| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 分子模拟的理论背景及其应用 | 第9-26页 |
| 1.1 分子模拟的理论背景 | 第9-17页 |
| 1.1.1 定量构效关系 | 第9-12页 |
| 1.1.2 分子对接 | 第12-14页 |
| 1.1.3 分子动力学模拟 | 第14-15页 |
| 1.1.4 结合自由能计算方法 | 第15-17页 |
| 1.2 分子模拟的应用 | 第17-20页 |
| 1.2.1 蛋白酶抑制剂的设计 | 第17-18页 |
| 1.2.2 选择性机理 | 第18-19页 |
| 1.2.3 耐药性机理 | 第19-20页 |
| 1.3 主要工作 | 第20-22页 |
| 参考文献 | 第22-26页 |
| 第二章 BACE-1与其抑制剂的相互作用机制及抑制剂的定量构效关系研究 | 第26-49页 |
| 2.1 研究背景 | 第26-27页 |
| 2.2 计算方法 | 第27-34页 |
| 2.2.1 数据集 | 第27-31页 |
| 2.2.2 分子结构的构建与叠合 | 第31-32页 |
| 2.2.3 CoMFA和CoMSIA的三维定量构效关系分析 | 第32页 |
| 2.2.4 分子对接 | 第32-33页 |
| 2.2.5 分子动力学模拟 | 第33页 |
| 2.2.6 结合自由能计算 | 第33-34页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第34-45页 |
| 2.3.1 3D-QSAR结果分析 | 第34-38页 |
| 2.3.2 BACE-1抑制剂52和77的复合体系的分子对接 | 第38-39页 |
| 2.3.3 BACE-1抑制剂分子52和77的复合体系的动力学模拟 | 第39-41页 |
| 2.3.4 结合自由能计算 | 第41-44页 |
| 2.3.5 高活性抑制剂的设计 | 第44-45页 |
| 2.4 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-49页 |
| 第三章 DYRK1A与其抑制剂作用机制的分子模拟研究 | 第49-69页 |
| 3.1 研究背景 | 第49页 |
| 3.2 计算方法 | 第49-55页 |
| 3.2.1 蛋白质和小分子结构的准备 | 第49-50页 |
| 3.2.2 分子对接和Prime/MM-GBSA计算 | 第50-53页 |
| 3.2.3 分子动力学模拟 | 第53-54页 |
| 3.2.4 结合自由能计算 | 第54-55页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第55-67页 |
| 3.3.1 三种对接方法的比较 | 第55-58页 |
| 3.3.2 分子动力学模拟 | 第58-60页 |
| 3.3.3 模拟体系的结合自由能计算 | 第60-61页 |
| 3.3.4 与抑制剂结合的重要氨基酸残基的识别 | 第61-66页 |
| 3.3.5 设计新的抑制剂 | 第66-67页 |
| 3.4 结论 | 第67-69页 |
| 参考文献 | 第69-71页 |
| 在学期间的研究成果 | 第71-72页 |
| 致谢 | 第72页 |
