| 中文摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4-5页 |
| 常用词语缩写 | 第9-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-17页 |
| 1 血清IgY含量相关抗性基因研究进展 | 第10-13页 |
| 1.1 IgY的免疫学意义 | 第10-11页 |
| 1.2 抗性基因的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.2.1 鸡11号染色体的抗性相关基因 | 第11页 |
| 1.2.2 鸡16号染色体的抗性相关基因 | 第11-13页 |
| 1.2.3 鸡19号染色体的相关抗性基因 | 第13页 |
| 2 高通量测序技术研究进展 | 第13-14页 |
| 3 高通量测序在家禽研究中的应用 | 第14-16页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第16-17页 |
| 第二章 利用靶向捕获测序对IgY含量相关区域的初步筛选 | 第17-46页 |
| 1 材料与试剂 | 第17-20页 |
| 1.1 实验材料 | 第17-18页 |
| 1.2 主要试剂 | 第18-19页 |
| 1.3 试剂与耗材 | 第19页 |
| 1.4 试剂配制 | 第19-20页 |
| 1.5 数据库及软件 | 第20页 |
| 2 技术路线与方法 | 第20-30页 |
| 2.1 实验样品的采集和混池 | 第21页 |
| 2.2 免疫指标测定及文库制备 | 第21-25页 |
| 2.2.1 血清IgY含量测定 | 第21-22页 |
| 2.2.2 全血基因组DNA提取 | 第22页 |
| 2.2.3 基因组DNA质量检测 | 第22-23页 |
| 2.2.4 DNA文库制备 | 第23页 |
| 2.2.5 候选基因检索与目标探针设计 | 第23-24页 |
| 2.2.6 捕获芯片杂交与洗脱 | 第24页 |
| 2.2.7 捕获后文库的扩增和质检 | 第24-25页 |
| 2.3 Solexa高通量测序 | 第25页 |
| 2.4 捕获测序数据分析及整理 | 第25-28页 |
| 2.4.1 靶向捕获测序结果的生物信息学分析 | 第25-26页 |
| 2.4.2 数据产出统计 | 第26-27页 |
| 2.4.3 测序数据质控 | 第27页 |
| 2.4.4 SNP检测和注释 | 第27-28页 |
| 2.4.5 插入/缺失(Insertions and deletions,indels)检测和注释 | 第28页 |
| 2.5 常规Sanger测序验证高通量测序结果 | 第28-30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-45页 |
| 3.1 血液DNA提取结果 | 第30页 |
| 3.2 目标区域捕获探针设计及测序数据 | 第30-32页 |
| 3.3 目标区域捕获SNP及Indel结果 | 第32-34页 |
| 3.4 品种间与高低表型间差异SNP位点及基因 | 第34-36页 |
| 3.5 品种间与高低表型间差异Indel位点 | 第36-39页 |
| 3.6 测序结果的验证 | 第39-43页 |
| 3.7 C4和BF1基因上的Indel测序与序列比对 | 第43-45页 |
| 4 讨论 | 第45-46页 |
| 第三章 MHC BF1不同基因型与血清IgY含量及马立克氏抗性的关联分析 | 第46-52页 |
| 1 实验材料与方法 | 第46-48页 |
| 1.1 实验材料 | 第46页 |
| 1.2 主要试剂 | 第46页 |
| 1.3 实验仪器 | 第46-47页 |
| 1.4 血样采集 | 第47页 |
| 1.5 血清IgY浓度测试 | 第47页 |
| 1.6 基因组DNA提取与检测 | 第47页 |
| 1.7 引物设计和PCR产物扩增 | 第47页 |
| 1.8 产物纯化与测序分型 | 第47-48页 |
| 2 数据处理和统计分析 | 第48页 |
| 2.1 表型记录统计分析 | 第48页 |
| 2.2 基因分型 | 第48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-50页 |
| 3.1 基因组DNA的检测结果 | 第48页 |
| 3.2 BF1基因型分型 | 第48-49页 |
| 3.3 BF1不同基因型与IgY含量的关联分析 | 第49-50页 |
| 3.4 BF1不同基因型在B19和B21单倍型中所占的比例 | 第50页 |
| 4 讨论 | 第50-52页 |
| 全文结论 | 第52-53页 |
| 参考文献 | 第53-61页 |
| 致谢 | 第61-62页 |
| 攻读学位期间发表和参与发表的学术论文目录 | 第62-63页 |
