| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 研究目的和意义 | 第13-14页 |
| 1.2 研究现状 | 第14-21页 |
| 1.2.1 癌症驱动突变数据库及插入/缺失数据介绍 | 第15-16页 |
| 1.2.2 疾病移码插入/缺失突变预测工具介绍 | 第16-18页 |
| 1.2.3 疾病框内插入/缺失突变预测工具介绍 | 第18-20页 |
| 1.2.4 本文研究领域需解决的问题 | 第20-21页 |
| 1.3 本文的内容安排与创新点 | 第21-23页 |
| 第二章 癌症驱动插入/缺失突变数据库构建 | 第23-44页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-29页 |
| 2.2.1 数据收集与注释 | 第24-26页 |
| 2.2.2 癌症驱动插入/缺失突变特征描述 | 第26-28页 |
| 2.2.3 癌症驱动与乘客插入/缺失突变数据集比较 | 第28-29页 |
| 2.3 实验结果与分析 | 第29-43页 |
| 2.3.1 数据库概述 | 第29-31页 |
| 2.3.2 癌症驱动插入/缺失突变特征分析 | 第31-39页 |
| 2.3.3 数据库使用简介 | 第39-43页 |
| 2.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 基于k-mer特征的癌症驱动移码突变预测方法研究 | 第44-54页 |
| 3.1 引言 | 第44-45页 |
| 3.2 实验方法 | 第45-48页 |
| 3.2.1 数据收集 | 第45-46页 |
| 3.2.2 k-mer特征表示 | 第46-47页 |
| 3.2.3 模型构建与评价指标 | 第47-48页 |
| 3.3 实验结果与分析 | 第48-53页 |
| 3.3.1 不同k-mer特征比较 | 第48页 |
| 3.3.2 不同分类算法比较 | 第48-50页 |
| 3.3.3 与疾病插入/缺失突变预测方法比较 | 第50-53页 |
| 3.4 本章小结 | 第53-54页 |
| 第四章 基于不平衡数据处理技术的癌症驱动移码突变预测方法研究 | 第54-63页 |
| 4.1 引言 | 第54-55页 |
| 4.2 实验方法 | 第55-58页 |
| 4.2.1 采用半监督学习方法 | 第55-57页 |
| 4.2.2 结合欠采样与集成学习方法 | 第57页 |
| 4.2.3 结合过采样与合成数据过滤方法 | 第57-58页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第58-62页 |
| 4.3.1 采用半监督学习对癌症驱动插入/缺失突变预测 | 第58-59页 |
| 4.3.2 欠采样方法对癌症驱动插入/缺失突变预测 | 第59-60页 |
| 4.3.3 过采样方法对癌症驱动插入/缺失突变预测 | 第60-61页 |
| 4.3.4 三种不平衡数据处理技术结果比较与分析 | 第61-62页 |
| 4.4 本章总结 | 第62-63页 |
| 第五章 基于生物学特征的癌症驱动移码突变预测方法研究 | 第63-74页 |
| 5.1 引言 | 第63页 |
| 5.2 实验方法 | 第63-67页 |
| 5.2.1 数据收集 | 第63-65页 |
| 5.2.2 特征工程 | 第65-66页 |
| 5.2.3 模型构建与评价指标 | 第66-67页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第67-73页 |
| 5.3.1 训练集正样本和负样本特征比较 | 第67-69页 |
| 5.3.2 不同分类算法比较 | 第69-70页 |
| 5.3.3 独立测试集上与现有的indel预测方法比较 | 第70-72页 |
| 5.3.4 没有缺失值的共同测试集上与现有的indel预测方法比较 | 第72-73页 |
| 5.4 本章小结 | 第73-74页 |
| 第六章 癌症乘客突变数据库构建及其中插入/缺失突变研究 | 第74-94页 |
| 6.1 引言 | 第74-75页 |
| 6.2 实验方法 | 第75-79页 |
| 6.2.1 数据收集与注释 | 第75-77页 |
| 6.2.2 癌症错义乘客突变特征描述 | 第77-78页 |
| 6.2.3 现有癌症特异错义突变预测算法评估 | 第78-79页 |
| 6.3 实验结果与分析 | 第79-93页 |
| 6.3.1 数据库概况 | 第79-82页 |
| 6.3.2 数据库使用简介 | 第82-84页 |
| 6.3.3 癌症错义乘客突变特征分析 | 第84-88页 |
| 6.3.4 评估现有的癌症错义突变预测算法 | 第88-90页 |
| 6.3.5 dbCPM中的indel数据研究 | 第90-93页 |
| 6.4 本章小结 | 第93-94页 |
| 第七章 总结与展望 | 第94-98页 |
| 7.1 全文总结 | 第94页 |
| 7.2 本文的主要工作与展望 | 第94-98页 |
| 7.2.1 本文的主要工作 | 第94-96页 |
| 7.2.2 未来工作展望 | 第96-98页 |
| 参考文献 | 第98-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第107页 |
