| 摘要 | 第7-8页 |
| Abstract | 第8页 |
| 缩略词 | 第9-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-22页 |
| 1 种间杂种优势的研究 | 第10-12页 |
| 1.1 杂种优势在农业生产上的应用 | 第10-11页 |
| 1.2 杂交子代基因表达模式以及杂种优势的相关假说 | 第11-12页 |
| 2 种间杂交子代等位基因偏离表达相关机理的研究 | 第12-15页 |
| 2.1 顺式和反式变异对于等位基因偏离表达的影响 | 第12-13页 |
| 2.2 应用转录组测序技术探究物种间顺式和反式元件差异的方法 | 第13-14页 |
| 2.3 其他探究物种间顺式和反式调控元件差异的方法 | 第14-15页 |
| 3 杂种优势的组学解析 | 第15-18页 |
| 3.1 核酸测序技术的发展史 | 第15-16页 |
| 3.2 高通量测序技术在转录组上的应用 | 第16-18页 |
| 4 拟鲿属鱼类种间杂交及杂种优势 | 第18-21页 |
| 4.1 拟鲿属鱼类的分类学地位 | 第18页 |
| 4.2 拟鲿属鱼类的形态特征和经济价值 | 第18-19页 |
| 4.3 拟鲿属鱼类主要物种 | 第19-20页 |
| 4.4 拟鲿属鱼类种间杂交及杂种优势 | 第20-21页 |
| 5 研究目的与意义 | 第21-22页 |
| 第二章 材料和方法 | 第22-31页 |
| 1 实验材料 | 第22-23页 |
| 1.1 实验动物 | 第22页 |
| 1.2 实验条件 | 第22页 |
| 1.3 采样方法 | 第22-23页 |
| 2 RNA抽提和文库构建 | 第23-24页 |
| 2.1 组织RNA提取 | 第23页 |
| 2.2 RNA质量检测 | 第23页 |
| 2.3 转录组测序文库的构建 | 第23-24页 |
| 3 生物信息学分析 | 第24-31页 |
| 3.1 上机测序 | 第24-25页 |
| 3.2 转录组测序数据组装 | 第25-26页 |
| 3.3 Unigene功能注释 | 第26-28页 |
| 3.4 基因SNP位点开发 | 第28页 |
| 3.5 基因表达量分析 | 第28-30页 |
| 3.6 ASE分析和顺反检测 | 第30-31页 |
| 第三章 结果与分析 | 第31-53页 |
| 1 三种黄颡鱼转录组的测序、组装和注释 | 第31-37页 |
| 1.1 转录组测序数据产出统计 | 第31页 |
| 1.2 转录组测序数据组装 | 第31-33页 |
| 1.3 转录组测序文库质量评估 | 第33-34页 |
| 1.4 Unigene功能注释 | 第34-35页 |
| 1.5 单核苷酸多态性位点(SNP)分析 | 第35-36页 |
| 1.6 基因表达量分析 | 第36-37页 |
| 2 黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼物种间的基因表达差异 | 第37-42页 |
| 2.1 黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼间基因差异表达分析 | 第37-39页 |
| 2.2 差异表达基因的注释 | 第39-42页 |
| 3 黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼转录调控分析 | 第42-46页 |
| 3.1 “黄优1号”等位基因间差异表达 | 第42-43页 |
| 3.2 黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼顺式和反式元件变异的分析 | 第43-45页 |
| 3.3 发生顺式和反式变异基因的GO功能富集分析 | 第45-46页 |
| 4 杂交F1代“黄优1号”基因表达模式分析 | 第46-49页 |
| 4.1 “黄优1号”基因表达模式的归类分析 | 第46-48页 |
| 4.2 “黄优1号”较父本和母本差异表达基因的KEGG富集分析 | 第48-49页 |
| 5 亲本间转录调控差异对于“黄优1号”基因表达模式的影响 | 第49-53页 |
| 5.1 亲本间顺反元件变异与“黄优1号”基因表达模式的关系 | 第49-50页 |
| 5.2 “黄优1号”等位基因较亲本的偏离表达情况 | 第50-53页 |
| 第四章 讨论 | 第53-58页 |
| 本文小结 | 第58-59页 |
| 参考文献 | 第59-68页 |
| 致谢 | 第68-69页 |
