| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-10页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-35页 |
| 1.1 Y染色体研究 | 第15-16页 |
| 1.2 Y染色体遗传进化研究进展 | 第16-19页 |
| 1.3 马Y染色体结构与基因分布 | 第19-20页 |
| 1.4 Y染色体基因拷贝数变异研究进展 | 第20-25页 |
| 1.4.1 马Y染色体基因拷贝数变异 | 第20-23页 |
| 1.4.2 驴Y染色体基因拷贝数变异 | 第23-24页 |
| 1.4.3 其他物种Y染色体基因拷贝数变异研究进展 | 第24-25页 |
| 1.5 马属动物父系起源与母系起源研究进展 | 第25-27页 |
| 1.6 隐睾症研究进展 | 第27-28页 |
| 1.6.1 睾丸下降原理 | 第27页 |
| 1.6.2 隐睾症候选基因 | 第27-28页 |
| 1.7 转录组测序研究进展 | 第28-34页 |
| 1.7.1 第二代测序技术 | 第28-29页 |
| 1.7.2 转录组测序分析基本流程 | 第29-30页 |
| 1.7.3 基于RNA-seq的睾丸转录组研究进展 | 第30-32页 |
| 1.7.4 MicroRNA结构 | 第32-33页 |
| 1.7.5 MicroRNA功能 | 第33页 |
| 1.7.6 MicroRNA在繁殖及发育中的作用 | 第33-34页 |
| 1.7.7 马的microRNA | 第34页 |
| 1.8 本研究目的与意义 | 第34-35页 |
| 试验部分 | 第35-139页 |
| 第二章 马Y染色体STR多态性研究 | 第35-42页 |
| 2.1 引言 | 第35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.2.1 样本采集 | 第35-37页 |
| 2.2.2 荧光微卫星分型 | 第37-38页 |
| 2.2.3 Eca.YA16标记的PCR产物克隆测序验证 | 第38页 |
| 2.3 结果与分析 | 第38-39页 |
| 2.3.1 马Y-STR多态性 | 第38-39页 |
| 2.3.2 克隆验证 | 第39页 |
| 2.4 讨论 | 第39-41页 |
| 2.5 小结 | 第41-42页 |
| 第三章 驴Y染色体STR多态性研究 | 第42-52页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 材料与方法 | 第42-45页 |
| 3.2.1 样本采集 | 第42页 |
| 3.2.2 DNA扩增及荧光测序 | 第42页 |
| 3.2.3 驴Y-STR标记筛选 | 第42-45页 |
| 3.3 结果与分析 | 第45-50页 |
| 3.3.1 家驴Y-STR多态性 | 第45-49页 |
| 3.3.2 家驴Y-STR单倍型及父系起源分析 | 第49-50页 |
| 3.4 讨论 | 第50-51页 |
| 3.5 小结 | 第51-52页 |
| 第四章 马Y染色体基因拷贝数变异研究 | 第52-71页 |
| 4.1 引言 | 第52-53页 |
| 4.2 材料与方法 | 第53-56页 |
| 4.2.1 样本采集 | 第53-54页 |
| 4.2.2 引物设计 | 第54-55页 |
| 4.2.3 实时荧光定量PCR(qPCR) | 第55页 |
| 4.2.4 拷贝数计算 | 第55-56页 |
| 4.2.5 数据分析 | 第56页 |
| 4.3 结果与分析 | 第56-68页 |
| 4.3.1 引物雄性特异性检验 | 第56-57页 |
| 4.3.2 标准曲线与引物效率 | 第57-61页 |
| 4.3.3 马Y染色体基因拷贝数变异 | 第61-68页 |
| 4.4 讨论 | 第68-70页 |
| 4.5 小结 | 第70-71页 |
| 第五章 驴Y染色体基因拷贝数变异研究 | 第71-84页 |
| 5.1 引言 | 第71页 |
| 5.2 材料与方法 | 第71-74页 |
| 5.2.1 样本采集 | 第71-72页 |
| 5.2.2 引物设计 | 第72-73页 |
| 5.2.3 实时荧光定量PCR(qPCR) | 第73页 |
| 5.2.4 拷贝数计算 | 第73-74页 |
| 5.2.5 数据分析 | 第74页 |
| 5.3 结果与分析 | 第74-82页 |
| 5.3.1 引物雄性特异性检验 | 第74-75页 |
| 5.3.2 标准曲线与引物效率 | 第75-77页 |
| 5.3.3 驴Y染色体基因拷贝数变异 | 第77-82页 |
| 5.4 讨论 | 第82-83页 |
| 5.5 小结 | 第83-84页 |
| 第六章 马睾丸组织转录组研究 | 第84-126页 |
| 6.1 引言 | 第84-85页 |
| 6.2 材料与方法 | 第85-86页 |
| 6.2.1 样本采集 | 第85-86页 |
| 6.2.2 RNA提取及RNA质量检测 | 第86页 |
| 6.2.3 mRNA转录组建库及测序 | 第86页 |
| 6.2.4 mRNA比对与差异表达基因 | 第86页 |
| 6.2.5 实时荧光定量PCR验证 | 第86页 |
| 6.2.6 基因功能富集及蛋白互作共表达分析 | 第86页 |
| 6.2.7 小RNA转录组建库及测序 | 第86页 |
| 6.2.8 miRNA质控及比对 | 第86页 |
| 6.2.9 靶基因预测及差异表达基因 | 第86页 |
| 6.2.10 实时荧光定量PCR验证 | 第86页 |
| 6.2.11 富集分析 | 第86页 |
| 6.3 结果与分析 | 第86-123页 |
| 6.3.1 总RNA提取质量检测 | 第86-87页 |
| 6.3.2 马睾丸mRNA转录组分析结果 | 第87-107页 |
| 6.3.2.1 不同品种的马睾丸组织间差异表达基因 | 第90-92页 |
| 6.3.2.2 隐睾个体正常睾丸和隐睾样本间差异表达基因 | 第92-95页 |
| 6.3.2.3 正常个体睾丸样本与隐睾个体隐睾样本间差异表达基因 | 第95-98页 |
| 6.3.2.4 实时荧光定量验证 | 第98-101页 |
| 6.3.2.5 与公马精子和繁殖性能相关的候选基因 | 第101-104页 |
| 6.3.2.6 马睾丸转录组SNP分析 | 第104-107页 |
| 6.3.3 马睾丸组织小RNA转录组分析 | 第107-123页 |
| 6.3.3.1 马睾丸组织microRNA表达分析 | 第109-110页 |
| 6.3.3.2 马品种间睾丸组织差异表达microRNA | 第110-113页 |
| 6.3.3.3 隐睾个体正常睾丸与隐睾样本间差异表达microRNA | 第113-115页 |
| 6.3.3.4 正常个体与隐睾个体隐睾样本间差异表达microRNA | 第115-118页 |
| 6.3.3.5 实时荧光定量验证 | 第118-121页 |
| 6.3.3.6 与马隐睾性状相关的差异表达microRNAs及其靶基因 | 第121-123页 |
| 6.4 讨论 | 第123-125页 |
| 6.5 小结 | 第125-126页 |
| 第七章 驴睾丸组织转录组研究 | 第126-139页 |
| 7.1 引言 | 第126-127页 |
| 7.2 材料与方法 | 第127-128页 |
| 7.2.1 样本采集 | 第127页 |
| 7.2.2 RNA提取及RNA质量检测 | 第127页 |
| 7.2.3 mRNA转录组建库及测序 | 第127页 |
| 7.2.4 mRNA比对与差异表达基因 | 第127页 |
| 7.2.5 小RNA转录组建库及测序 | 第127页 |
| 7.2.6 miRNA质控及比对 | 第127页 |
| 7.2.7 靶基因预测及差异表达基因 | 第127页 |
| 7.2.8 富集分析 | 第127-128页 |
| 7.3 结果与分析 | 第128-137页 |
| 7.3.1 总RNA提取质量检测 | 第128-129页 |
| 7.3.2 驴睾丸组织mRNA转录组差异 | 第129-135页 |
| 7.3.2.1 泌阳驴及德州驴睾丸组织间差异表达基因 | 第130-131页 |
| 7.3.2.2 泌阳驴及德州驴(去除DZ1)睾丸组织间差异表达基因 | 第131-133页 |
| 7.3.2.3 驴睾丸组织转录组的SNP分析 | 第133-135页 |
| 7.3.3 泌阳驴与德州驴睾丸组织小RNA转录组分析 | 第135-137页 |
| 7.4 讨论 | 第137-138页 |
| 7.5 小结 | 第138-139页 |
| 结论 | 第139页 |
| 创新点 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-162页 |
| 附录 1 | 第162-165页 |
| 附录 2 | 第165-183页 |
| 致谢 | 第183-184页 |
| 作者简介 | 第184-185页 |
