页 |
| ·鉴定寡聚核苷酸多态性 | 第45-49页 |
| ·中值平滑方法鉴定寡聚核苷酸多态性 | 第46-49页 |
| ·方差分析方法鉴定寡聚核苷酸多态性 | 第49页 |
| ·通过探针的亲和力差异估计杂种中等位基因特异性表达 | 第49-51页 |
| ·Affymetrix水稻芯片探针注释 | 第51-52页 |
| ·水稻和酵母SNP的鉴定及寡聚核苷酸多态性的验证 | 第52页 |
| ·酵母BY和RM的cRNA最小自由能的计算 | 第52-53页 |
| ·结果与分析 | 第53-75页 |
| ·寡聚核苷酸多态性的鉴定及方法比较 | 第53-62页 |
| ·中值平滑方法同时使用多个组织鉴定寡聚核苷酸多态性 | 第53-54页 |
| ·寡聚核苷酸多态性的验证 | 第54-56页 |
| ·使用单个组织的芯片数据鉴定寡聚核苷酸多态性 | 第56-57页 |
| ·鉴定寡聚核苷酸多态性的不同方法的比较 | 第57-62页 |
| ·中值平滑方法用于eQTL研究中群体基因分型 | 第62页 |
| ·探针侧翼多态性对寡聚核苷酸多态性的影响 | 第62-70页 |
| ·寡聚核苷酸多态性与探针侧翼多态性 | 第63-65页 |
| ·寡聚核苷酸多态性及侧翼SNP的碱基组成 | 第65-67页 |
| ·侧翼多态性导致的cRNA二级结构改变可能造成寡聚核苷酸多态性 | 第67-70页 |
| ·寡聚核苷酸多态性用于估计等位基因特异性表达 | 第70-75页 |
| ·讨论 | 第75-80页 |
| ·中值平滑的性能 | 第75-76页 |
| ·寡聚核苷酸多态性的形成的复杂性及侧翼多态性的影响 | 第76-78页 |
| ·所鉴定水稻寡聚核苷酸多态性的用途和意义 | 第78-80页 |
| 3 基于新一代测序技术的重组自交系群体基因分型方法 | 第80-110页 |
| ·前言 | 第80-82页 |
| ·材料与方法 | 第82-86页 |
| ·测序过程 | 第82-83页 |
| ·序列比对及使用RIL群体测序数据鉴定潜在的SNP位点 | 第83-84页 |
| ·使用亲本序列鉴定高质量的SNP位点 | 第84页 |
| ·使用亲本序列鉴定劣等SNP位点 | 第84页 |
| ·通过重复抽样的方法推断亲本基因型并去除劣等SNP位点 | 第84-86页 |
| ·使用隐马可夫模型判别群体基因型并确定重组断点 | 第86页 |
| ·结果与分析 | 第86-106页 |
| ·群体测序及鉴定潜在的SNP位点 | 第87-88页 |
| ·基于群体重组率最简约原则使用群体测序数据推断亲本基因型 | 第88-93页 |
| ·通过重复抽样及贝叶斯方法改进亲本基因型草图并去除劣等SNP | 第93-96页 |
| ·使用隐马尔可夫模型确定各株系基因型 | 第96-99页 |
| ·构建并检验高精度基因型重组图谱 | 第99-100页 |
| ·MPR方法推断亲本基因型的性能及其影响的因素 | 第100-104页 |
| ·全基因组分析结果 | 第104-106页 |
| ·讨论 | 第106-110页 |
| 4 水稻表达谱数据库的构建与使用 | 第110-121页 |
| ·前言 | 第110页 |
| ·材料与方法 | 第110-111页 |
| ·结果与分析 | 第111-119页 |
| ·CREP数据库的查询方式 | 第111-112页 |
| ·CREP数据库的数据展示方式 | 第112-118页 |
| ·Tiling芯片数据的另类查询方法 | 第118-119页 |
| ·讨论 | 第119-121页 |
| 5 小结 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-136页 |
| 附录 | 第136-141页 |
| 附录Ⅰ.MPR方法推断亲本基因型的伪代码 | 第136-138页 |
| 附录Ⅱ.作者简介 | 第138-141页 |
| 致谢 | 第141页 |
